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- PDB-3tbh: Crystal structure of O-Acetyl Serine Sulfhydrylase in complex wit... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3tbh
タイトルCrystal structure of O-Acetyl Serine Sulfhydrylase in complex with octapeptide derived from Serine Acetyl Transferase of Leishmania donovani
要素
  • O-acetyl serine sulfhydrylase
  • Serine acetyl transferase derived octapeptide
キーワードTRANSFERASE/TRANSFERASE INHIBITOR / Cysteine Synthase (システインシンターゼ) / Type II PLP dependent enzyme / Serine acetyl transferase / Tryptophan synthase beta subunit-like PLP-dependent enzymes / sulfhydrylase / TRANSFERASE-TRANSFERASE INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


serine O-acetyltransferase / serine O-acetyltransferase activity / cysteine synthase activity / cysteine biosynthetic process from serine
類似検索 - 分子機能
Serine acetyltransferase, N-terminal domain superfamily / Cysteine synthase CysK / システインシンターゼ / Rossmann fold - #1100 / Hexapeptide repeat / Bacterial transferase hexapeptide (six repeats) / Pyridoxal-phosphate dependent enzyme / Tryptophan synthase beta subunit-like PLP-dependent enzyme / Pyridoxal-phosphate dependent enzyme / Trimeric LpxA-like superfamily ...Serine acetyltransferase, N-terminal domain superfamily / Cysteine synthase CysK / システインシンターゼ / Rossmann fold - #1100 / Hexapeptide repeat / Bacterial transferase hexapeptide (six repeats) / Pyridoxal-phosphate dependent enzyme / Tryptophan synthase beta subunit-like PLP-dependent enzyme / Pyridoxal-phosphate dependent enzyme / Trimeric LpxA-like superfamily / ロスマンフォールド / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Serine O-acetyltransferase / O-acetyl serine sulfhydrylase
類似検索 - 構成要素
生物種Leishmania donovani (ドノバンリーシュマニア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.68 Å
データ登録者Raj, I. / Gourinath, S.
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structure of O-Acetyl Serine Sulfhydrylase in complex with octapeptide derived from Serine Acetyl Transferase of Leishmania donovani
著者: Raj, I. / Kumar, S. / Gourinath, S.
履歴
登録2011年8月6日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02012年8月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年11月8日Group: Refinement description / カテゴリ: software
Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.date / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version
改定 1.22023年11月1日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.32023年12月6日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: O-acetyl serine sulfhydrylase
B: Serine acetyl transferase derived octapeptide
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,7773
ポリマ－36,7542
非ポリマー231
水3,837213
1
A: O-acetyl serine sulfhydrylase
B: Serine acetyl transferase derived octapeptide
ヘテロ分子

A: O-acetyl serine sulfhydrylase
B: Serine acetyl transferase derived octapeptide
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)73,5546
ポリマ－73,5084
非ポリマー462
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-x,-y,z1
Buried area6110 Å2
ΔGint-54 kcal/mol
Surface area23690 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)115.217, 62.440, 43.538
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number18
Space group name H-MP21212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-458-

HOH

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要素

#1: タンパク質 O-acetyl serine sulfhydrylase


分子量: 35907.250 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Leishmania donovani (ドノバンリーシュマニア)
株: MHOM/IM/1983/AG83 / 遺伝子: ldOASS, OASS / プラスミド: pET21c / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: G1C2I2, システインシンターゼ
#2: タンパク質・ペプチド Serine acetyl transferase derived octapeptide


分子量: 846.908 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: synthesized peptide
由来: (合成) Leishmania donovani (ドノバンリーシュマニア)
参照: UniProt: E9BR69*PLUS
#3: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#4: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 213 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
配列の詳細ENTITY 2 IS A OCTAPEPTIDE DERIVED FROM C-TERMINAL OF SERINE ACETYL TRANSFERASE FROM LEISHMANIA DONOVANI.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.13 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.31 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: KSCN, PEG 3350, pH 6.5, vapor diffusion, hanging drop, temperature 289K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: BM14 / 波長: 0.976 Å
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2010年10月29日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.976 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.68→115.22 Å / Num. obs: 36632 / % possible obs: 99.59 % / Observed criterion σ(F): 7.2

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位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MR
最高解像度最低解像度
Rotation1.9 Å42.34 Å
Translation1.9 Å42.34 Å

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
MOLREP位相決定
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
HKL-2000データ収集
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3SPX

3spx


解像度: 1.68→115.22 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.959 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.946 / WRfactor Rfree: 0.221 / WRfactor Rwork: 0.1843 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / FOM work R set: 0.8638 / SU B: 1.773 / SU ML: 0.061 / SU R Cruickshank DPI: 0.104 / SU Rfree: 0.1036 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.104 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES: REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2202 1798 4.9 %RANDOM
Rwork0.1847 ---
obs0.1864 36490 99.59 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 61.53 Å2 / Biso mean: 21.7077 Å2 / Biso min: 5.58 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.11 Å20 Å20 Å2
2--0.26 Å20 Å2
3---0.84 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.68→115.22 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2403 0 1 213 2617
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0310.0222447
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.4781.9893315
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.7315323
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.72524.54588
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.32415421
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.31513
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1830.2386
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0130.0211802
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.5891.51600
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.53922567
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.9793847
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it6.1594.5747
LS精密化 シェル解像度: 1.681→1.724 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.294 126 -
Rwork0.25 2470 -
all-2596 -
obs--98.56 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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