PDB-3x02: Crystal structure of PIP4KIIBETA complex with GMP

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3x02

タイトル

Crystal structure of PIP4KIIBETA complex with GMP

要素

Phosphatidylinositol 5-phosphate 4-kinase type-2 beta

キーワード

TRANSFERASE (転移酵素) /

LIPID KINASE (キナーゼ) / PHOSPHOINOSITIDE SIGNALING

機能・相同性

機能・相同性情報

1-phosphatidylinositol-5-phosphate 4-kinase /

1-phosphatidylinositol-5-phosphate 4-kinase activity / 1-phosphatidyl-1D-myo-inositol 4,5-bisphosphate biosynthetic process / Synthesis of PIPs in the nucleus /

1-phosphatidylinositol-4-phosphate 5-kinase activity / autophagosome-lysosome fusion / positive regulation of autophagosome assembly / PI5P Regulates TP53 Acetylation / Synthesis of PIPs at the plasma membrane / phosphatidylinositol phosphate biosynthetic process ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.45 Å

データ登録者

Takeuchi, K. / Lo, Y.H. / Sumita, K. / Senda, M. / Terakawa, J. / Dimitoris, A. / Locasale, J.W. / Sasaki, M. / Yoshino, H. / Zhang, Y. ...

引用

ジャーナル: Mol.Cell / 年: 2016
タイトル: The Lipid Kinase PI5P4K beta Is an Intracellular GTP Sensor for Metabolism and Tumorigenesis
著者: Sumita, K. / Lo, Y.H. / Takeuchi, K. / Senda, M. / Kofuji, S. / Ikeda, Y. / Terakawa, J. / Sasaki, M. / Yoshino, H. / Majd, N. / Zheng, Y. / Kahoud, E.R. / Yokota, T. / Emerling, B.M. / ...

履歴

登録	2014年10月9日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2015年10月14日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2016年2月3日	Group: Database references
改定 1.2	2023年11月8日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3x02.cif.gz	279.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3x02.ent.gz	228.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3x02.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/x0/3x02 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/x0/3x02	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3wzzSC 3x01C 3x03C 3x04C 3x05C 3x06C 3x07C 3x08C 3x09C 3x0aC 3x0bC 3x0cC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3x03-d 3x08-d 3wzz-d 6ym4-d 3x0c-d 3x0a-d 3x05-d 3x07-d 3x04-d 3x06-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

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PDBのページ

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NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#134 - 2011年2月
インテグリン (Integrin)
類似性 (6)
#31 - 2002年7月
p53腫瘍抑制因子 (p53 Tumor Suppressor)
類似性 (1)
#104 - 2008年8月
セレノシステイン合成酵素 (Selenocysteine Synthase)
類似性 (1)
#151 - 2012年7月
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エンハンセオソーム (Enhanceosome)
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サーチュイン (Sirtuins)
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ヒトパピローマウイルスとワクチン (Human Papillomavirus and Vaccines)
類似性 (1)
#234 - 2019年6月
MDM2とがん (MDM2 and Cancer)
類似性 (1)
#148 - 2012年4月
Rasタンパク質 (Ras Protein)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Phosphatidylinositol 5-phosphate 4-kinase type-2 beta

B: Phosphatidylinositol 5-phosphate 4-kinase type-2 beta

ヘテロ分子

91.7 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	108.753, 183.189, 106.833
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	20
Space group name H-M	C222₁

#1: タンパク質	Phosphatidylinositol 5-phosphate 4-kinase type-2 beta / 1-phosphatidylinositol 5-phosphate 4-kinase 2-beta / Diphosphoinositide kinase 2-beta / ...1-phosphatidylinositol 5-phosphate 4-kinase 2-beta / Diphosphoinositide kinase 2-beta / Phosphatidylinositol 5-phosphate 4-kinase type II beta / PI(5)P 4-kinase type II beta / PIP4KII-beta / PtdIns(5)P-4-kinase isoform 2-beta 分子量: 44928.902 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP RESIDUES 31-416 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PIP4K2B / 発現宿主: Escherichia Coli (大腸菌) 参照: UniProt: P78356, 1-phosphatidylinositol-5-phosphate 4-kinase
#2: 化合物	ChemComp-5GP / GUANOSINE-5'-MONOPHOSPHATE / GMP / グアニル酸分子量: 363.221 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₄N₅O₈P
#3: 水	ChemComp-HOH / water / 水分子量: 18.015 Da / 分子数: 42 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.96 Å³/Da / 溶媒含有率: 58.46 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.5 詳細: 100MM NA-CITRATE, 10MM MG-ACETATE, 100MM LI-ACETATE CONTAINING 8-14%(V/V) PEG4000, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 95 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: AR-NE3A / 波長: 1 / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 270 / 検出器: CCD / 日付: 2012年3月11日
放射	モノクロメーター: SI111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.45→46.76 Å / Num. obs: 39252 / % possible obs: 99.2 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / B_iso Wilson estimate: 59.8 Å²
反射シェル	解像度: 2.5→2.64 Å / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
ADSC	Quantum	データ収集
PHASER		位相決定
PHENIX	(PHENIX.REFINE: 1.7.3_928)	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 3WZZ

