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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3x0p | ||||||
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タイトル | ADP ribose pyrophosphatase from Thermus thermophilus HB8 in ESMM-state at reaction time of 15 min | ||||||
要素 | ADP-ribose pyrophosphatase | ||||||
キーワード | HYDROLASE (加水分解酵素) / Nudix motif / ADP ribose hydrolase / ADP ribose (ADPリボース) / Cytosol (細胞質基質) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Thermus thermophilus HB8 (サーマス・サーモフィルス) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.22 Å | ||||||
データ登録者 | Furuike, Y. / Akita, Y. / Miyahara, I. / Kamiya, N. | ||||||
引用 | ジャーナル: Biochemistry / 年: 2016 タイトル: ADP-Ribose Pyrophosphatase Reaction in Crystalline State Conducted by Consecutive Binding of Two Manganese(II) Ions as Cofactors 著者: Furuike, Y. / Akita, Y. / Miyahara, I. / Kamiya, N. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 3x0p.cif.gz | 89.1 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb3x0p.ent.gz | 65.9 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 3x0p.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/x0/3x0p ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/x0/3x0p | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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-要素
-タンパク質 , 1種, 1分子 A
#1: タンパク質 | 分子量: 19287.912 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Thermus thermophilus HB8 (サーマス・サーモフィルス) 株: HB8 / 遺伝子: TTHA0528 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q5SKW5, ADP-ribose diphosphatase |
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-非ポリマー , 5種, 123分子
#2: 化合物 | ChemComp-AR6 / [( | ||||||
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#3: 化合物 | #4: 化合物 | ChemComp-GOL / | #5: 化合物 | ChemComp-SO4 / | #6: 水 | ChemComp-HOH / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.21 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.28 % |
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.6 詳細: 0.24M Acetate-Sodium acetate buffer, 0.32M Ammonium sulfate, 30%(w/v) Glycerol, 8%(w/v) PEG 20000, pH 4.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K |
-データ収集
回折 |
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放射光源 |
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検出器 |
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放射 |
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放射波長 |
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反射 | 解像度: 1.22→30 Å / Num. all: 51735 / Num. obs: 51735 / % possible obs: 99.6 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル |
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-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 3X0I 解像度: 1.22→30 Å / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber /
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.22→30 Å
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拘束条件 |
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