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- PDB-3woc: Crystal structure of a prostate-specific WGA16 glycoprotein lecti... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3woc
タイトルCrystal structure of a prostate-specific WGA16 glycoprotein lectin, form II
要素hypothetical protein
キーワードUNKNOWN FUNCTION / beta-prism-fold
機能・相同性
機能・相同性情報


Jacalin-like lectin domain / Aligned Prism / Vitelline Membrane Outer Layer Protein I, subunit A / Jacalin-like lectin domain / Jacalin-like lectin domain / Jacalin-like lectin domain / Jacalin-type lectin domain profile. / Jacalin-like lectin domain superfamily / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
1,4-ジオキサン / Heparin-binding protein WGA16
類似検索 - 構成要素
生物種Sus scrofa (ブタ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Garenaux, E. / Kanagawa, M. / Tsuchiyama, T. / Hori, K. / Kanazawa, T. / Goshima, A. / Chiba, M. / Yasue, H. / Ikeda, A. / Yamaguchi, Y. ...Garenaux, E. / Kanagawa, M. / Tsuchiyama, T. / Hori, K. / Kanazawa, T. / Goshima, A. / Chiba, M. / Yasue, H. / Ikeda, A. / Yamaguchi, Y. / Sato, C. / Kitajima, K.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2015
タイトル: Discovery, Primary, and Crystal Structures and Capacitation-related Properties of a Prostate-derived Heparin-binding Protein WGA16 from Boar Sperm
著者: Garenaux, E. / Kanagawa, M. / Tsuchiyama, T. / Hori, K. / Kanazawa, T. / Goshima, A. / Chiba, M. / Yasue, H. / Ikeda, A. / Yamaguchi, Y. / Sato, C. / Kitajima, K.
履歴
登録2013年12月26日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02014年12月31日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年3月25日Group: Database references
改定 1.22023年11月8日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: hypothetical protein
B: hypothetical protein
C: hypothetical protein
D: hypothetical protein
E: hypothetical protein
F: hypothetical protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)100,29730
ポリマ－98,1276
非ポリマー2,17024
水4,594255
1
A: hypothetical protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)17,24711
ポリマ－16,3541
非ポリマー89310
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: hypothetical protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,7195
ポリマ－16,3541
非ポリマー3644
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: hypothetical protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,4512
ポリマ－16,3541
非ポリマー961
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
D: hypothetical protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,6274
ポリマ－16,3541
非ポリマー2723
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
5
E: hypothetical protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,6274
ポリマ－16,3541
非ポリマー2723
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
6
F: hypothetical protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,6274
ポリマ－16,3541
非ポリマー2723
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
7
A: hypothetical protein
E: hypothetical protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,87415
ポリマ－32,7092
非ポリマー1,16513
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1540 Å2
ΔGint-13 kcal/mol
Surface area13160 Å2
手法PISA
8
B: hypothetical protein
ヘテロ分子

D: hypothetical protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,3469
ポリマ－32,7092
非ポリマー6377
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation1_554x,y,z-11
Buried area1640 Å2
ΔGint-14 kcal/mol
Surface area13390 Å2
手法PISA
9
C: hypothetical protein
F: hypothetical protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,0776
ポリマ－32,7092
非ポリマー3684
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1650 Å2
ΔGint-13 kcal/mol
Surface area12870 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)134.483, 77.848, 87.187
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 91.30, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質
hypothetical protein /


分子量: 16354.448 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Sus scrofa (ブタ) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A0A8IK66*PLUS
#2: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン / 硫酸塩


分子量: 96.063 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 化合物
ChemComp-DIO / 1,4-DIETHYLENE DIOXIDE / 1,4-ジオキサン / 1,4-ジオキサン


分子量: 88.105 Da / 分子数: 16 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H8O2
#4: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル / グリセリン


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 255 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
配列の詳細THE SEQUENCE OF THIS PROTEIN WAS NOT AVAILABLE AT THE UNIPROT KNOWLEDGEBASE DATABASE (UNIPROTKB) AT ...THE SEQUENCE OF THIS PROTEIN WAS NOT AVAILABLE AT THE UNIPROT KNOWLEDGEBASE DATABASE (UNIPROTKB) AT THE TIME OF DEPOSITION. DNA SEQUENCE FOR EACH CHAIN HAS DDBJ ACCESSION NUMBER AB851481.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.32 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.09 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 0.1M MES pH 6.5, 1.6M (NH4)2SO4, 10%(v/v) 1,4-dioxane, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: AR-NW12A / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2013年1月30日
放射モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.4→87.04 Å / Num. obs: 35861 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 5.7 % / Rmerge(I) obs: 0.069 / Net I/σ(I): 22.4
反射 シェル解像度: 2.4→2.44 Å / 冗長度: 5.7 % / Rmerge(I) obs: 0.612 / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / % possible all: 99.3

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
MOLREP位相決定
REFMAC5.2.0019精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3AQG

3aqg


解像度: 2.4→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.915 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.865 / SU B: 12.965 / SU ML: 0.306 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.604 / ESU R Free: 0.347 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.31954 1784 5 %RANDOM
Rwork0.25223 ---
obs0.25569 33943 99.21 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 39.536 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.5 Å20 Å20.46 Å2
2--1.9 Å20 Å2
3----2.37 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.4→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6352 0 138 255 6745
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0060.0226668
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.0151.9468972
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.635818
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg28.48222.518278
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.281151002
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.6881532
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.070.2902
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0020.025040
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.1760.22798
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3110.24409
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1230.2274
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.150.2133
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1180.213
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.3411.54126
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.61426352
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it0.45632999
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it0.7324.52620
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.4→2.448 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.425 104 -
Rwork0.323 2381 -
obs--93.53 %

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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