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万見
- PDB-3tpu: 42F3 p5E8/H2-Ld complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3tpu
タイトル42F3 p5E8/H2-Ld complex
要素
  • 42F3 alpha
  • 42F3 beta
  • H2-Ld SBM2
  • p5E8 peptide
キーワードIMMUNE SYSTEM (免疫系) / IG MHC / Antigen Recognition (抗原提示) / TCR-pMHC / chimera protein / Membrane Receptor (細胞表面受容体)
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of antibody-dependent cellular cytotoxicity / regulation of natural killer cell mediated immunity / positive regulation of TRAIL production / antigen processing and presentation of exogenous peptide antigen via MHC class Ib / MHC class Ib protein complex / positive regulation of natural killer cell mediated immunity / positive regulation of natural killer cell cytokine production / natural killer cell tolerance induction / natural killer cell lectin-like receptor binding / negative regulation of natural killer cell activation ...positive regulation of antibody-dependent cellular cytotoxicity / regulation of natural killer cell mediated immunity / positive regulation of TRAIL production / antigen processing and presentation of exogenous peptide antigen via MHC class Ib / MHC class Ib protein complex / positive regulation of natural killer cell mediated immunity / positive regulation of natural killer cell cytokine production / natural killer cell tolerance induction / natural killer cell lectin-like receptor binding / negative regulation of natural killer cell activation / positive regulation of natural killer cell activation / negative regulation of natural killer cell mediated cytotoxicity / positive regulation of interleukin-13 production / positive regulation of natural killer cell mediated cytotoxicity / positive regulation of natural killer cell proliferation / positive regulation of immunoglobulin production / positive regulation of CD8-positive, alpha-beta T cell activation / CD8-positive, alpha-beta T cell activation / positive regulation of interleukin-4 production / positive regulation of CD8-positive, alpha-beta T cell proliferation / MHC class I protein binding / beta-2-microglobulin binding / protection from natural killer cell mediated cytotoxicity / negative regulation of T cell proliferation / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I via ER pathway, TAP-independent / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class Ib / T cell receptor binding / lumenal side of endoplasmic reticulum membrane / defense response / MHC class I protein complex / positive regulation of T cell mediated cytotoxicity / phagocytic vesicle membrane / peptide antigen binding / positive regulation of tumor necrosis factor production / antibacterial humoral response / protein-folding chaperone binding / 獲得免疫系 / defense response to Gram-positive bacterium / 免疫応答 / external side of plasma membrane / signaling receptor binding / ゴルジ体 / 細胞膜 / 小胞体 / extracellular space / 細胞膜
類似検索 - 分子機能
MHC class I, alpha chain, C-terminal / MHC_I C-terminus / MHC class I-like antigen recognition-like / Murine Class I Major Histocompatibility Complex, H2-DB; Chain A, domain 1 / MHC class I alpha chain, alpha1 alpha2 domains / Class I Histocompatibility antigen, domains alpha 1 and 2 / MHC class I-like antigen recognition-like / MHC class I-like antigen recognition-like superfamily / MHC classes I/II-like antigen recognition protein / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site ...MHC class I, alpha chain, C-terminal / MHC_I C-terminus / MHC class I-like antigen recognition-like / Murine Class I Major Histocompatibility Complex, H2-DB; Chain A, domain 1 / MHC class I alpha chain, alpha1 alpha2 domains / Class I Histocompatibility antigen, domains alpha 1 and 2 / MHC class I-like antigen recognition-like / MHC class I-like antigen recognition-like superfamily / MHC classes I/II-like antigen recognition protein / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / 抗体 / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulin-like / サンドイッチ / 2-Layer Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
H-2 class I histocompatibility antigen, L-D alpha chain
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.1 Å
データ登録者Adams, J.J. / Kranz, D.M. / Garcia, K.C.
引用ジャーナル: Immunity / 年: 2011
タイトル: T cell receptor signaling is limited by docking geometry to peptide-major histocompatibility complex.
著者: Adams, J.J. / Narayanan, S. / Liu, B. / Birnbaum, M.E. / Kruse, A.C. / Bowerman, N.A. / Chen, W. / Levin, A.M. / Connolly, J.M. / Zhu, C. / Kranz, D.M. / Garcia, K.C.
履歴
登録2011年9月8日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年12月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年1月18日Group: Database references
改定 1.22023年9月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 42F3 alpha
B: 42F3 beta
I: H2-Ld SBM2
J: p5E8 peptide
C: 42F3 alpha
D: 42F3 beta
E: H2-Ld SBM2
F: p5E8 peptide
G: 42F3 alpha
H: 42F3 beta
K: H2-Ld SBM2
L: p5E8 peptide
M: 42F3 alpha
N: 42F3 beta
Q: H2-Ld SBM2
R: p5E8 peptide
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)292,77832
ポリマ－291,27516
非ポリマー1,50316
水724
1
A: 42F3 alpha
B: 42F3 beta
I: H2-Ld SBM2
J: p5E8 peptide
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)73,2038
ポリマ－72,8194
非ポリマー3844
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
C: 42F3 alpha
D: 42F3 beta
E: H2-Ld SBM2
F: p5E8 peptide
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)73,1077
ポリマ－72,8194
非ポリマー2883
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
G: 42F3 alpha
H: 42F3 beta
K: H2-Ld SBM2
L: p5E8 peptide
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)73,2999
ポリマ－72,8194
非ポリマー4805
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
M: 42F3 alpha
N: 42F3 beta
Q: H2-Ld SBM2
R: p5E8 peptide
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)73,1698
ポリマ－72,8194
非ポリマー3504
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)291.332, 291.332, 291.240
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number155
Space group name H-MH32
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11K-181-

