[日本語] English
万見
- PDB-3u49: Crystal structure of YwfH, NADPH dependent reductase involved in ... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3u49
タイトルCrystal structure of YwfH, NADPH dependent reductase involved in Bacilysin biosynthesis
要素Bacilysin biosynthesis oxidoreductase ywfH
キーワードOXIDOREDUCTASE (酸化還元酵素) / NADPH binding motif / Rossmann fold (ロスマンフォールド) / Short chain Dehydrogenase / reductase (還元酵素) / SDR super family / Bacilysin biosynthesis
機能・相同性
機能・相同性情報


酸化還元酵素; CH-CH結合に対し酸化酵素として働く; NADまたはNADPを用いる / oxidoreductase activity, acting on the CH-CH group of donors, NAD or NADP as acceptor / antibiotic biosynthetic process / NADP binding / 細胞質
類似検索 - 分子機能
Enoyl-(Acyl carrier protein) reductase / Short-chain dehydrogenase/reductase SDR / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain / NAD(P)-binding domain superfamily / ロスマンフォールド / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
NADPH-dependent reductase BacG
類似検索 - 構成要素
生物種Bacillus subtilis (枯草菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.75 Å
データ登録者Rajavel, M. / Gopal, B.
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2013
タイトル: Structural insights into the role of Bacillus subtilis YwfH (BacG) in tetrahydrotyrosine synthesis
著者: Rajavel, M. / Perinbam, K. / Gopal, B.
履歴
登録2011年10月7日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02013年3月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年3月12日Group: Database references
改定 1.22018年2月7日Group: Experimental preparation / カテゴリ: exptl_crystal_grow
Item: _exptl_crystal_grow.method / _exptl_crystal_grow.pdbx_details / _exptl_crystal_grow.temp
改定 1.32024年3月20日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Bacilysin biosynthesis oxidoreductase ywfH
B: Bacilysin biosynthesis oxidoreductase ywfH
C: Bacilysin biosynthesis oxidoreductase ywfH
D: Bacilysin biosynthesis oxidoreductase ywfH


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)121,8624
ポリマ－121,8624
非ポリマー00
水7,386410
1
A: Bacilysin biosynthesis oxidoreductase ywfH
C: Bacilysin biosynthesis oxidoreductase ywfH


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)60,9312
ポリマ－60,9312
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2630 Å2
ΔGint-25 kcal/mol
Surface area21000 Å2
手法PISA
2
B: Bacilysin biosynthesis oxidoreductase ywfH
D: Bacilysin biosynthesis oxidoreductase ywfH


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)60,9312
ポリマ－60,9312
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2660 Å2
ΔGint-25 kcal/mol
Surface area20580 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)64.850, 136.990, 66.700
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 117.99, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

-
要素

#1: タンパク質
Bacilysin biosynthesis oxidoreductase ywfH


分子量: 30465.623 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bacillus subtilis (枯草菌) / 株: 168 / 遺伝子: BSU37680, ipa-86r, ywfH / プラスミド: pET-15b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): DE3 / 参照: UniProt: P39644
#2: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 410 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.15 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.71 %
結晶化温度: 293 K / 手法: マイクロバッチ法 / pH: 7.5
詳細: 0.1M HEPES, 1.4M Tri-sodium citrate dihydrate, pH 7.5, Microbatch, temperature 293K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: BM14 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2010年12月24日 / 詳細: bent collimating mirror and toroid
放射モノクロメーター: Si(111) monochromator / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.75→68.5 Å / Num. all: 103248 / Num. obs: 102319 / % possible obs: 99.1 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 4.1 / 冗長度: 7.6 % / Biso Wilson estimate: 23.756 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.089 / Net I/σ(I): 13.4
反射 シェル解像度: 1.75→1.84 Å / 冗長度: 7.6 % / Rmerge(I) obs: 0.487 / Mean I/σ(I) obs: 4.1 / Num. unique all: 15067 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MAR345dtbデータ収集
PHASER位相決定
REFMAC5.5.0109精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.75→68.5 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.958 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.944 / SU B: 5.483 / SU ML: 0.079 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2 / σ(I): 4.1 / ESU R Free: 0.114 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2218 5117 5 %RANDOM
Rwork0.18876 ---
all0.19044 103248 --
obs0.19044 97097 99.03 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 28.702 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.4 Å20 Å2-0.61 Å2
2---0.19 Å20 Å2
3---0.02 Å2
Refine analyzeLuzzati sigma a obs: 0.2454 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.75→68.5 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7519 0 0 410 7929
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0070.0227706
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg0.9991.94510399
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg4.78351004
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg39.7525.824340
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.156151393
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg20.2721533
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0730.21194
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0030.0215749
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.2361.54977
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.31227990
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.88332729
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.9044.52409
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr1.35337706
LS精密化 シェル解像度: 1.75→1.795 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.292 361 -
Rwork0.248 7271 -
obs-15067 99.97 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.0459-0.0122-0.01070.05810.01560.0355-0.00020.001-0.00410.0039-0.0005-0.00230.00340.00270.00070.0166-0.0012-0.00390.0044-0.00010.006724.4508-34.18552.6699
20.0289-0.00970.00860.0560.00180.06090.0070.0066-0.0009-0.0042-0.0030.00140.00470.0032-0.00390.01310.0015-0.00580.0069-0.00070.006711.7403-23.7379-24.6106
30.0663-0.0061-0.00930.05110.00670.0540.0006-0.00120.00130.00090.0008-0.0047-0.0009-0.0003-0.00140.0167-0.0001-0.00380.00350.00020.006422.2307-2.172213.3877
40.0415-0.02310.00990.0670.00880.0351-0.00060.0001-0.00280.0017-0.00090.0054-0.00060.00030.00150.01640.0006-0.00240.00610.00030.0055-0.6953.3025-8.1993
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A3 - 44
2X-RAY DIFFRACTION1A45 - 54
3X-RAY DIFFRACTION1A55 - 166
4X-RAY DIFFRACTION1A167 - 258
5X-RAY DIFFRACTION2B3 - 44
6X-RAY DIFFRACTION2B45 - 54
7X-RAY DIFFRACTION2B55 - 166
8X-RAY DIFFRACTION2B167 - 258
9X-RAY DIFFRACTION3C3 - 44
10X-RAY DIFFRACTION3C45 - 54
11X-RAY DIFFRACTION3C55 - 166
12X-RAY DIFFRACTION3C167 - 258
13X-RAY DIFFRACTION4D3 - 44
14X-RAY DIFFRACTION4D45 - 54
15X-RAY DIFFRACTION4D55 - 166
16X-RAY DIFFRACTION4D167 - 258

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る