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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4a3j | ||||||
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タイトル | RNA Polymerase II initial transcribing complex with a 2nt DNA-RNA hybrid and soaked with GMPCPP | ||||||
要素 |
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キーワード | TRANSCRIPTION (転写 (生物学)) / TRANSCRIPTION INITIATION (転写 (生物学)) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 RPB4-RPB7 complex / : / nuclear-transcribed mRNA catabolic process, deadenylation-dependent decay / RNA Polymerase I Transcription Initiation / : / positive regulation of nuclear-transcribed mRNA poly(A) tail shortening / Processing of Capped Intron-Containing Pre-mRNA / : / RNA Polymerase III Transcription Initiation From Type 2 Promoter / RNA Pol II CTD phosphorylation and interaction with CE ...RPB4-RPB7 complex / : / nuclear-transcribed mRNA catabolic process, deadenylation-dependent decay / RNA Polymerase I Transcription Initiation / : / positive regulation of nuclear-transcribed mRNA poly(A) tail shortening / Processing of Capped Intron-Containing Pre-mRNA / : / RNA Polymerase III Transcription Initiation From Type 2 Promoter / RNA Pol II CTD phosphorylation and interaction with CE / Formation of the Early Elongation Complex / mRNA Capping / termination of RNA polymerase II transcription / Formation of TC-NER Pre-Incision Complex / RNA polymerase II transcribes snRNA genes / RNA Polymerase I Promoter Escape / TP53 Regulates Transcription of DNA Repair Genes / Estrogen-dependent gene expression / RNA Polymerase II Promoter Escape / RNA Polymerase II Transcription Pre-Initiation And Promoter Opening / RNA Polymerase II Transcription Initiation / RNA Polymerase II Transcription Initiation And Promoter Clearance / RNA-templated transcription / termination of RNA polymerase III transcription / RNA Polymerase II Pre-transcription Events / maintenance of transcriptional fidelity during transcription elongation by RNA polymerase II / Dual incision in TC-NER / RNA polymerase I activity / termination of RNA polymerase I transcription / transcription initiation at RNA polymerase III promoter / tRNA transcription by RNA polymerase III / nucleolar large rRNA transcription by RNA polymerase I / Gap-filling DNA repair synthesis and ligation in TC-NER / transcription initiation at RNA polymerase I promoter / transcription elongation by RNA polymerase I / positive regulation of translational initiation / RNA polymerase II activity / transcription-coupled nucleotide-excision repair / DNA修復 / RNA polymerase I complex / transcription by RNA polymerase I / RNA polymerase III complex / transcription by RNA polymerase III / RNA polymerase II, core complex / translation initiation factor binding / P-body / transcription elongation by RNA polymerase II / transcription initiation at RNA polymerase II promoter / DNA-templated transcription initiation / ribonucleoside binding / DNA-directed 5'-3' RNA polymerase activity / ポリメラーゼ / cytoplasmic stress granule / ペルオキシソーム / single-stranded DNA binding / リボソーム生合成 / transcription by RNA polymerase II / single-stranded RNA binding / nucleic acid binding / protein dimerization activity / nucleotide binding / mRNA binding / 核小体 / ミトコンドリア / DNA binding / zinc ion binding / 核質 / metal ion binding / 細胞核 / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | SACCHAROMYCES CEREVISIAE (パン酵母) SYNTHETIC CONSTRUCT (人工物) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.7 Å | ||||||
データ登録者 | Cheung, A.C.M. / Sainsbury, S. / Cramer, P. | ||||||
引用 | ジャーナル: Embo J. / 年: 2011 タイトル: Structural Basis of Initial RNA Polymerase II Transcription. 著者: Cheung, A.C.M. / Sainsbury, S. / Cramer, P. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 4a3j.cif.gz | 1.6 MB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb4a3j.ent.gz | 1.3 MB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 4a3j.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/a3/4a3j ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/a3/4a3j | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
-DNA-DIRECTED RNA POLYMERASE II SUBUNIT ... , 6種, 6分子 ABCDIK
