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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3vzj | ||||||
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タイトル | Crystal structure of the Bacillus circulans endo-beta-(1,4)-xylanase (BcX) E172H mutant | ||||||
要素 | Endo-1,4-beta-xylanaseキシラナーゼ | ||||||
キーワード | HYDROLASE (加水分解酵素) / xylanase (キシラナーゼ) / GH-11 glycoside hydrolase | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Bacillus circulans (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.406 Å | ||||||
データ登録者 | Ludwiczek, M.L. / D'Angelo, I. / Yalloway, G.N. / Okon, M. / Nielsen, J.E. / Strynadka, N.C. / Withers, S.G. / McIntosh, L.P. | ||||||
引用 | ジャーナル: Biochemistry / 年: 2013 タイトル: Strategies for modulating the pH-dependent activity of a family 11 glycoside hydrolase 著者: Ludwiczek, M.L. / D'Angelo, I. / Yalloway, G.N. / Brockerman, J.A. / Okon, M. / Nielsen, J.E. / Strynadka, N.C. / Withers, S.G. / McIntosh, L.P. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 3vzj.cif.gz | 151.2 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb3vzj.ent.gz | 121 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 3vzj.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vz/3vzj ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vz/3vzj | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 20418.037 Da / 分子数: 4 / 変異: E172H / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bacillus circulans (バクテリア) / 遺伝子: xlnA / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P09850, キシラナーゼ #2: 化合物 | #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.02 Å3/Da / 溶媒含有率: 39.26 % |
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 13-20% (NH4)2SO4, 40mM Tris-HCl, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.541 Å |
検出器 | タイプ: MAR scanner 345 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2008年6月1日 |
放射 | モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.541 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.4→38.167 Å / Num. all: 35327 / Num. obs: 31471 / % possible obs: 91 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1 / Biso Wilson estimate: 34 Å2 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 1HV1 解像度: 2.406→38.167 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / FOM work R set: 0.6371 / SU ML: 0.59 / σ(F): 1.41 / 位相誤差: 40.96 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 67.951 Å2 / ksol: 0.366 e/Å3 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 90.24 Å2 / Biso mean: 30.8582 Å2 / Biso min: 11.4 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.406→38.167 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 6
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