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- PDB-3t6a: Structure of the C-terminal domain of BCAR3 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3t6a
タイトルStructure of the C-terminal domain of BCAR3
要素Breast cancer anti-estrogen resistance protein 3
キーワードSIGNALING PROTEIN / Cdc25-homology domain / GTPase exchange factor
機能・相同性
機能・相同性情報


endothelin receptor signaling pathway / lens morphogenesis in camera-type eye / response to xenobiotic stimulus => GO:0009410 / small GTPase-mediated signal transduction / phosphotyrosine residue binding / guanyl-nucleotide exchange factor activity / positive regulation of DNA replication / positive regulation of GTPase activity / kinase binding / insulin receptor signaling pathway ...endothelin receptor signaling pathway / lens morphogenesis in camera-type eye / response to xenobiotic stimulus => GO:0009410 / small GTPase-mediated signal transduction / phosphotyrosine residue binding / guanyl-nucleotide exchange factor activity / positive regulation of DNA replication / positive regulation of GTPase activity / kinase binding / insulin receptor signaling pathway / positive regulation of peptidyl-serine phosphorylation / positive regulation of MAPK cascade / focal adhesion / シグナル伝達 / 細胞質
類似検索 - 分子機能
Breast cancer anti-estrogen resistance protein 3 / Son of Sevenless (SoS) protein; Chain S, domain 2 / Ras guanine-nucleotide exchange factors catalytic domain / Ras guanine-nucleotide exchange factor, catalytic domain superfamily / Ras guanine nucleotide exchange factor domain superfamily / RasGEF domain / Ras guanine-nucleotide exchange factors catalytic domain profile. / Guanine nucleotide exchange factor for Ras-like small GTPases / Ras guanine-nucleotide exchange factors catalytic domain / SH2ドメイン ...Breast cancer anti-estrogen resistance protein 3 / Son of Sevenless (SoS) protein; Chain S, domain 2 / Ras guanine-nucleotide exchange factors catalytic domain / Ras guanine-nucleotide exchange factor, catalytic domain superfamily / Ras guanine nucleotide exchange factor domain superfamily / RasGEF domain / Ras guanine-nucleotide exchange factors catalytic domain profile. / Guanine nucleotide exchange factor for Ras-like small GTPases / Ras guanine-nucleotide exchange factors catalytic domain / SH2ドメイン / Src homology 2 (SH2) domain profile. / Src homology 2 domains / SH2ドメイン / SH2 domain superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-POG / Breast cancer anti-estrogen resistance protein 3
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Mace, P.D. / Robinson, H. / Riedl, S.J.
引用ジャーナル: Nat.Struct.Mol.Biol. / 年: 2011
タイトル: NSP-Cas protein structures reveal a promiscuous interaction module in cell signaling.
著者: Mace, P.D. / Wallez, Y. / Dobaczewska, M.K. / Lee, J.J. / Robinson, H. / Pasquale, E.B. / Riedl, S.J.
履歴
登録2011年7月28日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年11月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年12月28日Group: Database references
改定 1.22024年2月28日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Breast cancer anti-estrogen resistance protein 3
B: Breast cancer anti-estrogen resistance protein 3
C: Breast cancer anti-estrogen resistance protein 3
D: Breast cancer anti-estrogen resistance protein 3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)152,88814
ポリマ－152,0394
非ポリマー84910
水6,720373
1
A: Breast cancer anti-estrogen resistance protein 3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,4342
ポリマ－38,0101
非ポリマー4251
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Breast cancer anti-estrogen resistance protein 3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,4342
ポリマ－38,0101
非ポリマー4251
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: Breast cancer anti-estrogen resistance protein 3


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,0101
ポリマ－38,0101
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
D: Breast cancer anti-estrogen resistance protein 3


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,0109
ポリマ－38,0101
非ポリマー08
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
5
A: Breast cancer anti-estrogen resistance protein 3
B: Breast cancer anti-estrogen resistance protein 3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)76,8694
ポリマ－76,0202
非ポリマー8492
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2130 Å2
ΔGint-12 kcal/mol
Surface area26930 Å2
手法PISA
6
C: Breast cancer anti-estrogen resistance protein 3
D: Breast cancer anti-estrogen resistance protein 3


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)76,02010
ポリマ－76,0202
非ポリマー08
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4150 Å2
ΔGint-19 kcal/mol
Surface area26290 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)50.233, 151.889, 196.503
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質
Breast cancer anti-estrogen resistance protein 3 / Novel SH2-containing protein 2 / SH2 domain-containing protein 3B


分子量: 38009.824 Da / 分子数: 4 / 断片: C-terminal domain (UNP residues 502-825) / 変異: M536L / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: BCAR3, NSP2, SH2D3B, UNQ271/PRO308 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O75815
#2: 化合物 ChemComp-POG / (20S)-2,5,8,11,14,17-HEXAMETHYL-3,6,9,12,15,18-HEXAOXAHENICOSANE-1,20-DIOL / POLYPROPYLENE GLYCOL / HEPTAPROPYLENE GLYCOL / ポリプロピレングリコール


分子量: 424.569 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H44O8
#3: 化合物
ChemComp-UNX / UNKNOWN ATOM OR ION


