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- PDB-3u4x: Crystal structure of a lectin from Camptosema pedicellatum seeds ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3u4x
タイトルCrystal structure of a lectin from Camptosema pedicellatum seeds in complex with 5-bromo-4-chloro-3-indolyl-alpha-D-mannose
要素Camptosema pedicellatum lectin (CPL)
キーワードcarbohydrate-binding protein / jelly-roll domain / lectin (レクチン)
機能・相同性
機能・相同性情報


D-glucose binding / D-mannose binding / manganese ion binding / calcium ion binding
類似検索 - 分子機能
Legume lectin, alpha chain, conserved site / Legume lectins alpha-chain signature. / Legume lectins beta-chain signature. / Legume lectin domain / Legume lectin, beta chain, Mn/Ca-binding site / Legume lectin domain / Jelly Rolls - #200 / Concanavalin A-like lectin/glucanase domain superfamily / Jelly Rolls / サンドイッチ / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
: / Chem-XMM / Lectin CPL
類似検索 - 構成要素
生物種Camptosema pedicellatum (マメ科)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.16 Å
データ登録者Rocha, B.A.M. / Teixeira, C.S. / Moura, T.R. / Silva, H.C. / Pereira-Junior, F.N. / Nagano, C.S. / Delatorre, P. / Cavada, B.S.
引用ジャーナル: J.Biochem. / 年: 2012
タイトル: Crystal structure of the lectin of Camptosema pedicellatum: implications of a conservative substitution at the hydrophobic subsite.
著者: Souza Teixeira, C. / Colares da Silva, H. / Rocha de Moura, T. / Pereira-Junior, F.N. / Santiago do Nascimento, K. / Shiniti Nagano, C. / Holanda Sampaio, A. / Delatorre, P. / Matias Rocha, B. ...著者: Souza Teixeira, C. / Colares da Silva, H. / Rocha de Moura, T. / Pereira-Junior, F.N. / Santiago do Nascimento, K. / Shiniti Nagano, C. / Holanda Sampaio, A. / Delatorre, P. / Matias Rocha, B.A. / Sousa Cavada, B.
履歴
登録2011年10月10日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年9月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年7月29日Group: Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name ..._chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.22024年2月28日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Camptosema pedicellatum lectin (CPL)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,8234
ポリマ－25,3201
非ポリマー5043
水1,38777
1
A: Camptosema pedicellatum lectin (CPL)
ヘテロ分子

A: Camptosema pedicellatum lectin (CPL)
ヘテロ分子

A: Camptosema pedicellatum lectin (CPL)
ヘテロ分子

A: Camptosema pedicellatum lectin (CPL)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)103,29416
ポリマ－101,2794
非ポリマー2,01512
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_545-x,-y-1,z1
crystal symmetry operation3_555-x,y,-z1
crystal symmetry operation4_545x,-y-1,-z1
Buried area10480 Å2
ΔGint-112 kcal/mol
Surface area32830 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)65.940, 66.780, 107.700
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number23
Space group name H-MI222

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要素

#1: タンパク質 Camptosema pedicellatum lectin (CPL)


分子量: 25319.854 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: Seeds / 由来: (天然) Camptosema pedicellatum (マメ科) / 参照: UniProt: J9PBR3*PLUS
#2: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 化合物 ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION


分子量: 54.938 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn
#4: 糖 ChemComp-XMM / 5-bromo-4-chloro-1H-indol-3-yl alpha-D-mannopyranoside / (2R,3S,4S,5S,6R)-2-(5-BROMO-4-CHLORO-1H-INDOL-3-YLOXY)-TETRAHYDRO-6-(HYDROXYMETHYL)-2H-PYRAN-3,4,5-TRIOL / (5-BROMO-4-CHLORO-3-INDOLYL)-Alpha-D-MANNOSE / 5-bromo-4-chloro-1H-indol-3-yl alpha-D-mannoside / 5-bromo-4-chloro-1H-indol-3-yl D-mannoside / 5-bromo-4-chloro-1H-indol-3-yl mannoside / 4-クロロ-5-ブロモ-1H-インド-ル-3-イルα-D-マンノピラノシド


タイプ: D-saccharide / 分子量: 408.629 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C14H15BrClNO6
#5: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 77 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.34 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.47 %
結晶化温度: 310 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: Hepes, Ammonium sulfate, PEG 400, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 310K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: LNLS / ビームライン: D03B-MX1 / 波長: 1.42 Å
検出器タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2008年3月18日
放射モノクロメーター: Elastically bent silicon single crystal monochromator, Asymmetric angle 7.25, condensed mode, X-ray energy photons - 6 keV-12 keV (1 -2 A).
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.42 Å / 相対比: 1
Reflection twin
Crystal-IDIDOperatorDomain-IDFraction
11H, K, L10.944
11K, H, -L20.056
反射解像度: 2.16→21.51 Å / Num. obs: 12708 / % possible obs: 94.7 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / Biso Wilson estimate: 18.012 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.147 / Rsym value: 0.147
反射 シェル解像度: 2.16→2.215 Å / % possible all: 94.7

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位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MR
最高解像度最低解像度
Rotation2.25 Å28.38 Å
Translation2.25 Å28.38 Å

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
MOLREP位相決定
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.16→21.51 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.923 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.865 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / SU B: 5.149 / SU ML: 0.131 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.045 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2368 636 5 %RANDOM
Rwork0.1902 ---
all0.1925 16817 --
obs0.1925 11436 96.96 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 55.9 Å2 / Biso mean: 17.2771 Å2 / Biso min: 2 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.03 Å20 Å20 Å2
2---0.36 Å20 Å2
3---0.33 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.16→21.51 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1790 0 25 77 1892
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.020.0221852
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.9241.952534
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg9.5335235
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg39.28624.8179
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.4415271
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.129157
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.130.2292
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.0211419
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.0751.51174
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.89421899
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.673678
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.0874.5635
LS精密化 シェル解像度: 2.16→2.215 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.348 25 -
Rwork0.226 558 -
all-583 -
obs--61.76 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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