SO4

21N-242-

SO4

31N-242-

SO4

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要素

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タンパク質 , 2種, 8分子 BDHNIEKQ

#2: タンパク質
42F3 beta


分子量: 27248.180 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus, Homo sapiens / プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#3: タンパク質
H2-Ld SBM2


分子量: 21072.260 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P01897*PLUS

-
抗体 / タンパク質・ペプチド , 2種, 8分子 ACGMJFLR

#1: 抗体
42F3 alpha


分子量: 23326.877 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus, Homo sapiens / プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#4: タンパク質・ペプチド
p5E8 peptide


分子量: 1171.342 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: GenScript

-
非ポリマー , 3種, 20分子

#5: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン / 硫酸塩


分子量: 96.063 Da / 分子数: 15 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#6: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル / エチレングリコール


分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#7: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.08 Å3/Da / 溶媒含有率: 69.88 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 4.4
詳細: 1.1M lithium sulfate, 1% (v/v) PEG 200 and 0.1M sodium acetate pH 4.4, VAPOR DIFFUSION, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL11-1 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 325 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2010年10月21日
放射モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.9→84.07 Å / Num. all: 104323 / Num. obs: 104323 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0
反射 シェル解像度: 2.9→3.06 Å / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Blu-Iceデータ収集
PHASER位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.7_650)精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3TFK

3tfk


解像度: 3.1→45.313 Å / SU ML: 0.42 / σ(F): 0 / 位相誤差: 26.92 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2581 4271 5.01 %random
Rwork0.2309 ---
all0.2322 85599 --
obs0.2322 85334 99.69 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.83 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 30.394 Å2 / ksol: 0.305 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--7.8366 Å2-0 Å20 Å2
2---7.8366 Å2-0 Å2
3---26.1993 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.1→45.313 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数20065 0 79 4 20148
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.01520684
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.55528074
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d17.0387391
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0932892
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0093669
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.1001-3.13530.35591570.34412580X-RAY DIFFRACTION96
3.1353-3.17210.33641460.31662625X-RAY DIFFRACTION98
3.1721-3.21080.28241300.31022664X-RAY DIFFRACTION99
3.2108-3.25150.33991360.30032662X-RAY DIFFRACTION100
3.2515-3.29420.31641390.29792714X-RAY DIFFRACTION100
3.2942-3.33930.35451320.29652663X-RAY DIFFRACTION100
3.3393-3.3870.33111530.28762683X-RAY DIFFRACTION100
3.387-3.43760.35191210.27922695X-RAY DIFFRACTION100
3.4376-3.49130.3331460.282698X-RAY DIFFRACTION100
3.4913-3.54850.30651510.272698X-RAY DIFFRACTION100
3.5485-3.60960.29531350.27852726X-RAY DIFFRACTION100
3.6096-3.67530.2861440.26032681X-RAY DIFFRACTION100
3.6753-3.74590.29131460.25132705X-RAY DIFFRACTION100
3.7459-3.82230.28821380.24542684X-RAY DIFFRACTION100
3.8223-3.90540.29671400.22942692X-RAY DIFFRACTION100
3.9054-3.99620.26151280.22222730X-RAY DIFFRACTION100
3.9962-4.09610.27171510.21512672X-RAY DIFFRACTION100
4.0961-4.20670.22211320.20382740X-RAY DIFFRACTION100
4.2067-4.33040.20371390.19192704X-RAY DIFFRACTION100
4.3304-4.47010.20931410.18932694X-RAY DIFFRACTION100
4.4701-4.62970.19171480.17052730X-RAY DIFFRACTION100
4.6297-4.81490.19341380.18132685X-RAY DIFFRACTION100
4.8149-5.03370.22871480.20432727X-RAY DIFFRACTION100
5.0337-5.29880.24851250.20882738X-RAY DIFFRACTION100
5.2988-5.63020.26251360.21772722X-RAY DIFFRACTION100
5.6302-6.06390.23151520.21372728X-RAY DIFFRACTION100
6.0639-6.67250.23431490.22072728X-RAY DIFFRACTION100
6.6725-7.6340.24581460.20422730X-RAY DIFFRACTION100
7.634-9.6030.20551670.19072750X-RAY DIFFRACTION100
9.603-45.3180.27051570.2642815X-RAY DIFFRACTION99

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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