PDB-3w1i: Crystal structure of the N-terminal truncated selenocysteine synt...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3w1i

タイトル

Crystal structure of the N-terminal truncated selenocysteine synthase SelA

要素

L-seryl-tRNA(Sec) selenium transferase

キーワード

TRANSFERASE (転移酵素) / homodecamer / pentamer of dimers / fold-type I pyridoxal 5'-phosphate (PLP) dependent enzyme / L-seryl-tRNA(Sec) selenium transferase / selenocysteine synthesis / selenium metabolism

機能・相同性

機能・相同性情報

L-seryl-tRNASec selenium transferase / L-seryl-tRNA(Sec) selenium transferase activity / selenocysteine incorporation / identical protein binding /

細胞質
類似検索 - 分子機能

生物種

Aquifex aeolicus (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

多波長異常分散 / 解像度: 3.192 Å

データ登録者

Itoh, Y. / Sekine, S. / Yokoyama, S.

引用

ジャーナル: Science / 年: 2013
タイトル: Decameric SelA-tRNA(Sec) ring structure reveals mechanism of bacterial selenocysteine formation
著者: Itoh, Y. / Brocker, M.J. / Sekine, S. / Hammond, G. / Suetsugu, S. / Soll, D. / Yokoyama, S.

履歴

登録	2012年11月15日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2013年6月5日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2017年11月22日	Group: Refinement description / カテゴリ: software

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3w1i.cif.gz	1.5 MB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3w1i.ent.gz	1.3 MB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3w1i.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/w1/3w1i ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/w1/3w1i	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3w1hC 3w1jC 3w1kC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3w1j-d 3gyr-2 30401 3jqo-d 3gyr-1 6y3x-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#255 - 2021年3月シスプラチンとDNA (Cisplatin and DNA) 類似性 (1)

登録構造単位

A: L-seryl-tRNA(Sec) selenium transferase

B: L-seryl-tRNA(Sec) selenium transferase

C: L-seryl-tRNA(Sec) selenium transferase

D: L-seryl-tRNA(Sec) selenium transferase

E: L-seryl-tRNA(Sec) selenium transferase

F: L-seryl-tRNA(Sec) selenium transferase

G: L-seryl-tRNA(Sec) selenium transferase

H: L-seryl-tRNA(Sec) selenium transferase

I: L-seryl-tRNA(Sec) selenium transferase

J: L-seryl-tRNA(Sec) selenium transferase

ヘテロ分子

444 kDa, 10 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	92.825, 280.936, 97.645
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 113.450, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	L-seryl-tRNA(Sec) selenium transferase / Selenocysteine synthase / Sec synthase / Selenocysteinyl-tRNA(Sec) synthase 分子量: 44373.262 Da / 分子数: 10 断片: the core and C-terminal domains, UNP residues 62-452 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Aquifex aeolicus (バクテリア) / 株: VF5 / 遺伝子: selA / プラスミド: pET22b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta 2(DE3) 参照: UniProt: O67140, L-seryl-tRNASec selenium transferase
#2: 化合物	ChemComp-PT / PLATINUM (II) ION 分子量: 195.078 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Pt
#3: 化合物	ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン分子量: 39.098 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: K

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

-
試料調製

結晶

ID	マシュー密度 (Å³/Da)	溶媒含有率 (%)
1	2.63	53.27
2

結晶化

温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 120mM Tris-HCl, 11% PEG 4000, 400mM CaCl2, 160mM KCl, 5.0mM NiCl2, 50mM Na2S2O3, 50mM L-serine, 0.2M NaCl, 10mM 2-mercaptoethanol, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折

ID	平均測定温度 (K)	Crystal-ID
1	90	1
2	90	2

放射光源

由来	サイト	ビームライン	ID	波長 (Å)
シンクロトロン	Photon Factory	BL-17A	1	1.07117
シンクロトロン	SPring-8	BL41XU	2	0.97917, 0.97947

検出器

タイプ	ID	検出器	日付	詳細
ADSC QUANTUM 270	1	CCD	2008年3月4日	mirrors
ADSC QUANTUM 315	2	CCD	2008年2月19日	mirrors

放射

ID	モノクロメーター	プロトコル	単色(M)・ラウエ(L)	散乱光タイプ	Wavelength-ID
1	Si	SINGLE WAVELENGTH	M	x-ray	1
2	Si	MAD	M	x-ray	1

