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- PDB-3w80: Crystal structure of dodecamer human insulin with double C-axis l... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3w80
タイトルCrystal structure of dodecamer human insulin with double C-axis length of the hexamer 2 Zn insulin cell
要素(Insulinインスリン) x 2
キーワードHORMONE (ホルモン) / Human insulin (インスリン製剤) / glucose metabolism (炭水化物代謝) / secretion (分泌)
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of NAD(P)H oxidase activity / negative regulation of glycogen catabolic process / regulation of cellular amino acid metabolic process / Signaling by Insulin receptor / IRS activation / nitric oxide-cGMP-mediated signaling / negative regulation of fatty acid metabolic process / Insulin processing / negative regulation of feeding behavior / regulation of protein secretion ...negative regulation of NAD(P)H oxidase activity / negative regulation of glycogen catabolic process / regulation of cellular amino acid metabolic process / Signaling by Insulin receptor / IRS activation / nitric oxide-cGMP-mediated signaling / negative regulation of fatty acid metabolic process / Insulin processing / negative regulation of feeding behavior / regulation of protein secretion / positive regulation of peptide hormone secretion / Regulation of gene expression in beta cells / positive regulation of respiratory burst / positive regulation of dendritic spine maintenance / alpha-beta T cell activation / negative regulation of acute inflammatory response / negative regulation of respiratory burst involved in inflammatory response / negative regulation of protein secretion / fatty acid homeostasis / Synthesis, secretion, and deacylation of Ghrelin / positive regulation of glycogen biosynthetic process / positive regulation of lipid biosynthetic process / Signal attenuation / FOXO-mediated transcription of oxidative stress, metabolic and neuronal genes / negative regulation of gluconeogenesis / positive regulation of nitric oxide mediated signal transduction / regulation of protein localization to plasma membrane / COPI-mediated anterograde transport / negative regulation of lipid catabolic process / negative regulation of oxidative stress-induced intrinsic apoptotic signaling pathway / negative regulation of reactive oxygen species biosynthetic process / positive regulation of insulin receptor signaling pathway / 小胞 / positive regulation of protein autophosphorylation / Insulin receptor recycling / insulin-like growth factor receptor binding / NPAS4 regulates expression of target genes / positive regulation of protein metabolic process / neuron projection maintenance / endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment membrane / positive regulation of brown fat cell differentiation / activation of protein kinase B activity / positive regulation of glycolytic process / Insulin receptor signalling cascade / positive regulation of mitotic nuclear division / Regulation of insulin secretion / positive regulation of nitric-oxide synthase activity / positive regulation of long-term synaptic potentiation / endosome lumen / positive regulation of cytokine production / acute-phase response / positive regulation of protein secretion / regulation of transmembrane transporter activity / positive regulation of cell differentiation / positive regulation of glucose import / negative regulation of proteolysis / regulation of synaptic plasticity / wound healing / insulin receptor binding / negative regulation of protein catabolic process / positive regulation of neuron projection development / hormone activity / 認識 / Golgi lumen / vasodilation / positive regulation of protein localization to nucleus / glucose metabolic process / regulation of protein localization / glucose homeostasis / cell-cell signaling / insulin receptor signaling pathway / positive regulation of NF-kappaB transcription factor activity / PI5P, PP2A and IER3 Regulate PI3K/AKT Signaling / positive regulation of cell growth / secretory granule lumen / protease binding / positive regulation of MAPK cascade / positive regulation of phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / positive regulation of cell migration / G protein-coupled receptor signaling pathway / Amyloid fiber formation / 小胞体 / ゴルジ体 / negative regulation of gene expression / positive regulation of cell population proliferation / positive regulation of gene expression / regulation of DNA-templated transcription / extracellular space / extracellular region / identical protein binding
類似検索 - 分子機能
インスリン / Insulin family / Insulin/IGF/Relaxin family / Insulin, conserved site / Insulin family signature. / Insulin-like / Insulin / insulin-like growth factor / relaxin family. / Insulin-like superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.4 Å
データ登録者Murayoshi, M. / Sasaki, K. / Sakabe, N. / Sakabe, K.
引用
ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structure of dodecamer insulin with double C-axis length of the hexamer 2 Zn insulin celll
著者: Murayoshi, M. / Sasaki, K. / Sakabe, N. / Sakabe, K.
#1: ジャーナル: NUCL INSTRUM METHODS PHYS RES A / 年: 2001
タイトル: Automatic Weissenberg data collection system for time-resolved protein crystallography
著者: Sakabe, N. / Sakabe, K. / Higashi, T. / Igarashi, N. / Suzuki, M. / Watanabe, N. / Sasaki, K.
#2: ジャーナル: J.SYNCHROTRON RADIAT. / 年: 1999
タイトル: Rotated-inclined focusing monochromator with simultaneous tuning of asymmetry factor and radius of curvature over a wide wavelength range
著者: Watanabe, N. / Suzuki, M. / Higashi, Y. / Sakabe, N.
#3: ジャーナル: J.SYNCHROTRON RADIAT. / 年: 1997
タイトル: Large-Format Imaging Plate and Weissenberg Camera for Accurate Protein Crystallographic Data Collection Using Synchrotron Radiation
著者: Sakabe, K. / Sasaki, K. / Watanabe, N. / Suzuki, M. / Wang, Z.G. / Miyahara, J. / Sakabe, N.
#4: ジャーナル: PHILOS.TRANS.R.SOC.LOND.B BIOL.SCI. / 年: 1988
タイトル: The structure of 2Zn pig insulin crystals at 1.5A resolution
著者: Baker, E. / Blundell, T.L. / Cutfield, J.F. / Cutfield, S.M. / Dodson, E.J. / Dodson, G. / Hodgkin, D.M.C. / Hubbard, E. / Isaacs, N.W. / Reynolds, C.D. / Sakabe, K. / Sakabe, N. / Vijayan, N.M.
#5: ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.A / 年: 1972
タイトル: A statistical evaluation of absorption
著者: Katayama, C. / Sakabe, N. / Sakabe, K.
#6: ジャーナル: J.APPL.CRYSTALLOGR. / 年: 1989
タイトル: The processing of diffraction data taken on a screenless Weissenberg camera for macromolecular crystallography
著者: Higashi, T.
履歴
登録2013年3月11日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02013年7月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年11月22日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.22018年3月7日Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_detector / Item: _diffrn_detector.detector
改定 1.32023年11月8日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Insulin
B: Insulin
C: Insulin
D: Insulin
E: Insulin
F: Insulin
G: Insulin
H: Insulin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,53212
ポリマ－23,2718
非ポリマー2624
水5,963331
1
A: Insulin
B: Insulin
C: Insulin
D: Insulin
ヘテロ分子

