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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3w0r | ||||||
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タイトル | Crystal structure of a thermostable mutant of aminoglycoside phosphotransferase APH(4)-Ia (N202A), ternary complex with AMP-PNP and hygromycin B | ||||||
要素 | Hygromycin-B 4-O-kinase | ||||||
キーワード | TRANSFERASE/ANTIBIOTIC / phosphotransferase / TRANSFERASE-ANTIBIOTIC complex | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Escherichia coli (大腸菌) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å | ||||||
データ登録者 | Iino, D. / Takakura, Y. / Fukano, K. / Sasaki, Y. / Hoshino, T. / Ohsawa, K. / Nakamura, A. / Yajima, S. | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Struct.Biol. / 年: 2013 タイトル: Crystal structures of the ternary complex of APH(4)-Ia/Hph with hygromycin B and an ATP analog using a thermostable mutant. 著者: Iino, D. / Takakura, Y. / Fukano, K. / Sasaki, Y. / Hoshino, T. / Ohsawa, K. / Nakamura, A. / Yajima, S. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 3w0r.cif.gz | 77.8 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb3w0r.ent.gz | 57.2 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 3w0r.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/w0/3w0r ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/w0/3w0r | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 39033.766 Da / 分子数: 1 / 変異: D20G, A118V, S225P, Q226L, T246A, N202A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: hph / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P00557, hygromycin B 4-O-kinase |
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#2: 化合物 | ChemComp-ANP / |
#3: 化合物 | ChemComp-HY0 / |
#4: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.23 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.95 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.2 詳細: 0.1M sodium chloride, 12% MPD, 0.1M sodium acetate, pH 5.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 95 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-17A / 波長: 1 Å |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 270 / 検出器: CCD / 日付: 2008年2月23日 |
放射 | モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.3→60.63 Å / Num. all: 16234 / Num. obs: 16072 / % possible obs: 99 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 |
反射 シェル | 解像度: 2.3→2.38 Å / % possible all: 92.5 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.3→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.951 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.934 / SU B: 5.286 / SU ML: 0.128 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.301 / ESU R Free: 0.2 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 34.492 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.3→50 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.296→2.355 Å / Total num. of bins used: 20
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