放射波長

ID	波長 (Å)	相対比
1	1.07117	1
2	0.97917	1
3	0.97947	1

反射

解像度: 3.192→50 Å / Num. all: 75523 / Num. obs: 75145 / % possible obs: 99.5 % / Observed criterion σ(I): -2 / 冗長度: 7.4 % / R_merge(I) obs: 0.09 / R_sym value: 0.09 / Net I/σ(I): 22.4

反射シェル

解像度: 3.2→3.31 Å / 冗長度: 6.2 % / R_merge(I) obs: 0.674 / Mean I/σ(I) obs: 2.5 / Num. unique all: 7513 / R_sym value: 0.674 / % possible all: 96

-
位相決定

位相決定	手法: 多波長異常分散

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
直接法		位相決定
PHENIX	1.7.1_743	精密化
PDB_EXTRACT	3.11	データ抽出
ADSC	Quantum	データ収集
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
autoSHARP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

多波長異常分散 / 解像度: 3.192→48.941 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.25 / FOM work R set: 0.8066 / SU ML: 0.87 / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 26.43 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2354	3750	5 %	RANDOM
R_work	0.1738	-	-	-
obs	0.1769	75046	99.02 %	-
all	-	75789	-	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 83.01 Å² / k_sol: 0.294 e/Å³

原子変位パラメータ

B_iso max: 377.04 Å² / B_iso mean: 130.1176 Å² / B_iso min: 52.49 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-21.7714 Å²	-0 Å²	-6.6801 Å²
2-	-	-9.6703 Å²	0 Å²
3-	-	-	31.4417 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 3.192→48.941 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	30712	0	7	0	30719

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.009	31122
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.22	41863
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.071	4840
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.004	5321
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	14.459	12109

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 27

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
3.1925-3.2329	0.3679	105	0.2771	2173	2278	82
3.2329-3.2754	0.3376	150	0.272	2554	2704	96
3.2754-3.3202	0.3303	148	0.2803	2623	2771	99
3.3202-3.3677	0.3644	122	0.2634	2707	2829	100
3.3677-3.4179	0.3128	153	0.2588	2567	2720	100
3.4179-3.4713	0.2863	139	0.2327	2726	2865	100
3.4713-3.5282	0.3236	136	0.231	2620	2756	100
3.5282-3.589	0.3083	142	0.23	2689	2831	100
3.589-3.6543	0.2576	136	0.2164	2621	2757	100
3.6543-3.7245	0.3154	137	0.2163	2709	2846	100
3.7245-3.8005	0.305	121	0.2027	2650	2771	100
3.8005-3.8831	0.2548	164	0.1874	2667	2831	100
3.8831-3.9734	0.2307	142	0.1783	2622	2764	100
3.9734-4.0728	0.2456	138	0.1693	2726	2864	100
4.0728-4.1828	0.2374	149	0.1687	2632	2781	100
4.1828-4.3058	0.2453	148	0.1648	2623	2771	100
4.3058-4.4447	0.1876	137	0.1388	2684	2821	100
4.4447-4.6035	0.1847	148	0.1287	2641	2789	100
4.6035-4.7876	0.1764	135	0.1195	2671	2806	100
4.7876-5.0053	0.1974	131	0.1354	2686	2817	100
5.0053-5.2689	0.2267	133	0.1492	2669	2802	100
5.2689-5.5986	0.2385	126	0.1665	2680	2806	100
5.5986-6.0302	0.2406	137	0.2011	2675	2812	100
6.0302-6.6357	0.2917	153	0.2014	2693	2846	100
6.6357-7.5928	0.2291	137	0.1666	2664	2801	100
7.5928-9.5544	0.1781	148	0.1263	2678	2826	100
9.5544-48.947	0.2104	135	0.1756	2646	2781	98

