PDB-3uaz: Crystal structure of Bacillus cereus adenosine phosphorylase D204...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3uaz

タイトル

Crystal structure of Bacillus cereus adenosine phosphorylase D204N mutant complexed with inosine

要素

Purine nucleoside phosphorylase deoD-type

キーワード

TRANSFERASE (転移酵素) / Necleoside phosphorylase I (NP-I) family

機能・相同性

機能・相同性情報

purine nucleoside metabolic process / nucleoside catabolic process /

purine-nucleoside phosphorylase /

purine-nucleoside phosphorylase activity
類似検索 - 分子機能

生物種

Bacillus cereus (セレウス菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.4 Å

データ登録者

Dessanti, P. / Zhang, Y. / Allegrini, S. / Tozzi, M.G. / Sgarrella, F. / Ealick, S.E.

引用

ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2012
タイトル: Structural basis of the substrate specificity of Bacillus cereus adenosine phosphorylase.
著者: Dessanti, P. / Zhang, Y. / Allegrini, S. / Tozzi, M.G. / Sgarrella, F. / Ealick, S.E.

履歴

登録	2011年10月22日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2012年2月29日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2012年3月7日	Group: Database references
改定 1.2	2017年11月8日	Group: Advisory / Refinement description / カテゴリ: pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / software
改定 1.3	2023年9月13日	Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3uaz.cif.gz	118.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3uaz.ent.gz	92.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3uaz.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ua/3uaz ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ua/3uaz	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3uavC 3uawC 3uaxC 3uayC 1ecpS C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	1vhw-d 3uay-1 4dab-1 1je0-1 1jdz-1 1jdu-1 1jds-d 1pr5-1 1pr6-1 3ooe-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Purine nucleoside phosphorylase deoD-type

ヘテロ分子

26.2 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Purine nucleoside phosphorylase deoD-type

ヘテロ分子

x 6

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
157 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

タイプ	名称	対称操作	数
identity operation	1_555	x,y,z	1
crystal symmetry operation	2_655	-y+1,x-y,z	1
crystal symmetry operation	3_665	-x+y+1,-x+1,z	1
crystal symmetry operation	10_666	-y+1,-x+1,-z+3/2	1
crystal symmetry operation	11_656	-x+y+1,y,-z+3/2	1
crystal symmetry operation	12_556	x,x-y,-z+3/2	1

単位格子

Length a, b, c (Å)	122.700, 122.700, 68.000
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	182
Space group name H-M	P6₃22

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-429- HOH
2	1	A-431- HOH
3	1	A-433- HOH
4	1	A-434- HOH

#1: タンパク質	Purine nucleoside phosphorylase deoD-type / PNP 分子量: 25699.389 Da / 分子数: 1 / 断片: Adenosine phosphorylase / 変異: D204N / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bacillus cereus (セレウス菌) / 遺伝子: deoD / プラスミド: pET5b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q5EEL8, purine-nucleoside phosphorylase
#2: 化合物	ChemComp-NOS / INOSINE / イノシン / イノシン分子量: 268.226 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₂N₄O₅
#3: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン / 硫酸塩分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#4: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル / グリセリン分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#5: 水	ChemComp-HOH / water / 水分子量: 18.015 Da / 分子数: 195 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.87 Å³/Da / 溶媒含有率: 57.22 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5 詳細: 1.1 - 1.25 M sodium citrate, pH 5.5, vapor diffusion, hanging drop, temperature 291K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 8-BM / 波長: 0.97949 Å

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.97949 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.4→20 Å / Num. all: 59410 / Num. obs: 59410 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 8.2 % / R_merge(I) obs: 0.077 / Χ²: 1.97 / Net I/σ(I): 13.7

反射シェル

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique all	Χ²	Diffraction-ID	% possible all
1.4-1.45	8	0.526	5858	1.456	1	100
1.45-1.51	8.2	0.385	5877	1.611	1	100
1.51-1.58	8.2	0.297	5870	1.797	1	100
1.58-1.66	8.3	0.232	5864	1.952	1	100
1.66-1.76	8.3	0.187	5887	2.243	1	100
1.76-1.9	8.3	0.145	5917	2.341	1	100
1.9-2.09	8.3	0.116	5941	2.404	1	100
2.09-2.39	8.2	0.101	5978	2.58	1	100
2.39-3.01	8.1	0.068	6042	1.778	1	100
3.01-20	7.8	0.038	6176	1.483	1	97.7

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
PHENIX	1.7.1_743	精密化
PDB_EXTRACT	3.1	データ抽出
ADSC	Quantum	データ収集
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
CNS		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1ECP

1ecp

解像度: 1.4→19.812 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0 / FOM work R set: 0.9355 / SU ML: 0.26 / σ(F): 1 / 位相誤差: 12.07 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.1547	2833	4.94 %	RANDOM
R_work	0.1403	-	-	-
obs	0.141	57352	96.33 %	-
all	-	59410	-	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.65 Å / VDWプローブ半径: 0.8 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 59.281 Å² / k_sol: 0.479 e/Å³

