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- PDB-3u1m: Structure of the mRNA splicing complex component Cwc2 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3u1m
タイトルStructure of the mRNA splicing complex component Cwc2
要素Pre-mRNA-splicing factor CWC2
キーワードSPLICING / CSMP / Zinc Finger (ジンクフィンガー) / mRNA splicing
機能・相同性
機能・相同性情報


U2-type catalytic step 1 spliceosome / Prp19 complex / pre-mRNA binding / mRNA cis splicing, via spliceosome / U2-type catalytic step 2 spliceosome / U6 snRNA binding / spliceosomal snRNP assembly / positive regulation of cell cycle / positive regulation of RNA splicing / mRNA splicing, via spliceosome ...U2-type catalytic step 1 spliceosome / Prp19 complex / pre-mRNA binding / mRNA cis splicing, via spliceosome / U2-type catalytic step 2 spliceosome / U6 snRNA binding / spliceosomal snRNP assembly / positive regulation of cell cycle / positive regulation of RNA splicing / mRNA splicing, via spliceosome / 細胞周期 / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Torus domain / Pre-mRNA-splicing factor Cwc2, RNA recognition motif / Torus domain / Pre-mRNA-splicing factor Cwc2/Slt11 / Zinc finger, CCCH-type / Zinc finger C3H1-type profile. / RRM (RNA recognition motif) domain / RNA認識モチーフ / Eukaryotic RNA Recognition Motif (RRM) profile. / RNA recognition motif domain ...Torus domain / Pre-mRNA-splicing factor Cwc2, RNA recognition motif / Torus domain / Pre-mRNA-splicing factor Cwc2/Slt11 / Zinc finger, CCCH-type / Zinc finger C3H1-type profile. / RRM (RNA recognition motif) domain / RNA認識モチーフ / Eukaryotic RNA Recognition Motif (RRM) profile. / RNA recognition motif domain / RNA-binding domain superfamily / Nucleotide-binding alpha-beta plait domain superfamily / Alpha-Beta Plaits / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Pre-mRNA-splicing factor CWC2
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.95 Å
データ登録者Lu, P. / Lu, G. / Yan, C. / Wang, L. / Li, W. / Yin, P.
引用ジャーナル: Biochem.J. / 年: 2012
タイトル: Structure of the mRNA splicing complex component Cwc2: insights into RNA recognition
著者: Lu, P. / Lu, G. / Yan, C. / Wang, L. / Li, W. / Yin, P.
履歴
登録2011年9月30日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02011年11月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年2月5日Group: Database references
改定 1.22023年11月1日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Pre-mRNA-splicing factor CWC2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,4392
ポリマ－27,3731
非ポリマー651
水5,873326
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)44.719, 54.340, 111.381
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Pre-mRNA-splicing factor CWC2 / mRNA splicing complex component Cwc2 / Complexed with CEF1 protein 2 / PRP19-associated complex ...mRNA splicing complex component Cwc2 / Complexed with CEF1 protein 2 / PRP19-associated complex protein 40 / Synthetic lethal with CLF1 protein 3


分子量: 27373.102 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 1-240 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 遺伝子: CWC2, NTC40, SLC3, YDL209C, D1041 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q12046
#2: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 326 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.47 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.24 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: pH 6.5, 21% PEG 3350, 200mM (NH4)2HCitrate, 100mM Na3Citrate, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU / 波長: 1.54178 Å
検出器タイプ: RIGAKU SATURN 944+ / 検出器: CCD / 日付: 2010年8月13日
放射モノクロメーター: GRAPHITE / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.54178 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.95→40 Å / Num. all: 20560 / Num. obs: 20478 / % possible obs: 99.6 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / Biso Wilson estimate: 18.38 Å2
反射 シェル解像度: 1.95→2.02 Å / % possible all: 97.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CrystalClearデータ収集
PHASER位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.6.3_473)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3U1L

3u1l


解像度: 1.95→29.347 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.27 / FOM work R set: 0.9011 / SU ML: 0.18 / σ(F): 13.46 / 位相誤差: 15.87 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.191 1038 5.13 %RANDOM
Rwork0.159 ---
all0.1606 20478 --
obs0.1606 20239 98.72 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.72 Å / VDWプローブ半径: 1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 64.172 Å2 / ksol: 0.398 e/Å3
原子変位パラメータBiso max: 84.02 Å2 / Biso mean: 20.5753 Å2 / Biso min: 6.88 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.6014 Å20 Å2-0 Å2
2--2.3769 Å20 Å2
3----3.9783 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.95→29.347 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1773 0 1 326 2100
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0111818
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0812445
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.128675
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.086249
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005319
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 7

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
1.949-2.05180.21441430.1656262297
2.0518-2.18030.17621500.14312729100
2.1803-2.34850.18651330.1466274299
2.3485-2.58480.181440.1596270098
2.5848-2.95850.18851510.1612270498
2.9585-3.72620.17961670.1541278499
3.7262-29.34990.21051500.1696292099
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 20.7648 Å / Origin y: 34.612 Å / Origin z: 41.3055 Å
111213212223313233
T0.0779 Å20.0113 Å2-0.0056 Å2-0.091 Å2-0.0064 Å2--0.0831 Å2
L0.1358 °20.1238 °2-0.1575 °2-0.2904 °20.0207 °2--0.3461 °2
S-0.0092 Å °0.0246 Å °-0.0167 Å °-0.0143 Å °0.0032 Å °-0.0001 Å °-0.0036 Å °-0.0509 Å °0.0003 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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