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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3unz | ||||||
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タイトル | Aurora A in Complex with RPM1679 | ||||||
要素 | Aurora kinase AオーロラAキナーゼ | ||||||
キーワード | TRANSFERASE/TRANSFERASE INHIBITOR / protein kinase (プロテインキナーゼ) / aurora A (オーロラAキナーゼ) / inhibitor (酵素阻害剤) / DFG-out / TRANSFERASE-TRANSFERASE INHIBITOR complex | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 Interaction between PHLDA1 and AURKA / regulation of centrosome cycle / axon hillock / spindle assembly involved in female meiosis I / cilium disassembly / spindle pole centrosome / positive regulation of oocyte maturation / histone H3S10 kinase activity / chromosome passenger complex / pronucleus ...Interaction between PHLDA1 and AURKA / regulation of centrosome cycle / axon hillock / spindle assembly involved in female meiosis I / cilium disassembly / spindle pole centrosome / positive regulation of oocyte maturation / histone H3S10 kinase activity / chromosome passenger complex / pronucleus / 紡錘体 / mitotic centrosome separation / 卵母細胞 / protein localization to centrosome / anterior/posterior axis specification / centrosome localization / neuron projection extension / positive regulation of mitochondrial fission / spindle organization / mitotic spindle pole / SUMOylation of DNA replication proteins / spindle midzone / regulation of G2/M transition of mitotic cell cycle / 中心小体 / protein serine/threonine/tyrosine kinase activity / positive regulation of mitotic cell cycle / AURKA Activation by TPX2 / mitotic spindle organization / TP53 Regulates Transcription of Genes Involved in G2 Cell Cycle Arrest / positive regulation of mitotic nuclear division / ciliary basal body / negative regulation of protein binding / regulation of cytokinesis / regulation of signal transduction by p53 class mediator / molecular function activator activity / liver regeneration / FBXL7 down-regulates AURKA during mitotic entry and in early mitosis / APC/C:Cdh1 mediated degradation of Cdc20 and other APC/C:Cdh1 targeted proteins in late mitosis/early G1 / regulation of protein stability / 紡錘体 / spindle / 動原体 / response to wounding / microtubule cytoskeleton / G2/M transition of mitotic cell cycle / Regulation of PLK1 Activity at G2/M Transition / positive regulation of proteasomal ubiquitin-dependent protein catabolic process / mitotic cell cycle / midbody / proteasome-mediated ubiquitin-dependent protein catabolic process / basolateral plasma membrane / peptidyl-serine phosphorylation / Regulation of TP53 Activity through Phosphorylation / 微小管 / postsynaptic density / protein autophosphorylation / non-specific serine/threonine protein kinase / protein kinase activity / protein heterodimerization activity / 細胞分裂 / negative regulation of gene expression / protein phosphorylation / protein serine kinase activity / protein serine/threonine kinase activity / 中心体 / glutamatergic synapse / apoptotic process / ubiquitin protein ligase binding / negative regulation of apoptotic process / protein kinase binding / perinuclear region of cytoplasm / 核質 / ATP binding / 細胞核 / 細胞質基質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.8 Å | ||||||
データ登録者 | Martin, M.P. / Zhu, J.-Y. / Schonbrunn, E. | ||||||
引用 | ジャーナル: Acs Chem.Biol. / 年: 2012 タイトル: A Novel Mechanism by Which Small Molecule Inhibitors Induce the DFG Flip in Aurora A. 著者: Martin, M.P. / Zhu, J.Y. / Lawrence, H.R. / Pireddu, R. / Luo, Y. / Alam, R. / Ozcan, S. / Sebti, S.M. / Lawrence, N.J. / Schonbrunn, E. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 3unz.cif.gz | 122.6 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb3unz.ent.gz | 95.1 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 3unz.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/un/3unz ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/un/3unz | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 3unjC 3unkC 3uo4C 3uo5C 3uo6C 3uodC 3uohC 3uojC 3uokC 3uolC 3up2C 3fdnS C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCSドメイン:
NCSドメイン領域:
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 32359.123 Da / 分子数: 2 / 断片: Kinase domain UNP Residues 123-401 / 変異: T287D / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) 遺伝子: AURKA, AIK, AIRK1, ARK1, AURA, AYK1, BTAK, IAK1, STK15, STK6 プラスミド: pet28a-MBP / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): TUNER(DE3) 参照: UniProt: O14965, non-specific serine/threonine protein kinase #2: 化合物 | #3: 化合物 | ChemComp-EDO / #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.51 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.05 % |
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結晶化 | 温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 10 mg/mL AURORA A protein, 1 mM RPM1679, 10 % (v/v) PEG 3350, 25 mM phosphate(Na/K pH 7.4), 5 % Tacismate pH 7.0 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, TEMPERATURE 291K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 93 K |
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放射光源 | 由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.54178 / 波長: 1.54178 Å |
検出器 | タイプ: RIGAKU SATURN 944+ / 検出器: CCD / 日付: 2011年5月10日 / 詳細: MIRRORS |
放射 | モノクロメーター: MIRRORS / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.54178 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.8→20 Å / Num. obs: 15425 / % possible obs: 99.4 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.8 % / Rmerge(I) obs: 0.078 / Rsym value: 0.043 / Net I/σ(I): 27 |
反射 シェル | 解像度: 2.8→2.9 Å / 冗長度: 3.7 % / Rmerge(I) obs: 0.397 / Mean I/σ(I) obs: 4.6 / Rsym value: 0.303 / % possible all: 99.4 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB ENTRY 3FDN 解像度: 2.8→18.885 Å / SU ML: 0.42 / σ(F): 2 / 位相誤差: 29.4 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.95 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 39.27 Å2 / ksol: 0.326 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ |
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Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.8→18.885 Å
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拘束条件 |
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Refine LS restraints NCS |
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LS精密化 シェル |
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