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- PDB-3t5e: Crystal structure of an intramolecular human telomeric DNA G-quad... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3t5e
タイトルCrystal structure of an intramolecular human telomeric DNA G-quadruplex bound by the naphthalene diimide BMSG-SH-4
要素human telomeric DNA sequence
キーワードDNA (デオキシリボ核酸) / G-quadruplex (グアニン四重鎖) / intramolecular / ligand-complex / telomeric (テロメア)
機能・相同性: / Chem-T5E / デオキシリボ核酸 / DNA (> 10)
機能・相同性情報
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Collie, G.W. / Promontorio, R. / Parkinson, G.N.
引用ジャーナル: J.Am.Chem.Soc. / 年: 2012
タイトル: Structural basis for telomeric g-quadruplex targeting by naphthalene diimide ligands.
著者: Collie, G.W. / Promontorio, R. / Hampel, S.M. / Micco, M. / Neidle, S. / Parkinson, G.N.
履歴
登録2011年7月27日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年2月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年2月22日Group: Database references
改定 1.22023年9月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / entity / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _chem_comp.name / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.name / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: human telomeric DNA sequence
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)8,0145
ポリマ－6,9831
非ポリマー1,0314
水68538
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)63.034, 63.034, 42.389
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number168
Space group name H-MP6
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-26-

K

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要素

#1: DNA鎖 human telomeric DNA sequence


分子量: 6983.497 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
詳細: DNA sequence synthesised by standard phosphoramidite chemistry
#2: 化合物 ChemComp-T5E / 2,7-bis[4-(4-methylpiperazin-1-yl)butyl]-4,9-bis{[4-(4-methylpiperazin-1-yl)butyl]amino}benzo[lmn][3,8]phenanthroline-1 ,3,6,8(2H,7H)-tetrone / BMSG-SH2 / 2,7-ビス[4-(4-メチル-1-ピペラジニル)ブチル]-4,9-ビス[[4-(4-メチル-1-ピペラジニル)ブチル(以下略)


分子量: 913.248 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C50H80N12O4
#3: 化合物 ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン


分子量: 39.098 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#4: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 38 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.48 Å3/Da / 溶媒含有率: 64.67 %
結晶化温度: 283 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 15% PEG400, 300 mM KBr, 50 mM sodium cacodylate, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 283K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I02 / 波長: 0.97949 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2011年7月7日
放射モノクロメーター: Si III channel / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97949 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.94→54.59 Å / Num. all: 7197 / Num. obs: 7197 / % possible obs: 99.6 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 8.9 % / Biso Wilson estimate: 42.15 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.06 / Net I/σ(I): 15.2
反射 シェル解像度: 1.94→1.99 Å / 冗長度: 7 % / Rmerge(I) obs: 0.66 / Mean I/σ(I) obs: 2 / Num. unique all: 531 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
GDAデータ収集
PHASER位相決定
REFMAC5.5.0072精密化
XDSデータ削減
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 1KF1

1kf1


解像度: 2.1→10.2 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.945 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.935 / SU B: 9.672 / SU ML: 0.134 / Isotropic thermal model: Isotropic plus TLS / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.223 / ESU R Free: 0.196 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.28158 262 4.7 %RANDOM
Rwork0.24286 ---
all0.24474 5372 --
obs0.24474 5372 100 %-
原子変位パラメータBiso mean: 40.688 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.12 Å2-0.06 Å20 Å2
2---0.12 Å20 Å2
3---0.19 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.1→10.2 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数0 465 69 38 572
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0080.021597
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6222.999914
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0550.287
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.02272
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.4653597
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.3594.5914
LS精密化 シェル解像度: 2.1→2.152 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.448 15 -
Rwork0.385 373 -
obs--100 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.0016-0.00060.00010.0002-0.00010-0.4401-0.59310.94880.27090.24110.0693-0.7166-0.5570.19890.1236000.123600.1236-32.0347.3756-4.6732
20.0383-0.087-0.62110.19791.412210.0792-0.0118-0.30850.11880.31770.0804-0.15560.08240.2819-0.06850.1108-0.0017-0.00130.11220.00320.1354-26.06531.01551.5139
31.1106-3.09830.06718.6439-0.18720.00410.01520.2214-0.2858-0.24460.0211-0.61450.3820.5307-0.03640.1983-0.0062-0.00140.2132-0.00090.1955-17.7297-5.6219-11.1316
42.21290.86730.47960.5016-0.86016.8960.08080.32440.0534-0.4719-0.0705-0.0607-0.16960.0329-0.01030.1063-0.0068-0.00040.10760.00170.1394-28.64974.6698-17.9263
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A1 - 4
2X-RAY DIFFRACTION2A5 - 9
3X-RAY DIFFRACTION3A10 - 13
4X-RAY DIFFRACTION4A14 - 22

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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