原子変位パラメータ

B_iso max: 83.82 Å² / B_iso mean: 17.8294 Å² / B_iso min: 5.46 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.5284 Å²	0 Å²	-0 Å²
2-	-	0.5284 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-1.0567 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.4→19.812 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1755	0	36	195	1986

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.009	2128
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.316	2921
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.074	352
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.006	375
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	16.363	781

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
1.4-1.4242	0.2247	133	0.1987	2526	2659	91
1.4242-1.4501	0.2191	138	0.1854	2566	2704	92
1.4501-1.478	0.1684	142	0.1662	2575	2717	92
1.478-1.5081	0.1599	142	0.1544	2603	2745	94
1.5081-1.5409	0.1698	142	0.1435	2623	2765	95
1.5409-1.5767	0.1428	132	0.1398	2670	2802	95
1.5767-1.6161	0.1649	140	0.1351	2672	2812	96
1.6161-1.6598	0.138	148	0.1302	2673	2821	96
1.6598-1.7086	0.1407	135	0.1236	2720	2855	97
1.7086-1.7637	0.1333	157	0.1277	2679	2836	97
1.7637-1.8267	0.1409	133	0.1294	2741	2874	97
1.8267-1.8998	0.1523	138	0.1279	2763	2901	98
1.8998-1.9862	0.1204	138	0.1243	2777	2915	98
1.9862-2.0908	0.1699	131	0.1268	2801	2932	99
2.0908-2.2217	0.1707	131	0.1246	2808	2939	99
2.2217-2.3929	0.1408	159	0.1246	2787	2946	98
2.3929-2.6332	0.1463	145	0.1341	2828	2973	99
2.6332-3.0131	0.1416	134	0.1429	2875	3009	99
3.0131-3.7919	0.1532	152	0.1417	2905	3057	99
3.7919-19.8137	0.1703	163	0.1623	2927	3090	95

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.288	-0.1904	-0.0226	0.3873	0.0238	0.2486	-0.0055	-0.067	-0.1088	0.0006	0.0437	0.1502	0.032	-0.0935	0.0361	0.1085	-0.0202	0.0063	0.1185	0.0284	0.1542	33.9946	7.0328	57.6826
2	0.1	0.0043	0.0137	0.024	0.0354	0.1045	-0.0528	-0.0704	-0.0959	-0.1203	0.0012	-0.0348	0.1417	-0.0264	0.001	0.0853	-0.0115	0.0197	0.064	0.0369	0.0887	38.5752	4.3391	57.4514
3	0.2334	-0.038	0.2133	0.6143	-0.0955	0.1773	0.0228	-0.0007	-0.0449	-0.0358	0.0165	0.0068	-0.0246	0.0116	0.0412	0.0852	-0.0041	0.0058	0.086	0.0006	0.0872	46.2417	12.3177	52.0035
4	0.3006	-0.0722	0.0321	0.0405	-0.0216	0.0258	0.0159	0.0065	0.0387	-0.0088	-0.0321	-0.0443	0.001	-0.0246	-0	0.0987	-0.0051	0.0049	0.0871	-0.008	0.1015	55.3578	17.8843	50.3032
5	0.3002	-0.047	0.0155	0.1551	-0.0604	0.1295	-0.0171	0.0374	-0.0477	-0.0235	0.0759	0.0415	0.0485	0.0451	0.0211	0.1166	0.0034	0.0026	0.0774	-0.0004	0.1102	57.2197	7.7297	53.2373
6	0.1711	-0.0373	0.004	0.1341	-0.2324	0.338	0.061	0.0869	-0.0117	-0.0928	-0.0727	-0.0681	0.084	-0.0137	0.0108	0.106	0.0086	0.002	0.0907	-0.0156	0.0892	50.8964	16.9925	40.7431
7	0.2138	-0.0103	0.1169	0.0908	0.0119	0.0699	0.0262	0.1475	-0.0291	-0.0132	-0.0665	0.0055	-0.0376	-0.0404	-0.0331	0.1003	0.0205	0.0017	0.1025	-0.0021	0.0808	56.0807	19.6029	39.4526
8	0.4727	0.3453	-0.082	0.5566	-0.2246	0.1459	-0.0539	0.0941	-0.0535	-0.1016	0.0829	0.0877	-0.0267	0.0591	0.0083	0.1152	-0.0099	-0.0118	0.1017	-0.009	0.0851	48.9138	12.586	46.1684
9	0.4317	-0.0155	-0.0049	0.2482	0.0021	0.0698	0.0093	0.2588	-0.3279	-0.2612	-0.1163	0.1905	-0.0406	0.0441	-0.0143	0.0952	-0.0129	0.0076	0.0495	-0.0008	0.116	43.1106	-0.2985	47.471

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resseq 2:52)	A	2 - 52
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resseq 53:65)	A	53 - 65
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resseq 66:102)	A	66 - 102
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resseq 103:119)	A	103 - 119
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resseq 120:144)	A	120 - 144
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resseq 145:164)	A	145 - 164
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resseq 165:181)	A	165 - 181
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'A' and (resseq 182:214)	A	182 - 214
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'A' and (resseq 215:234)	A	215 - 234

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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