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万見
- PDB-3tj1: Crystal Structure of RNA Polymerase I Transcription Initiation Fa... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3tj1
タイトルCrystal Structure of RNA Polymerase I Transcription Initiation Factor Rrn3
要素RNA polymerase I-specific transcription initiation factor RRN3
キーワードTRANSCRIPTION / HEAT repeat / Transcription Factor / Nucleus
機能・相同性
機能・相同性情報


RNA polymerase I core binding / rDNA binding / RNA polymerase I general transcription initiation factor binding / RNA polymerase I general transcription initiation factor activity / RNA Polymerase I Transcription Initiation / RNA Polymerase I Promoter Escape / transcription initiation at RNA polymerase I promoter / nucleolus / nucleus
類似検索 - 分子機能
RNA polymerase I specific transcription initiation factor RRN3 / RNA polymerase I specific transcription initiation factor RRN3
類似検索 - ドメイン・相同性
RNA polymerase I-specific transcription initiation factor RRN3
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2.85 Å
データ登録者Blattner, C. / Jennebach, S. / Herzog, F. / Mayer, A. / Cheung, A.C.M. / Witte, G. / Lorenzen, K. / Hopfner, K.-P. / Heck, A.J.R. / Aebersold, R. / Cramer, P.
引用ジャーナル: Genes Dev. / 年: 2011
タイトル: Molecular basis of Rrn3-regulated RNA polymerase I initiation and cell growth.
著者: Blattner, C. / Jennebach, S. / Herzog, F. / Mayer, A. / Cheung, A.C. / Witte, G. / Lorenzen, K. / Hopfner, K.P. / Heck, A.J. / Aebersold, R. / Cramer, P.
履歴
登録2011年8月23日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年9月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年10月5日Group: Database references
改定 1.22011年10月19日Group: Database references
改定 1.32018年1月24日Group: Data collection / Structure summary / カテゴリ: audit_author / diffrn / Item: _audit_author.name
改定 1.42024年2月28日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: RNA polymerase I-specific transcription initiation factor RRN3
B: RNA polymerase I-specific transcription initiation factor RRN3


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)149,6642
ポリマ－149,6642
非ポリマー00
水1,856103
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2730 Å2
ΔGint-10 kcal/mol
Surface area41720 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)96.770, 101.770, 162.010
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 RNA polymerase I-specific transcription initiation factor RRN3


分子量: 74831.883 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 遺伝子: RRN3, YKL125W / プラスミド: pET28 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21-CodonPlus(DE3)-RIL / 参照: UniProt: P36070
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 103 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.67 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.85 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: 14% PEG 3350, 250 mM sodium-potassium-tartrate, pH 7, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID29 / 波長: 1.0086, 1.0094, 1.0129
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2008年9月22日
放射モノクロメーター: Liquid nitrogen cooled channel-cut silicon monochromator Si(111)
プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
11.00861
21.00941
31.01291
反射解像度: 2.85→50 Å / Num. all: 38079 / Num. obs: 38054 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0
反射 シェル解像度: 2.85→2.92 Å / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MxCuBEデータ収集
SHARP位相決定
BUSTER2.11.1精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2.85→48.55 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.9308 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.9165 / SU R Cruickshank DPI: 0.701 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2418 1900 4.99 %RANDOM
Rwork0.2082 ---
obs0.2099 38054 99.96 %-
all-38079 --
原子変位パラメータBiso mean: 62.5 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-7.8169 Å20 Å20 Å2
2---23.5086 Å20 Å2
3---15.6916 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.436 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.85→48.55 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7972 0 0 103 8075
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.018152HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg1.1311017HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d2891SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes208HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes1145HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it8152HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion2.48
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion20.59
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion1072SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact9979SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 2.85→2.93 Å / Total num. of bins used: 19
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2524 136 4.68 %
Rwork0.2416 2771 -
all0.2421 2907 -
obs--99.96 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.6201-0.23241.39130.2875-0.3823.1169-0.1462-0.2317-0.0014-0.03980.12790.1204-0.225-0.65560.0183-0.16230.0723-0.00520.17870.007-0.163128.934229.9838110.55
20.71880.67011.57660.26810.82812.8058-0.08170.25250.0089-0.00640.1298-0.1003-0.07050.7183-0.0481-0.12920.0360.00220.2856-0.0314-0.141477.678830.4171132.529
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1{ A|* }A46 - 617
2X-RAY DIFFRACTION2{ B|* }B46 - 617

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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