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万見
- PDB-3v7f: Crystal Structure of Streptococcus pyogenes Csn2 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3v7f
タイトルCrystal Structure of Streptococcus pyogenes Csn2
要素Putative uncharacterized protein
キーワードDNA BINDING PROTEIN (DNA結合タンパク質) / Calcium Binding (カルシウム)
機能・相同性
機能・相同性情報


defense response to virus / DNA binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Rossmann fold - #11940 / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces - #2340 / CRISPR-associated protein, Csn2-type / CRISPR-associated protein Csn2 superfamily / CRISPR-associated protein (Cas_Csn2) / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces / Helix non-globular / Special / ロスマンフォールド / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
CRISPR-associated protein Csn2
類似検索 - 構成要素
生物種Streptococcus pyogenes (化膿レンサ球菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.9 Å
データ登録者Bae, E. / Jung, D.K. / Koo, Y.
引用ジャーナル: Plos One / 年: 2012
タイトル: Crystal structure of Streptococcus pyogenes Csn2 reveals calcium-dependent conformational changes in its tertiary and quaternary structure
著者: Koo, Y. / Jung, D.K. / Bae, E.
履歴
登録2011年12月21日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02012年6月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年3月20日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Putative uncharacterized protein
B: Putative uncharacterized protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)52,1225
ポリマ－52,0022
非ポリマー1203
水50428
1
A: Putative uncharacterized protein
B: Putative uncharacterized protein
ヘテロ分子

A: Putative uncharacterized protein
B: Putative uncharacterized protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)104,24510
ポリマ－104,0044
非ポリマー2406
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_555x,-y,-z1
Buried area13320 Å2
ΔGint-163 kcal/mol
Surface area41710 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)59.060, 162.920, 149.040
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221

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要素

#1: タンパク質 Putative uncharacterized protein / CSN2


分子量: 26001.064 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Streptococcus pyogenes (化膿レンサ球菌)
株: serotype M1 / 遺伝子: csn2, M5005_Spy0772, SPy_1049 / プラスミド: pHMGWA / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q99ZV9
#2: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 28 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.45 Å3/Da / 溶媒含有率: 64.32 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: 2.8M sodium acetate, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PAL/PLS / ビームライン: 6C1 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2010年12月7日
放射モノクロメーター: DCM Si (111) Crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.9→49.68 Å / Num. all: 16061 / Num. obs: 16061 / % possible obs: 98.4 %
反射 シェル解像度: 2.9→3.06 Å / % possible all: 97.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
ADSCQuantumデータ収集
PHASER位相決定
REFMAC5.5.0102精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.9→49.68 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.934 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.916 / SU B: 16.635 / SU ML: 0.311 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 1.336 / ESU R Free: 0.385 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.26659 813 5.1 %RANDOM
Rwork0.2156 ---
all0.21814 15232 --
obs0.21814 15232 97.91 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 65.144 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-5.18 Å20 Å20 Å2
2---4.19 Å20 Å2
3----0.99 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.9→49.68 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3570 0 3 28 3601
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0170.0223626
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.7132.0014901
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.5755434
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg41.89526.503163
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg19.69315716
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg12.006154
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0990.2594
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.022594
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.8131.52182
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.59623578
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.14931444
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.8544.51323
LS精密化 シェル解像度: 2.9→2.975 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.412 70 -
Rwork0.338 1097 -
obs--97.33 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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