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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3vya | ||||||
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タイトル | W32Y mutant of FMN-binding protein from Desulfovibrio vulgaris (Miyazaki F) | ||||||
要素 | FMN-binding protein | ||||||
キーワード | ELECTRON TRANSPORT (電子伝達系) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Desulfovibrio vulgaris (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.4 Å | ||||||
データ登録者 | Takagi, R. / Nakanishi, T. / Kitamura, M. | ||||||
引用 | ジャーナル: To be Published タイトル: Crystal structure of W32Y mutant of FMN-binding protein from Desulfovibrio vulgaris (Miyazaki F) 著者: Takagi, R. / Nakanishi, T. / Kitamura, M. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 3vya.cif.gz | 37.3 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb3vya.ent.gz | 24.6 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 3vya.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vy/3vya ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vy/3vya | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 1flmS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 13130.030 Da / 分子数: 1 / 変異: W32Y / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Desulfovibrio vulgaris (バクテリア) 株: Miyazaki F / 遺伝子: DvMF_2023 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q46604 |
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#2: 化合物 | ChemComp-FMN / |
#3: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 1.91 Å3/Da / 溶媒含有率: 35.63 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.05 詳細: 100mM HEPES, 85%(v/v) 2-Methyl-2,4-pentanediol, 50%(w/v) polyethylene glycol 400, pH 8.05, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 95 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-17A / 波長: 0.98 Å |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2012年2月25日 |
放射 | モノクロメーター: Numerical link type Si(111) double crystal monochromator プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.98 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.4→20 Å / Num. obs: 4587 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 15.3 % / Rmerge(I) obs: 0.128 |
反射 シェル | 解像度: 2.4→2.53 Å / 冗長度: 15 % / Rmerge(I) obs: 0.258 / % possible all: 100 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB ENTRY 1FLM 解像度: 2.4→20 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.927 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.887 / SU B: 8.874 / SU ML: 0.209 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.747 / ESU R Free: 0.316 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 23.796 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.4→20 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.4→2.462 Å / Total num. of bins used: 20
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