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- PDB-3u6a: Rational Design and Synthesis of Aminopiperazinones as Beta Secre... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3u6a
タイトルRational Design and Synthesis of Aminopiperazinones as Beta Secretase (BACE) Inhibitors
要素Beta-secretase 1Β-セクレターゼ1
キーワードHYDROLASE/HYDROLASE INHIBITOR / beta-site APP cleaving enzyme 1 / HYDROLASE-HYDROLASE INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


Β-セクレターゼ1 / Golgi-associated vesicle lumen / signaling receptor ligand precursor processing / beta-aspartyl-peptidase activity / amyloid precursor protein catabolic process / amyloid-beta formation / membrane protein ectodomain proteolysis / cellular response to manganese ion / prepulse inhibition / amyloid-beta metabolic process ...Β-セクレターゼ1 / Golgi-associated vesicle lumen / signaling receptor ligand precursor processing / beta-aspartyl-peptidase activity / amyloid precursor protein catabolic process / amyloid-beta formation / membrane protein ectodomain proteolysis / cellular response to manganese ion / prepulse inhibition / amyloid-beta metabolic process / detection of mechanical stimulus involved in sensory perception of pain / cellular response to copper ion / hippocampal mossy fiber to CA3 synapse / presynaptic modulation of chemical synaptic transmission / エンドソーム / response to lead ion / ゴルジ体 / protein processing / recycling endosome / cellular response to amyloid-beta / positive regulation of neuron apoptotic process / シナプス小胞 / late endosome / amyloid-beta binding / peptidase activity / endopeptidase activity / amyloid fibril formation / リソソーム / aspartic-type endopeptidase activity / エンドソーム / endosome membrane / エンドソーム / 脂質ラフト / Amyloid fiber formation / 神経繊維 / 小胞体 / neuronal cell body / 樹状突起 / ゴルジ体 / enzyme binding / 細胞膜 / タンパク質分解 / 生体膜 / 細胞膜
類似検索 - 分子機能
Beta-secretase BACE1 / Beta-secretase BACE / Memapsin-like / Eukaryotic aspartyl protease / Aspartic peptidase A1 family / Peptidase family A1 domain / Peptidase family A1 domain profile. / Cathepsin D, subunit A; domain 1 / Acid Proteases / Aspartic peptidase, active site ...Beta-secretase BACE1 / Beta-secretase BACE / Memapsin-like / Eukaryotic aspartyl protease / Aspartic peptidase A1 family / Peptidase family A1 domain / Peptidase family A1 domain profile. / Cathepsin D, subunit A; domain 1 / Acid Proteases / Aspartic peptidase, active site / Eukaryotic and viral aspartyl proteases active site. / Aspartic peptidase domain superfamily / Βバレル / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-18P / Β-セクレターゼ1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.199 Å
データ登録者Spurlino, J.C. / Alexander, R.S.
引用ジャーナル: Bioorg.Med.Chem.Lett. / 年: 2011
タイトル: Rational design and synthesis of aminopiperazinones as beta-secretase (BACE) inhibitors.
著者: Tresadern, G. / Delgado, F. / Delgado, O. / Gijsen, H. / Macdonald, G.J. / Moechars, D. / Rombouts, F. / Alexander, R. / Spurlino, J. / Van Gool, M. / Vega, J.A. / Trabanco, A.A.
履歴
登録2011年10月12日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年11月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年9月4日Group: Database references

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Beta-secretase 1
B: Beta-secretase 1
C: Beta-secretase 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)132,13215
ポリマ－130,1523
非ポリマー1,98012
水12,160675
1
A: Beta-secretase 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,0445
ポリマ－43,3841
非ポリマー6604
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Beta-secretase 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,1406
ポリマ－43,3841
非ポリマー7565
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: Beta-secretase 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,9484
ポリマ－43,3841
非ポリマー5643
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)225.300, 104.450, 66.760
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 102.66, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11C-397-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Beta-secretase 1 / Β-セクレターゼ1 / Aspartyl protease 2 / ASP2 / Asp 2 / Beta-site amyloid precursor protein cleaving enzyme 1 / Beta- ...Aspartyl protease 2 / ASP2 / Asp 2 / Beta-site amyloid precursor protein cleaving enzyme 1 / Beta-site APP cleaving enzyme 1 / Memapsin-2 / Membrane-associated aspartic protease 2


分子量: 43383.883 Da / 分子数: 3 / 断片: UNP residues 58-446 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: BACE1, BACE, KIAA1149 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P56817, Β-セクレターゼ1
#2: 化合物 ChemComp-18P / N-{3-[(2R)-6-amino-2,4-dimethyl-3-oxo-2,3,4,5-tetrahydropyrazin-2-yl]phenyl}-5-chloropyridine-2-carboxamide


分子量: 371.821 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C18H18ClN5O2
#3: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン / 硫酸塩


分子量: 96.063 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 675 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.94 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.22 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 8
詳細: 100mM Sodium Citrate pH 5.4-6.0, 200mM NH4I, 16% PEG5000mme, VAPOR DIFFUSION, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 77 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2010年10月13日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→50 Å / Num. obs: 73495 / % possible obs: 91.3 %

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解析

ソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: (phenix.refine: 1.7.1_743) / 分類: 精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.199→38.023 Å / SU ML: 0.61 / σ(F): 1.99 / 位相誤差: 27.3 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.237 2011 2.74 %random
Rwork0.1871 ---
obs0.1885 73486 95.75 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.95 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 32.516 Å2 / ksol: 0.33 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--7.0126 Å20 Å2-6.6971 Å2
2---9.449 Å2-0 Å2
3---16.4616 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.199→38.023 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8955 0 123 675 9753
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0089321
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.15412673
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d17.4173361
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0771364
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0051630
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.1986-2.25350.27951340.21874645X-RAY DIFFRACTION87
2.2535-2.31450.27391370.20895097X-RAY DIFFRACTION96
2.3145-2.38260.29781360.19725200X-RAY DIFFRACTION97
2.3826-2.45940.27591560.21015026X-RAY DIFFRACTION96
2.4594-2.54730.32591390.20855136X-RAY DIFFRACTION97
2.5473-2.64930.32611370.21125172X-RAY DIFFRACTION97
2.6493-2.76980.26231490.20545124X-RAY DIFFRACTION96
2.7698-2.91580.23881510.20185150X-RAY DIFFRACTION97
2.9158-3.09840.23531450.19095143X-RAY DIFFRACTION97
3.0984-3.33750.24071500.18845177X-RAY DIFFRACTION97
3.3375-3.67320.19921400.17415135X-RAY DIFFRACTION96
3.6732-4.20410.18651380.15915065X-RAY DIFFRACTION95
4.2041-5.29440.19841460.15215142X-RAY DIFFRACTION96
5.2944-38.02870.23271530.2085263X-RAY DIFFRACTION97

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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