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	4.6059	-0.5107	1.2324	1.7904	0.8106	4.9792	-0.0737	0.7079	0.4068	-0.1332	-0.1048	-0.2889	-0.4147	0.7363	-0.1788	0.8658	0.0461	0.0127	0.8974	-0.0075	0.9347	-49.4175	192.191	99.1814
2	2.255	-0.5647	-0.51	5.2106	0.6467	1.4515	-0.1243	-0.5488	-0.0424	0.5456	0.0718	-0.2138	0.0314	0.0325	0.0604	0.7512	0.1405	-0.1579	0.8171	0.0326	0.6458	-28.5463	177.2659	107.3905
3	2.2608	-0.9075	1.3117	2.0219	-1.9545	2.5299	-0.0489	-0.2981	-0.2279	0.4823	0.2951	0.2329	0.002	-0.0178	-0.2779	1.0644	0.0567	0.0517	1.0315	-0.0222	0.6671	-61.8669	187.0468	110.2525
4	8.2957	1.2256	-0.0994	8.8335	-0.0135	5.8067	0.0521	-0.5612	1.4396	1.5451	0.4867	1.4791	-0.0875	0.3222	-0.1287	1.3928	-0.0077	-0.0056	0.9407	-0.2372	1.4353	-23.6462	205.3251	106.8689
5	3.5364	0.5121	-1.6939	1.2783	-0.4293	3.2036	0.0334	0.4275	0.3712	0.1773	-0.0718	-0.1297	-0.3295	-0.0944	0.0428	0.6925	0.1216	-0.0311	0.7043	0.0345	0.8529	-27.7683	195.2894	84.3038
6	2.2884	-0.0359	-0.2143	2.3968	-0.0485	4.3898	0.3229	-0.653	0.8402	0.6777	-0.2629	-1.1757	-1.5452	0.9184	-0.1145	1.7051	-0.2864	-0.1271	1.2957	-0.1155	1.8523	-18.5506	219.2709	107.5034
7	5.8765	-0.4558	1.737	6.174	-1.4114	7.6546	0.1761	0.7229	-0.3229	0.292	0.7589	0.3827	0.0112	0.0447	-1.0283	0.9674	0.0529	-0.0363	0.7697	0.0445	1.1886	10.6886	215.8627	61.9938
8	3.6134	1.6119	-1.4402	1.7103	-1.2217	3.2911	0.096	-0.1343	0.321	-0.0321	-0.1357	0.2608	-0.3996	-0.0559	0.056	0.7275	0.0726	-0.0838	0.5937	-0.0054	0.785	15.7179	197.0252	80.2945
9	1.1627	0.3768	1.5799	3.5908	-1.4927	3.1315	-0.4399	0.0387	0.7142	0.638	0.3475	1.0343	-1.3792	-0.4046	0.1447	1.4961	0.1975	-0.1453	0.8717	0.0316	1.3776	6.1182	229.2049	72.23
10	4.4087	-0.3103	0.1247	1.8851	-0.4261	3.4939	-0.4415	-0.2358	0.0168	0.8577	0.528	0.2109	-0.3831	-0.0162	-0.0805	1.031	0.1125	-0.0373	0.9588	0.1218	0.8332	37.4106	201.9219	62.8101
11	1.681	0.8768	-0.4304	4.476	1.2908	1.3489	0.025	0.6602	0.2886	-0.949	-0.0331	0.6783	-0.2162	-0.071	0.0065	0.9426	0.0991	-0.3016	0.801	0.064	0.7294	16.4863	192.097	51.7607
12	3.2018	1.0192	0.9238	0.8203	1.77	2.6753	-0.0837	0.719	0.1212	-0.4288	0.4238	-0.1186	-0.0912	0.4381	-0.2286	1.1644	0.0442	0.0484	1.1031	0.145	0.9327	49.7347	201.6447	53.4191
13	3.5333	0.0792	0.3702	4.7104	1.2643	6.2429	-0.2811	1.055	-0.0498	-1.442	-0.4267	-0.7664	-1.4711	0.6623	0.8851	1.3435	-0.1893	0.0753	1.2391	0.1935	0.8307	40.2632	156.9021	27.1459
14	2.338	-0.143	0.4045	5.6123	2.5198	3.5549	-0.3486	-0.2199	0.1692	0.032	0.4065	-0.5354	0.185	0.581	-0.0497	0.6461	0.074	-0.0046	0.8481	0.0271	0.518	38.6242	154.4357	53.2874
15	3.7633	-0.3141	1.7285	1.9174	-1.5303	4.711	-0.9119	1.3727	1.5247	-0.865	0.1252	0.3001	-0.9043	0.8458	0.7599	1.809	-0.4771	-0.2681	1.4188	0.2771	1.6193	51.5356	168.3802	24.1515
