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- PDB-3zui: OMCI in complex with palmitoleic acid -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3zui
タイトルOMCI in complex with palmitoleic acid
要素COMPLEMENT INHIBITOR
キーワードIMMUNE SYSTEM (免疫系) / SOFT TICK / ARGASID TICK / C5 / LIPOCALIN COMPLEMENT
機能・相同性Calycin beta-barrel core domain / Calycin / Lipocalin / toxin activity / Βバレル / extracellular region / Mainly Beta / パルミトレイン酸 / Complement inhibitor
機能・相同性情報
生物種ORNITHODOROS MOUBATA (ダニ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.71 Å
データ登録者Roversi, P. / Maillet, I. / Togbe, D. / Couillin, I. / Quesniaux, V.F.J. / Teixeira, M. / Ahmat, N. / Lissina, O. / Boland, W. / Ploss, K. ...Roversi, P. / Maillet, I. / Togbe, D. / Couillin, I. / Quesniaux, V.F.J. / Teixeira, M. / Ahmat, N. / Lissina, O. / Boland, W. / Ploss, K. / Caesar, J.J.E. / Leonhartsberger, S. / Ryffel, B. / Lea, S.M. / Nunn, M.A.
引用
ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2013
タイトル: Bifunctional Lipocalin Ameliorates Murine Immune Complex-Induced Acute Lung Injury.
著者: Roversi, P. / Ryffel, B. / Togbe, D. / Maillet, I. / Teixeira, M. / Ahmat, N. / Paesen, G.C. / Lissina, O. / Boland, W. / Ploss, K. / Caesar, J.J. / Leonhartsberger, S. / Lea, S.M. / Nunn, M.A.
#1: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2007
タイトル: The Structure of Omci, a Novel Lipocalin Inhibitor of the Complement System.
著者: Roversi, P. / Lissina, O. / Johnson, S. / Ahmat, N. / Paesen, G.C. / Ploss, K. / Boland, W. / Nunn, M.A. / Lea, S.M.
履歴
登録2011年7月19日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02012年8月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年5月15日Group: Database references
改定 1.22013年7月17日Group: Database references
改定 1.32023年12月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
Remark 700 SHEET DETERMINATION METHOD: DSSP THE SHEETS PRESENTED AS "AA" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW ... SHEET DETERMINATION METHOD: DSSP THE SHEETS PRESENTED AS "AA" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW IS ACTUALLY AN 8-STRANDED BARREL THIS IS REPRESENTED BY A 9-STRANDED SHEET IN WHICH THE FIRST AND LAST STRANDS ARE IDENTICAL.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: COMPLEMENT INHIBITOR
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)17,0592
ポリマ－16,8051
非ポリマー2541
水2,630146
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)44.430, 51.890, 68.400
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 COMPLEMENT INHIBITOR / OMCI


分子量: 16804.586 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ORNITHODOROS MOUBATA (ダニ) / 組織: SALIVARY GLAND唾液腺 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): K-12 / Variant (発現宿主): WCM105 / 参照: UniProt: Q5YD59
#2: 化合物 ChemComp-PAM / PALMITOLEIC ACID / パルミトレイン酸 / パルミトレイン酸


分子量: 254.408 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C16H30O2
#3: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 146 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
非ポリマーの詳細PALIMITOLEIC ACID (PAM): IDENTIFIED BY MASS SPECTROMETRY AS 60% OF THE FATTY ACID IN THE BINDING POCKET

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.35 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.7 % / 解説: NONE
結晶化pH: 8.5 / 詳細: 30% PEG 4000, 0.2 M MGCL2, 0.1 M TRIS PH 8.5.

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データ収集

回折平均測定温度: 120 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-2 / 波長: 0.933
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2006年7月24日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.933 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.71→68.4 Å / Num. obs: 15720 / % possible obs: 89.8 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.8 % / Biso Wilson estimate: 22.16 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.04 / Net I/σ(I): 21.7
反射 シェル解像度: 1.71→1.81 Å / 冗長度: 2.2 % / Rmerge(I) obs: 0.38 / Mean I/σ(I) obs: 2 / % possible all: 62.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.11.1精密化
XDSデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2CM4

2cm4


解像度: 1.71→37.26 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.93 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.92 / SU R Cruickshank DPI: 0.161 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.13 / SU Rfree Blow DPI: 0.118 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.114
詳細: REFINEMENT NOTES 1:IDEAL-DIST CONTACT SETUP ALL ATOMS HAVE CCP4 ATOM TYPE FROM LIBRARY. ALTERNATING CYCLES OF TLS AND REFINEMENT. THE PALMITOLEIC ACID MODELLED IN THE STRUCTURE CONSTITUTES 60 ...詳細: REFINEMENT NOTES 1:IDEAL-DIST CONTACT SETUP ALL ATOMS HAVE CCP4 ATOM TYPE FROM LIBRARY. ALTERNATING CYCLES OF TLS AND REFINEMENT. THE PALMITOLEIC ACID MODELLED IN THE STRUCTURE CONSTITUTES 60 PERCENT OF THE FATTY ACID MIX IN THE SAMPLE AS ANALYSED BY MASS SPECTROMETRY.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2228 783 4.99 %RANDOM
Rwork0.1969 ---
obs0.1981 15678 88.71 %-
原子変位パラメータBiso mean: 25.37 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.6855 Å20 Å20 Å2
2---5.846 Å20 Å2
3---5.1605 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.195 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.71→37.26 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1143 0 18 146 1307
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.0062264HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg0.934062HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d493SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes41HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes328HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it2263HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion2.85
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion15.99
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion147SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact2359SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 1.71→1.83 Å / Total num. of bins used: 8
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2381 99 5.27 %
Rwork0.2235 1781 -
all0.2242 1880 -
obs--88.71 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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