A: Insulin
B: Insulin
C: Insulin
D: Insulin
ヘテロ分子

A: Insulin
B: Insulin
C: Insulin
D: Insulin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,29818
ポリマ－34,90612
非ポリマー3926
水21612
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-y,x-y,z1
crystal symmetry operation3_555-x+y,-x,z1
Buried area19610 Å2
ΔGint-257 kcal/mol
Surface area13260 Å2
手法PISA
2
E: Insulin
F: Insulin
G: Insulin
H: Insulin
ヘテロ分子

E: Insulin
F: Insulin
G: Insulin
H: Insulin
ヘテロ分子

E: Insulin
F: Insulin
G: Insulin
H: Insulin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,29818
ポリマ－34,90612
非ポリマー3926
水21612
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-y,x-y,z1
crystal symmetry operation3_555-x+y,-x,z1
Buried area19760 Å2
ΔGint-255 kcal/mol
Surface area13100 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)82.720, 82.720, 68.140
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number146
Space group name H-MH3
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11B-101-

ZN

21D-101-

ZN

31F-101-

ZN

41H-101-

ZN

51B-234-

HOH

61B-244-

HOH

71B-245-

HOH

81F-232-

HOH

91F-241-

HOH

101F-242-

HOH

-
要素

#1: タンパク質・ペプチド
Insulin / インスリン / Insulin A chain


分子量: 2383.698 Da / 分子数: 4 / 断片: UNP residues 90-110 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P01308
#2: タンパク質・ペプチド
Insulin / インスリン / Insulin B chain


分子量: 3433.953 Da / 分子数: 4 / 断片: UNP residues 25-54 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P01308
#3: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#4: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 331 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.93 Å3/Da / 溶媒含有率: 36.2 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.67
詳細: 10mg/ml protein, 0.1M Sodium Citrate, 22%(v/v) DMF, 0.08%(w/v) Zinc chloride, pH 8.67, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-6C / 波長: 1 Å
検出器タイプ: Fully automatic high speed Weissenberg data collection system called Galaxy
検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2003年11月5日
詳細: The vertically focusing 1m long bent mirror of Pt-coated fused silica is 21m from the SR source point and 7m from the focus point
放射モノクロメーター: Rotated-inclined focusing Si(111) crystal
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1→50 Å / Num. obs: 90240 / 冗長度: 4.46 % / Rmerge(I) obs: 0.05476

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
WEISデータスケーリング
CCP4モデル構築
REFMAC5.7.0032精密化
WEISデータ削減
CCP4位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3w7y

3w7y


解像度: 1.4→10 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.985 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.966 / SU B: 3.964 / SU ML: 0.065 / Isotropic thermal model: anisotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.095 / ESU R Free: 0.087 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.24845 1700 5 %RANDOM
Rwork0.1822 ---
obs0.18539 32370 99.46 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 24.619 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.05 Å20.05 Å20 Å2
2--0.05 Å2-0 Å2
3----0.15 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.4→10 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1620 0 4 331 1955
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.010.0191664
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2581.9542260
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.5625196
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.5424.580
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg11.74615260
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg6.368154
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0820.2248
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.021272
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr2.88931660
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free49.868589
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded22.92251866
LS精密化 シェル解像度: 1.4→1.436 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.363 115 -
Rwork0.356 2317 -
obs-2146 97.99 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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