#1: タンパク質 | 分子量: 191664.391 Da / 分子数: 1 / 断片: RESIDUES 1-1732 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) SACCHAROMYCES CEREVISIAE (パン酵母) / 参照: UniProt: P04050, ポリメラーゼ |
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#2: タンパク質 | 分子量: 138937.297 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) SACCHAROMYCES CEREVISIAE (パン酵母) / 参照: UniProt: P08518, ポリメラーゼ |
#3: タンパク質 | 分子量: 35330.457 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) SACCHAROMYCES CEREVISIAE (パン酵母) / 参照: UniProt: P16370 |
#4: タンパク質 | 分子量: 25451.191 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) SACCHAROMYCES CEREVISIAE (パン酵母) / 参照: UniProt: P20433 |
#9: タンパク質 | 分子量: 14308.161 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) SACCHAROMYCES CEREVISIAE (パン酵母) / 参照: UniProt: P27999 |
#11: タンパク質 | 分子量: 13633.493 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) SACCHAROMYCES CEREVISIAE (パン酵母) / 参照: UniProt: P38902 |
-DNA-DIRECTED RNA POLYMERASES I, II, AND III SUBUNIT RPABC ... , 5種, 5分子 EFHJL
#5: タンパク質 | 分子量: 25117.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) SACCHAROMYCES CEREVISIAE (パン酵母) / 参照: UniProt: P20434 |
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#6: タンパク質 | 分子量: 17931.834 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) SACCHAROMYCES CEREVISIAE (パン酵母) / 参照: UniProt: P20435 |
#8: タンパク質 | 分子量: 16525.363 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) SACCHAROMYCES CEREVISIAE (パン酵母) / 参照: UniProt: P20436 |
#10: タンパク質 | 分子量: 8290.732 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) SACCHAROMYCES CEREVISIAE (パン酵母) / 参照: UniProt: P22139 |
#12: タンパク質 | 分子量: 7729.969 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) SACCHAROMYCES CEREVISIAE (パン酵母) / 参照: UniProt: P40422 |
-DNA鎖 , 2種, 2分子 NT
#13: DNA鎖 | 分子量: 4328.841 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) SYNTHETIC CONSTRUCT (人工物) |
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#15: DNA鎖 | 分子量: 8293.221 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) SYNTHETIC CONSTRUCT (人工物) |
-タンパク質 / RNA鎖 , 2種, 2分子 GP
#14: RNA鎖 | 分子量: 589.430 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) SYNTHETIC CONSTRUCT (人工物) |
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#7: タンパク質 | 分子量: 19081.053 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) SACCHAROMYCES CEREVISIAE (パン酵母) / 参照: UniProt: P34087 |
-非ポリマー , 3種, 10分子
#16: 化合物 | ChemComp-ZN / #17: 化合物 | ChemComp-MG / | #18: 化合物 | ChemComp-G2P / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 7.04 Å3/Da / 溶媒含有率: 82.39 % / 解説: NONE |
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結晶化 | pH: 7 / 詳細: pH 7 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 0.9188 |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9188 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 3.7→80 Å / Num. obs: 128404 / % possible obs: 95 % / Observed criterion σ(I): 1.8 / 冗長度: 3.2 % / Biso Wilson estimate: 87.38 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.65 / Net I/σ(I): 11.6 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 3.7→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.9476 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.9275 / SU R Cruickshank DPI: 3.122 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 1.31 / SU Rfree Blow DPI: 0.346 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.359 詳細: IDEAL-DIST CONTACT TERM CONTACT SETUP. RESIDUE TYPES WITHOUT CCP4 ATOM TYPE IN LIBRARY=ZN MG BRU. NUMBER OF ATOMS WITH PROPER CCP4 ATOM TYPE=31773. NUMBER WITH APPROX DEFAULT CCP4 ATOM ...詳細: IDEAL-DIST CONTACT TERM CONTACT SETUP. RESIDUE TYPES WITHOUT CCP4 ATOM TYPE IN LIBRARY=ZN MG BRU. NUMBER OF ATOMS WITH PROPER CCP4 ATOM TYPE=31773. NUMBER WITH APPROX DEFAULT CCP4 ATOM TYPE=20. NUMBER TREATED BY BAD NON- BONDED CONTACTS=9.
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原子変位パラメータ | Biso mean: 136.23 Å2
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Refine analyze | Luzzati coordinate error obs: 0.831 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 3.7→50 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 3.7→3.8 Å / Total num. of bins used: 20
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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