分子数: 8 / 由来タイプ: 合成
#4: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 373 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
非ポリマーの詳細POLYPROPYLENE GLYCOL P 400 WAS PRESENT DURING CRYSTALLIZATION AND MODELED AS TWO POG MOLECULES IN ...POLYPROPYLENE GLYCOL P 400 WAS PRESENT DURING CRYSTALLIZATION AND MODELED AS TWO POG MOLECULES IN THE STRUCTURE. THESE APPEAR TO BE PRESENT AS THE TWO DIFFERENT STEREOISOMERS OF POLYPROPLENE GLYCOL.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.47 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.11 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.4
詳細: 15-20 % PEG3350, 0.04 M citric acid and 0.06 M Bis-Tris propane (pH 6.4), VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 93 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU FR-E SUPERBRIGHT / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS HTC / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2011年1月28日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.4→19.75 Å / Num. obs: 59059 / % possible obs: 98.7 % / Rmerge(I) obs: 0.096

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CrystalClearデータ収集
PHASER位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.6.4_486)精密化
XDSデータ削減
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.4→19.761 Å / SU ML: 0.35 / σ(F): 0 / 位相誤差: 24.59 / 立体化学のターゲット値: MLHL
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2442 2805 4.98 %
Rwork0.1736 --
obs0.1772 56380 94.27 %
溶媒の処理減衰半径: 0.77 Å / VDWプローブ半径: 0.9 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 45.279 Å2 / ksol: 0.356 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.6322 Å2-0 Å20 Å2
2---7.2727 Å20 Å2
3---7.9049 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.4→19.761 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9792 0 41 373 10206
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00810046
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.05313572
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.5313910
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0691550
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0051754
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.4-2.48560.30512600.23174741X-RAY DIFFRACTION85
2.4856-2.5850.3352370.21574913X-RAY DIFFRACTION88
2.585-2.70230.31992770.21915061X-RAY DIFFRACTION90
2.7023-2.84440.30152780.21515173X-RAY DIFFRACTION92
2.8444-3.0220.30092760.20425353X-RAY DIFFRACTION95
3.022-3.25440.25342650.19045467X-RAY DIFFRACTION96
3.2544-3.58020.2683080.17975581X-RAY DIFFRACTION98
3.5802-4.09420.2322940.15565635X-RAY DIFFRACTION99
4.0942-5.14320.17713230.12465693X-RAY DIFFRACTION99
5.1432-19.76160.20052870.15815958X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.34810.0039-0.11070.69550.2670.8759-0.0030.06010.08290.73970.16750.80990.1622-0.49110.00490.37820.04340.31410.15030.06010.22673.924348.8158113.5986
20.1310.15480.18311.3737-0.17960.46220.0264-0.02990.01510.29790.01690.1007-0.17180.0334-0.04490.11610.0320.05930.0484-0.00570.095216.460656.2819103.6582
30.3804-0.15710.05661.4046-0.15830.5399-0.03960.0126-0.0840.45430.12620.2652-0.2279-0.0768-0.07660.24110.0390.12730.0709-0.00880.111711.46557.5749107.7736
40.7079-0.05750.54030.7740.04731.2465-0.0349-0.13870.08320.61210.2173-0.34730.31130.0832-0.14370.4160.0506-0.1410.1998-0.06170.169133.2499103.3612115.5439
50.3417-0.1655-0.00481.47740.36190.6274-0.05380.0253-0.00140.30120.03580.12640.06730.02850.02320.13480.0224-0.00970.05670.00270.069822.424295.7305104.0364
60.5851-0.25580.34581.22440.07911.0893-0.11720.0579-0.04050.44420.1505-0.15160.320.1573-0.06790.2190.0419-0.03670.0250.01470.022626.815994.4178108.8356
70.9095-0.23430.27070.72360.16580.67960.14910.221-0.5244-0.2566-0.0590.02550.0967-0.03260.41920.15380.03510.00310.168-0.17150.313110.54446.888954.4781
80.74060.57960.27750.91760.41560.5886-0.0117-0.1485-0.0544-0.1401-0.05950.1569-0.0395-0.05570.070.0480.0346-0.0310.0862-0.040.12748.284660.659765.1362
90.50530.3431-0.24530.34920.13720.8849-0.08570.0557-0.0878-0.07070.0179-0.0016-0.06360.13160.0630.06160.0267-0.00920.0627-0.0190.101212.448457.951760.8482
100.6664-0.24850.03650.9578-1.15181.5968-0.32090.46290.3737-0.77390.23490.07520.171-0.06370.08080.3549-0.0115-0.06970.33780.17730.378128.1815105.126750.4441
110.7741.4382-0.41922.795-1.11330.909-0.0505-0.1091-0.1486-0.2478-0.1223-0.37360.0670.0840.18320.03740.04230.05180.09750.03720.118334.175892.651965.9897
120.88760.7587-0.13091.4542-0.65540.3764-0.16680.12780.0504-0.34370.1126-0.07930.1893-0.10560.05010.148-0.01120.01910.09470.00580.013729.631594.225261.7754
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1(chain A and resid 511:558)
2X-RAY DIFFRACTION2(chain A and resid 559:734)
3X-RAY DIFFRACTION3(chain A and resid 735:818)
4X-RAY DIFFRACTION4(chain B and resid 511:558)
5X-RAY DIFFRACTION5(chain B and resid 559:734)
6X-RAY DIFFRACTION6(chain B and resid 735:818)
7X-RAY DIFFRACTION7(chain C and resid 511:558)
8X-RAY DIFFRACTION8(chain C and resid 559:734)
9X-RAY DIFFRACTION9(chain C and resid 735:818)
10X-RAY DIFFRACTION10(chain D and resid 511:541)
11X-RAY DIFFRACTION11(chain D and resid 542:734)
12X-RAY DIFFRACTION12(chain D and resid 735:818)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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