3wzz

解像度: 2.45→46.76 Å / SU ML: 0.45 / σ(F): 1.99 / 位相誤差: 24.79 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.255	1962	5 %	Random
R_work	0.224	-	-	-
obs	0.226	39252	99.2 %	-
all	-	39252	-	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.98 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 60.1 Å² / k_sol: 0.35 e/Å³

原子変位パラメータ

B_iso mean: 76.67 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.5983 Å²	-0 Å²	0 Å²
2-	-	3.7207 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-4.319 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.45→46.76 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5111	0	120	42	5273

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.009	5373
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.223	7256
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	17.123	2043
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.078	788
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.006	915

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 14

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	% reflection obs (%)
2.45-2.5113	0.334	139	0.326	2653	100
2.5113-2.5792	0.3874	140	0.3282	2649	100
2.5792-2.6551	0.3547	140	0.3329	2671	100
2.6551-2.7408	0.3849	139	0.3301	2638	100
2.7408-2.8387	0.3134	140	0.2926	2659	100
2.8387-2.9523	0.2837	140	0.2742	2667	100
2.9523-3.0867	0.2725	140	0.2428	2642	100
3.0867-3.2494	0.2596	139	0.2313	2658	100
3.2494-3.4529	0.2913	142	0.2377	2696	100
3.4529-3.7194	0.248	141	0.2209	2668	100
3.7194-4.0935	0.2286	142	0.1945	2697	100
4.0935-4.6854	0.2308	142	0.1672	2708	100
4.6854-5.9012	0.2046	143	0.1779	2720	100
5.9012-46.7661	0.2196	135	0.2179	2564	90