16	6.0117	-2.5668	1.753	3.8218	-1.4088	6.8219	-0.446	-0.6467	0.3215	-0.126	0.033	-0.9211	-1.2859	0.2718	0.4369	1.0497	0.1091	0.0359	0.9501	-0.0412	0.977	46.4882	131.2765	41.5294
17	6.4248	-1.1806	-0.7489	3.2705	1.8648	4.016	-0.2235	0.484	-0.2477	-0.5764	0.0342	0.634	0.1027	-0.198	0.1899	0.7781	-0.0182	-0.0802	0.5664	0.0235	0.6482	21.5778	138.7598	35.5304
18	3.6055	-0.3662	1.251	2.558	1.4609	3.8581	0.3154	-0.2208	-0.8948	0.9398	0.2348	-0.6636	0.8436	0.8165	-0.512	1.5062	0.1894	-0.1906	1.1225	-0.0455	1.0426	47.902	116.4117	32.9277
19	5.3056	-1.8985	0.0152	3.381	-0.2942	3.2035	-0.5632	0.3749	-1.7326	-0.8706	0.6125	-0.2236	0.3795	-0.1258	0.0434	1.4266	-0.0146	0.4913	1.058	-0.4221	1.8956	0.2144	97.0988	41.764
20	4.0311	1.1956	0.719	4.3268	1.2636	1.599	0.1338	-0.3976	-1.3689	0.2045	-0.1899	-1.1844	0.3137	0.2739	0.0354	0.8039	0.0113	0.1209	0.8261	0.2832	1.4532	8.633	107.7438	63.3506
21	1.2168	0.7702	1.4282	1.956	0.5237	3.9824	0.015	0.8266	-0.467	-0.7	0.3336	-0.3321	0.5989	0.7879	-0.2967	1.5589	0.0007	0.3373	1.3792	-0.2228	2.162	11.869	92.2463	32.4844
22	5.7415	1.1947	1.0577	3.6481	-0.4655	4.3431	-0.3324	-0.56	-1.7652	0.1317	1.0184	0.3109	0.1152	-0.2763	-0.7509	1.1906	-0.0013	0.2925	0.9792	0.4209	1.8803	-10.9145	88.8954	68.4145
23	5.8277	-1.2582	0.1188	6.683	1.636	1.9075	0.0767	0.0466	-0.4631	-0.5688	-0.0014	0.0089	0.0683	-0.2709	-0.074	0.7767	-0.0222	0.0996	0.6659	0.1567	0.5677	-19.7258	109.75	56.7484
24	2.6096	-1.4685	2.1858	3.2482	-0.9496	2.7203	0.5418	-1.2664	-1.6515	0.6201	0.2807	0.6563	0.4826	-0.6563	-0.8145	1.2121	-0.1948	-0.0129	1.4913	0.6619	2.1279	-23.1237	79.5609	72.7434
25	3.891	-1.4818	0.5269	3.8586	0.4509	7.0459	-0.5594	0.698	0.0739	0.5527	-0.3456	2.1888	0.0598	-0.794	1.0885	0.8933	-0.3897	0.1336	1.4598	-0.1963	1.7718	-56.5741	116.7442	90.0895
26	5.9121	0.0876	-1.3477	4.0115	-0.7533	2.1464	0.1646	-0.7428	0.0687	0.5886	-0.1664	0.2134	0.3027	0.0807	-0.0196	0.8053	-0.1142	0.0213	0.9696	-0.0322	0.5485	-32.4998	121.8534	97.0934
27	3.8481	-0.4305	1.0288	0.8369	-0.6606	0.7071	0.5098	0.1736	-1.2316	0.0121	-0.3664	0.5709	0.4491	-0.3426	-0.1693	1.4491	-0.2525	0.0271	1.3992	-0.2787	1.6148	-59.4338	101.2718	88.9366
28	5.6065	-1.2119	1.5974	1.9473	1.2015	5.3215	0.5193	-0.7085	0.2579	0.4673	-0.2171	1.1413	0.5386	-1.4733	-0.2685	0.985	-0.1578	0.4373	1.6447	-0.2002	1.1859	-51.3394	135.2186	113.0032
29	1.6996	0.4912	-0.2219	4.3174	-0.5423	1.8693	-0.2878	0.2028	0.2599	-0.1572	0.077	1.0501	0.0782	-0.8456	0.221	0.6425	0.0028	-0.0041	1.1955	-0.0831	0.9819	-50.1509	143.8666	89.1803
30	2.3555	-0.2855	1.0438	2.0608	-1.4706	1.9288	-0.3047	-0.8081	0.4656	0.8642	0.271	0.2625	-0.1725	-1.1501	-0.0258	1.1781	-0.0077	0.3828	2.0193	-0.3874	1.5918	-59.8469	144.1672	122.0212

