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- PDB-3ter: Crystal structure of SOAR domain with Inhibition helix from C. elegans -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3ter
タイトルCrystal structure of SOAR domain with Inhibition helix from C. elegans
要素Mammalian stromal interaction molecule-1
キーワードMETAL BINDING PROTEIN / dimer
機能・相同性
機能・相同性情報


Antigen activates B Cell Receptor (BCR) leading to generation of second messengers / Ion homeostasis / 排卵 / positive regulation of engulfment of apoptotic cell / store-operated calcium entry / : / intracellular organelle / positive regulation of smooth muscle contraction / calcium channel regulator activity / calcium channel activity ...Antigen activates B Cell Receptor (BCR) leading to generation of second messengers / Ion homeostasis / 排卵 / positive regulation of engulfment of apoptotic cell / store-operated calcium entry / : / intracellular organelle / positive regulation of smooth muscle contraction / calcium channel regulator activity / calcium channel activity / intracellular calcium ion homeostasis / 樹状突起 / neuronal cell body / calcium ion binding / 小胞体 / identical protein binding / 細胞膜 / 細胞質
類似検索 - 分子機能
Helix Hairpins - #3550 / Stromal interaction molecule, Orai1-activating region / Stromal interaction molecule / STIM1 Orai1-activating region / SAM domain (Sterile alpha motif) / Sterile alpha motif domain / Sterile alpha motif/pointed domain superfamily / Helix Hairpins / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Stromal interaction molecule 1 / :
類似検索 - 構成要素
生物種Caenorhabditis elegans (センチュウ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.551 Å
データ登録者Yang, X. / Jin, H. / Cai, X. / Shen, Y.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2012
タイトル: Structural and mechanistic insights into the activation of Stromal interaction molecule 1 (STIM1).
著者: Yang, X. / Jin, H. / Cai, X. / Li, S. / Shen, Y.
履歴
登録2011年8月15日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02012年4月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年7月10日Group: Database references
改定 1.22024年3月20日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Mammalian stromal interaction molecule-1
B: Mammalian stromal interaction molecule-1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,2342
ポリマ－31,2342
非ポリマー00
水57632
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1870 Å2
ΔGint-16 kcal/mol
Surface area16290 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)76.988, 76.988, 64.797
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number145
Space group name H-MP32

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要素

#1: タンパク質 Mammalian stromal interaction molecule-1


分子量: 15616.843 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP RESIDUES 256-391 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Caenorhabditis elegans (センチュウ)
遺伝子: stim-1, Y55B1BM.1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q9N379, UniProt: G5EF60*PLUS
#2: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 32 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.55 Å3/Da / 溶媒含有率: 65.35 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7
詳細: 0.1M HEPES pH 7.0, 15% Tacsimate pH 7.0, 2% PEG 3350 , VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
11001
21001
放射光源
由来サイトビームラインID波長 (Å)
シンクロトロンSSRF BL17U10.9791
シンクロトロンSSRF BL17U20.9791
検出器
タイプID検出器日付
ADSC QUANTUM 315r1CCD2011年4月23日
ADSC QUANTUM 315r2CCD2011年6月9日
放射
IDモノクロメータープロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
1Si 111 CHANNELSINGLE WAVELENGTHMx-ray1
2Si 111 CHANNELSINGLE WAVELENGTHMx-ray1
放射波長波長: 0.9791 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.55→50 Å / Num. all: 12045 / Num. obs: 10722 / % possible obs: 89 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 3.2 % / Rmerge(I) obs: 0.047 / Rsym value: 0.056 / Net I/σ(I): 19
反射 シェル解像度: 2.55→2.64 Å / % possible all: 91.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
ADSCQuantumデータ収集
SHELXS位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.6.4_486)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.551→29.644 Å / SU ML: 0.4 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0.09 / 位相誤差: 28.62 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2621 1156 10.17 %RASOM
Rwork0.1914 ---
all0.2017 11317 --
obs0.1985 10161 81.3 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.83 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 81.258 Å2 / ksol: 0.354 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--2.7951 Å2-0 Å20 Å2
2---2.7951 Å2-0 Å2
3---5.5903 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.551→29.644 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1896 0 0 32 1928
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0081914
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.1522562
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d20.267746
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.076293
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004335
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.5508-2.66680.34161290.28541176X-RAY DIFFRACTION75
2.6668-2.80730.33971380.25091252X-RAY DIFFRACTION80
2.8073-2.9830.29511560.22681299X-RAY DIFFRACTION83
2.983-3.21310.30281610.20721358X-RAY DIFFRACTION86
3.2131-3.5360.25791500.17241353X-RAY DIFFRACTION87
3.536-4.04660.24521510.16321357X-RAY DIFFRACTION85
4.0466-5.0940.20331390.1431293X-RAY DIFFRACTION83
5.094-29.64560.28761320.241127X-RAY DIFFRACTION72
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -19.0184 Å / Origin y: -11.4072 Å / Origin z: 9.0294 Å
111213212223313233
T0.3396 Å20.0099 Å2-0.0026 Å2-0.3009 Å2-0.0087 Å2--0.4479 Å2
L2.0548 °2-0.0536 °2-0.1311 °2-1.5149 °2-0.1913 °2--0.1206 °2
S-0.1851 Å °-0.1543 Å °0.1842 Å °-0.2173 Å °0.024 Å °0.0459 Å °0.0473 Å °0.0235 Å °0.1566 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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