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	5.9319	-0.5971	2.8557	2.7137	0.5579	9.3883	-0.1098	-0.9001	-0.4743	0.1946	0.3984	1.2722	0.3688	-0.4858	-0.3213	0.3555	-0.0485	0.0891	0.3864	0.0756	0.4682	35.6446	38.9469	-8.7606
2	5.6731	2.315	2.1987	3.5083	1.7275	4.9737	-0.1637	0.4614	-0.1874	-0.2579	0.4875	-0.3393	0.0023	1.1182	-0.2514	0.34	-0.0003	0.0814	0.5251	-0.0958	0.2817	45.3133	38.314	-14.3416
3	8.9411	0.577	-0.9944	6.1604	0.729	5.3873	-0.1196	-0.546	0.3655	0.5179	0.1204	0.4973	-0.2038	0.366	-0.0469	0.3716	-0.0313	0.0477	0.3897	-0.0708	0.2585	40.3259	47.1909	-2.1126
4	3.9161	0.6351	0.7587	5.411	3.6896	4.348	-0.5167	0.3314	0.3765	-0.4242	0.8285	-0.3608	-0.5196	1.3943	-0.2956	0.3671	-0.195	0.0535	0.6596	-0.0257	0.3691	49.8439	52.7877	-6.2164
5	5.2964	0.1265	-0.6968	6.9251	1.866	6.075	-0.3848	0.3874	2.3855	-0.7455	0.2626	0.1191	-1.3947	0.4139	0.1657	0.7026	-0.1344	-0.0728	0.6086	0.0773	1.0985	46.1805	73.8732	2.0732
6	5.7017	-1.0598	-2.8529	4.5317	1.6529	8.2241	-0.459	1.1968	0.0463	-0.5441	0.937	-0.9494	-0.2127	1.329	-0.4063	0.4713	-0.3166	0.1113	1.0163	-0.2647	0.7791	62.2524	60.8616	0.4892
7	9.6143	-0.9373	-6.2687	3.0063	1.0483	7.8863	-0.7983	-0.1063	0.4684	0.5911	0.4057	0.6348	0.8146	-0.3727	0.5444	0.6472	-0.03	0.0055	0.4847	-0.1754	0.6041	35.5811	61.8763	14.913
8	7.9397	-0.0395	-2.4863	5.4535	0.1914	5.7943	-0.4282	-1.4353	0.862	1.7963	1.02	0.062	0.5196	0.6734	-0.4736	0.8835	0.1342	-0.0384	0.6263	-0.0552	0.5044	46.4019	57.6429	16.6469
9	7.6497	1.6494	-1.9592	6.251	-1.0682	3.8857	-0.4914	0.6893	0.7496	-0.8294	0.2903	-0.4442	-0.6483	0.5612	-0.0433	0.52	-0.1746	-0.012	0.6813	-0.0268	0.6114	52.8303	63.074	-1.4778
10	8.91	-0.7081	-2.574	6.9532	0.613	5.8577	-0.9925	0.4958	1.5923	-0.9393	0.9393	-1.9599	-2.0152	1.7093	-0.3154	0.7735	-0.6147	0.2289	0.9233	-0.1714	1.4073	61.1767	69.6753	0.206
11	7.1278	3.0574	-0.9231	3.9666	0.3528	5.2075	0.0061	-0.0705	-0.1701	-0.0656	0.17	-0.3645	-0.1915	0.7451	-0.1553	0.287	0.0153	0.0347	0.3049	-0.055	0.2621	35.1741	25.5321	-17.2841
12	7.8406	0.4217	3.5079	7.2841	-4.7739	9.1593	-0.03	0.3047	-0.9673	0.2435	0.0545	-0.4437	1.0816	0.946	-0.0222	0.4585	0.0988	0.0021	0.3184	-0.0953	0.5083	36.9681	12.4013	-14.0427
13	3.7632	0.7293	0.35	5.8491	-0.4971	3.7957	-0.068	0.3063	-0.6034	-0.3339	0.274	0.0912	1.0437	-0.0763	-0.1668	0.5544	-0.0245	-0.0063	0.3184	-0.1349	0.4229	27.5564	10.3826	-20.7792
14	6.6857	-1.5864	-1.3911	5.584	-0.5406	2.9648	-0.3598	1.3599	-1.2138	-1.2627	-0.1553	-0.5658	1.4134	0.6694	0.3672	1.8601	0.3726	0.0883	1.0466	-0.4806	1.0588	34.991	-8.9362	-29.6907
15	3.6349	-3.1307	1.3378	7.5311	-0.1366	2.7509	0.5574	-0.3724	-1.9015	-0.668	1.0212	0.2938	2.8561	-1.8268	-0.7988	1.7839	-0.334	-0.3347	0.3214	-0.1738	1.4732	18.7793	-6.9569	-18.5847
16	2.7098	-1.2093	-0.8274	4.0968	-0.4188	3.3702	0.6945	0.1982	-1.3335	-0.72	-0.1014	0.2064	2.207	-0.3361	-0.4491	1.5458	-0.0681	-0.2755	0.3265	-0.1296	1.1261	25.4945	-5.6118	-16.2512

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	CHAIN A AND (RESSEQ 32:59)
2	X-RAY DIFFRACTION	2	CHAIN A AND (RESSEQ 60:109)
3	X-RAY DIFFRACTION	3	CHAIN A AND (RESSEQ 110:153)
4	X-RAY DIFFRACTION	4	CHAIN A AND (RESSEQ 154:217)
5	X-RAY DIFFRACTION	5	CHAIN A AND (RESSEQ 218:253)
6	X-RAY DIFFRACTION	6	CHAIN A AND (RESSEQ 254:279)
7	X-RAY DIFFRACTION	7	CHAIN A AND (RESSEQ 280:302)
8	X-RAY DIFFRACTION	8	CHAIN A AND (RESSEQ 303:360)
9	X-RAY DIFFRACTION	9	CHAIN A AND (RESSEQ 361:399)
10	X-RAY DIFFRACTION	10	CHAIN A AND (RESSEQ 400:416)
11	X-RAY DIFFRACTION	11	CHAIN B AND (RESSEQ 33:109)
12	X-RAY DIFFRACTION	12	CHAIN B AND (RESSEQ 110:153)
13	X-RAY DIFFRACTION	13	CHAIN B AND (RESSEQ 154:217)
14	X-RAY DIFFRACTION	14	CHAIN B AND (RESSEQ 218:239)
15	X-RAY DIFFRACTION	15	CHAIN B AND (RESSEQ 240:273)
16	X-RAY DIFFRACTION	16	CHAIN B AND (RESSEQ 274:416)

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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