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	CHAIN A AND (RESSEQ 61:89)	A	61 - 89
2	X-RAY DIFFRACTION	2	CHAIN A AND (RESSEQ 90:338)	A	90 - 338
3	X-RAY DIFFRACTION	3	CHAIN A AND (RESSEQ 339:452)	A	339 - 452
4	X-RAY DIFFRACTION	4	CHAIN B AND (RESSEQ 65:89)	B	65 - 89
5	X-RAY DIFFRACTION	5	CHAIN B AND (RESSEQ 90:338)	B	90 - 338
6	X-RAY DIFFRACTION	6	CHAIN B AND (RESSEQ 339:452)	B	339 - 452
7	X-RAY DIFFRACTION	7	CHAIN C AND (RESSEQ 61:89)	C	61 - 89
8	X-RAY DIFFRACTION	8	CHAIN C AND (RESSEQ 90:338)	C	90 - 338
9	X-RAY DIFFRACTION	9	CHAIN C AND (RESSEQ 339:452)	C	339 - 452
10	X-RAY DIFFRACTION	10	CHAIN D AND (RESSEQ 64:89)	D	64 - 89
11	X-RAY DIFFRACTION	11	CHAIN D AND (RESSEQ 90:338)	D	90 - 338
12	X-RAY DIFFRACTION	12	CHAIN D AND (RESSEQ 339:452)	D	339 - 452
13	X-RAY DIFFRACTION	13	CHAIN E AND (RESSEQ 62:89)	E	62 - 89
14	X-RAY DIFFRACTION	14	CHAIN E AND (RESSEQ 90:338)	E	90 - 338
15	X-RAY DIFFRACTION	15	CHAIN E AND (RESSEQ 339:452)	E	339 - 452
16	X-RAY DIFFRACTION	16	CHAIN F AND (RESSEQ 61:89)	F	61 - 89
17	X-RAY DIFFRACTION	17	CHAIN F AND (RESSEQ 90:338)	F	90 - 338
18	X-RAY DIFFRACTION	18	CHAIN F AND (RESSEQ 339:452)	F	339 - 452
19	X-RAY DIFFRACTION	19	CHAIN G AND (RESSEQ 64:89)	G	64 - 89
20	X-RAY DIFFRACTION	20	CHAIN G AND (RESSEQ 90:338)	G	90 - 338
21	X-RAY DIFFRACTION	21	CHAIN G AND (RESSEQ 339:452)	G	339 - 452
22	X-RAY DIFFRACTION	22	CHAIN H AND (RESSEQ 63:89)	H	63 - 89
23	X-RAY DIFFRACTION	23	CHAIN H AND (RESSEQ 90:338)	H	90 - 338
24	X-RAY DIFFRACTION	24	CHAIN H AND (RESSEQ 339:452)	H	339 - 452
25	X-RAY DIFFRACTION	25	CHAIN I AND (RESSEQ 64:89)	I	64 - 89
26	X-RAY DIFFRACTION	26	CHAIN I AND (RESSEQ 90:338)	I	90 - 338
27	X-RAY DIFFRACTION	27	CHAIN I AND (RESSEQ 339:452)	I	339 - 452
28	X-RAY DIFFRACTION	28	CHAIN J AND (RESSEQ 64:89)	J	64 - 89
29	X-RAY DIFFRACTION	29	CHAIN J AND (RESSEQ 90:338)	J	90 - 338
30	X-RAY DIFFRACTION	30	CHAIN J AND (RESSEQ 339:452)	J	339 - 452

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
位相決定

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-位相決定

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
位相決定

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)