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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3ux0 | ||||||
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タイトル | Crystal structure of human 14-3-3 sigma in complex with TASK-3 peptide and stabilizer Fusicoccin H | ||||||
要素 |
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キーワード | PEPTIDE BINDING PROTEIN / Helical protein / Phosphoprotein / Adapter protein / Nucleus (Nucleus) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 TWIK-releated acid-sensitive K+ channel (TASK) / Phase 4 - resting membrane potential / stabilization of membrane potential / potassium ion leak channel activity / outward rectifier potassium channel activity / regulation of epidermal cell division / protein kinase C inhibitor activity / potassium ion import across plasma membrane / positive regulation of epidermal cell differentiation / keratinocyte development ...TWIK-releated acid-sensitive K+ channel (TASK) / Phase 4 - resting membrane potential / stabilization of membrane potential / potassium ion leak channel activity / outward rectifier potassium channel activity / regulation of epidermal cell division / protein kinase C inhibitor activity / potassium ion import across plasma membrane / positive regulation of epidermal cell differentiation / keratinocyte development / ケラチン / potassium channel activity / Regulation of localization of FOXO transcription factors / keratinocyte proliferation / phosphoserine residue binding / Activation of BAD and translocation to mitochondria / negative regulation of keratinocyte proliferation / establishment of skin barrier / SARS-CoV-2 targets host intracellular signalling and regulatory pathways / Chk1/Chk2(Cds1) mediated inactivation of Cyclin B:Cdk1 complex / protein kinase A signaling / negative regulation of stem cell proliferation / SARS-CoV-1 targets host intracellular signalling and regulatory pathways / RHO GTPases activate PKNs / potassium ion transmembrane transport / protein export from nucleus / negative regulation of innate immune response / protein sequestering activity / TP53 Regulates Transcription of Genes Involved in G2 Cell Cycle Arrest / release of cytochrome c from mitochondria / positive regulation of protein export from nucleus / stem cell proliferation / Translocation of SLC2A4 (GLUT4) to the plasma membrane / TP53 Regulates Metabolic Genes / negative regulation of protein kinase activity / negative regulation of cysteine-type endopeptidase activity involved in apoptotic process / potassium ion transport / intrinsic apoptotic signaling pathway in response to DNA damage / シナプス小胞 / positive regulation of cell growth / regulation of cell cycle / cadherin binding / protein kinase binding / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / シグナル伝達 / extracellular space / extracellular exosome / identical protein binding / 細胞核 / 細胞膜 / 細胞質基質 / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.75 Å | ||||||
データ登録者 | Thiel, P. / Bartel, M. / Anders, C. / Higuchi, Y. / Schumacher, B. / Kato, N. / Ottmann, C. | ||||||
引用 | ジャーナル: Chem.Biol. / 年: 2013 タイトル: A semisynthetic fusicoccane stabilizes a protein-protein interaction and enhances the expression of k(+) channels at the cell surface. 著者: Anders, C. / Higuchi, Y. / Koschinsky, K. / Bartel, M. / Schumacher, B. / Thiel, P. / Nitta, H. / Preisig-Muller, R. / Schlichthorl, G. / Renigunta, V. / Ohkanda, J. / Daut, J. / Kato, N. / Ottmann, C. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 3ux0.cif.gz | 72.1 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb3ux0.ent.gz | 57.3 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 3ux0.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ux/3ux0 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ux/3ux0 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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-要素
-タンパク質 / タンパク質・ペプチド , 2種, 2分子 AP
#1: タンパク質 | 分子量: 26501.865 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: HME1, SFN / プラスミド: PPROEX HTB / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): ROSETTA DE3 / 参照: UniProt: P31947 |
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#2: タンパク質・ペプチド | 分子量: 856.950 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: This sequence occurs naturally in humans. / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q9NPC2 |
-非ポリマー , 5種, 340分子
#3: 化合物 | ChemComp-MG / #4: 化合物 | ChemComp-CL / | #5: 化合物 | ChemComp-GOL / | #6: 化合物 | ChemComp-0DV / ( | #7: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.59 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.52 % |
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結晶化 | 温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 0.095M HEPES Na, 0.19M calcium chloride, 5% glycerol, 26.6% PEG400, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: 回転陽極 / タイプ: BRUKER AXS MICROSTAR / 波長: 1.5418 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: MAR scanner 345 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2011年11月11日 / 詳細: mirrors | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | モノクロメーター: CURVED MULTILAYER MIRRORS / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 1.75→19.464 Å / Num. all: 28378 / Num. obs: 28378 / % possible obs: 97.7 % / Observed criterion σ(F): -3 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 5.86 % / Biso Wilson estimate: 24.991 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.049 / Net I/σ(I): 23.75 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | Diffraction-ID: 1
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-位相決定
位相決定 | 手法: 分子置換 | |||||||||
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Phasing MR | Rfactor: 34.38 / Model details: Phaser MODE: MR_AUTO
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-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.75→19.46 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.967 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.944 / WRfactor Rfree: 0.185 / WRfactor Rwork: 0.1467 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.08 / FOM work R set: 0.9016 / SU B: 1.813 / SU ML: 0.059 / SU R Cruickshank DPI: 0.1027 / SU Rfree: 0.1033 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.103 / ESU R Free: 0.103 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 60.36 Å2 / Biso mean: 19.6787 Å2 / Biso min: 2.32 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.75→19.46 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.75→1.795 Å / Total num. of bins used: 20
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