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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3usk | ||||||
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タイトル | Crystal structure of LeuT bound to L-leucine in space group P21 from lipid bicelles | ||||||
要素 | Transporter運搬体タンパク質 | ||||||
キーワード | TRANSPORT PROTEIN (運搬体タンパク質) / Leucine transporter | ||||||
機能・相同性 | Sodium:neurotransmitter symporter / Sodium:neurotransmitter symporter superfamily / Sodium:neurotransmitter symporter family / Sodium:neurotransmitter symporter family profile. / sodium ion transmembrane transport / 生体膜 / ロイシン / Na(+):neurotransmitter symporter (Snf family) 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Aquifex aeolicus (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 4.5 Å | ||||||
データ登録者 | Wang, H. / Elferich, J. / Gouaux, E. | ||||||
引用 | ジャーナル: Nat.Struct.Mol.Biol. / 年: 2012 タイトル: Structures of LeuT in bicelles define conformation and substrate binding in a membrane-like context. 著者: Wang, H. / Elferich, J. / Gouaux, E. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 3usk.cif.gz | 390.5 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb3usk.ent.gz | 320.9 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 3usk.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/us/3usk ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/us/3usk | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCSドメイン:
NCSドメイン領域:
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 58077.438 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Aquifex aeolicus (バクテリア) / 遺伝子: snf, aq_2077 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O67854 #2: 化合物 | ChemComp-LEU / #3: 化合物 | ChemComp-NA / |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.78 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.81 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.7 詳細: 100mM NaAc, 36% MPD, 10% PEG400, 50 mM MgCl2, pH 4.7, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.2.1 / 波長: 0.97 Å |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2011年9月10日 |
放射 | モノクロメーター: Double crystal, Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.97 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 4.5→20 Å / Num. all: 27450 / Num. obs: 12873 / % possible obs: 84 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 2.1 % / Rmerge(I) obs: 0.116 / Net I/σ(I): 4.55 |
反射 シェル | 解像度: 4.5→4.66 Å / 冗長度: 2 % / Rmerge(I) obs: 0.18 / Mean I/σ(I) obs: 4.2 / % possible all: 80.2 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: pdb entry 2A65 解像度: 4.5→19.905 Å / SU ML: 0.55 / σ(F): 0 / 位相誤差: 30.23 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.95 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 29.743 Å2 / ksol: 0.31 e/Å3 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 4.5→19.905 Å
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拘束条件 |
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Refine LS restraints NCS |
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LS精密化 シェル |
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