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データベース: PDB / ID: 3szn
タイトルCrystal structure of SARS coronavirus main protease complexed with an alpha, beta-unsaturated ethyl ester SG75
要素3C-like proteinase
キーワードHydrolase/Hydrolase Inhibitor / sars coronavirus main protease (3C様プロテアーゼ) / protease (プロテアーゼ) / Hydrolase-Hydrolase Inhibitor complex
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of ubiquitin-specific protease activity / Maturation of replicase proteins / Assembly of the SARS-CoV-1 Replication-Transcription Complex (RTC) / Transcription of SARS-CoV-1 sgRNAs / Lys48-specific deubiquitinase activity / Translation of Replicase and Assembly of the Replication Transcription Complex / Replication of the SARS-CoV-1 genome / viral genome replication / mRNA (guanine-N7-)-methyltransferase activity / 転移酵素; 一炭素原子の基を移すもの; メチル基を移すもの ...positive regulation of ubiquitin-specific protease activity / Maturation of replicase proteins / Assembly of the SARS-CoV-1 Replication-Transcription Complex (RTC) / Transcription of SARS-CoV-1 sgRNAs / Lys48-specific deubiquitinase activity / Translation of Replicase and Assembly of the Replication Transcription Complex / Replication of the SARS-CoV-1 genome / viral genome replication / mRNA (guanine-N7-)-methyltransferase activity / 転移酵素; 一炭素原子の基を移すもの; メチル基を移すもの / viral RNA-directed RNA polymerase complex / exoribonuclease complex / endoribonuclease complex / endopeptidase complex / 5'-3' RNA helicase activity / mRNA cap methyltransferase complex / RNA phosphodiester bond hydrolysis, exonucleolytic / positive regulation of RNA biosynthetic process / modulation by virus of host autophagy / 付加脱離酵素(リアーゼ); P-Oリアーゼ類; - / mRNA methylation / double membrane vesicle viral factory outer membrane / suppression by virus of host translation / ISG15-specific peptidase activity / 3C様プロテアーゼ / suppression by virus of host type I interferon production / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 5'-リン酸モノエステル産生エキソリボヌクレアーゼ / host cell endosome / 3'-5'-exoribonuclease activity / host cell endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment / induction by virus of catabolism of host mRNA / cytoplasmic viral factory / protein K48-linked deubiquitination / G-quadruplex RNA binding / suppression by virus of host ISG15-protein conjugation / 7-methylguanosine mRNA capping / transcription, RNA-templated / viral transcription / suppression by virus of host viral-induced cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of IRF3 activity / host cell Golgi apparatus / suppression by virus of host toll-like receptor signaling pathway / host cell endoplasmic reticulum / suppression by virus of host NF-kappaB cascade / modulation by virus of host protein ubiquitination / protein K63-linked deubiquitination / methyltransferase cap1 / mRNA (nucleoside-2'-O-)-methyltransferase activity / positive stranded viral RNA replication / suppression by virus of host TRAF activity / protein autoprocessing / helicase activity / double-stranded RNA binding / ubiquitinyl hydrolase 1 / ヘリカーゼ / DNA helicase activity / cysteine-type deubiquitinase activity / single-stranded RNA binding / 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; システインプロテアーゼ / protein processing / host cell perinuclear region of cytoplasm / viral protein processing / ヘリカーゼ / lyase activity / induction by virus of host autophagy / RNA依存性RNAポリメラーゼ / suppression by virus of host gene expression / endonuclease activity / cysteine-type endopeptidase activity / viral RNA genome replication / RNA-directed 5'-3' RNA polymerase activity / transcription, DNA-templated / suppression by virus of host type I interferon-mediated signaling pathway / host cell cytoplasm / protein dimerization activity / ATP hydrolysis activity / zinc ion binding / integral component of membrane / ATP binding / identical protein binding
類似検索 - 分子機能
Non-structural protein 3, SUD-N macrodomain, SARS-CoV / main proteinase (3clpro) structure, domain 3 / main proteinase (3clpro) structure, domain 3 / RNA-dependent RNA polymerase, SARS-CoV-like / Coronavirus Nsp12 RNA-dependent RNA polymerase (RdRp) domain profile. / Nonstructural protein 15, middle domain, alpha/betacoronavirus / Nonstructural protein 14, betacoronavirus / Coronavirus (CoV) guanine-N7-methyltransferase (N7-MTase) domain profile. / Nidovirus 3'-5' exoribonuclease (ExoN) domain profile. / Nidovirus 2'-O-methyltransferase (2'-O-MTase) domain profile. ...Non-structural protein 3, SUD-N macrodomain, SARS-CoV / main proteinase (3clpro) structure, domain 3 / main proteinase (3clpro) structure, domain 3 / RNA-dependent RNA polymerase, SARS-CoV-like / Coronavirus Nsp12 RNA-dependent RNA polymerase (RdRp) domain profile. / Nonstructural protein 15, middle domain, alpha/betacoronavirus / Nonstructural protein 14, betacoronavirus / Coronavirus (CoV) guanine-N7-methyltransferase (N7-MTase) domain profile. / Nidovirus 3'-5' exoribonuclease (ExoN) domain profile. / Nidovirus 2'-O-methyltransferase (2'-O-MTase) domain profile. / Coronavirus (CoV) Nsp15 N-terminal oligomerization domain profile. / Arterivirus Nsp11 N-terminal/coronavirus NSP15 middle (AV-Nsp11N/CoV-Nsp15M) domain profile. / Nidoviral uridylate-specific endoribonuclease (NendoU) domain profile. / Viral (Superfamily 1) RNA helicase / Nonstructural protein 15, N-terminal domain, alpha/beta-coronavirus / NSP15, NendoU domain, coronavirus / Nonstructural protein 13, 1B domain, coronavirus / Coronavirus replicase NSP15, N-terminal oligomerisation / Nonstructural protein 15, middle domain, coronavirus / Coronavirus proofreading exoribonuclease / Coronavirus 2'-O-methyltransferase / Non-structural protein NSP16, coronavirus-like / Coronavirus RNA-dependent RNA polymerase, N-terminal / Non-structural protein 14, coronavirus / Non-structural protein NSP15, middle domain superfamily / Coronavirus replicase NSP15, middle domain / Coronavirus replicase NSP15, N-terminal oligomerisation / Non-structural protein NSP15, N-terminal domain superfamily, coronavirus / RNA polymerase, N-terminal, coronavirus / Nidovirus RdRp-associated nucleotidyl transferase (NiRAN) domain / Nonstructural protein 13, zinc-binding domain, coronavirus-like / Coronaviridae zinc-binding (CV ZBD) domain profile. / Nidovirus RdRp-associated nucleotidyl transferase (NiRAN) domain profile. / NendoU domain, nidovirus / Coronavirus replicase NSP15, uridylate-specific endoribonuclease / Endoribonuclease EndoU-like / Sarbecovirus Nsp3c-N domain profile. / Non-structural protein NSP3, SUD-N (Mac2) domain, betacoronavirus / Betacoronavirus SUD-C domain / Betacoronavirus replicase NSP3, N-terminal / Non-structural protein NSP3, SUD-N (Mac2) domain superfamily, betacoronavirus / Non-structural protein NSP3, N-terminal, betacoronavirus / Polyprotein cleavage domain PL2pro superfamily, betacoronavirus / Non-structural protein NSP1 superfamily, betacoronavirus / Non-structural protein 2, SARS-CoV-like / (+) RNA virus helicase core domain / (+)RNA virus helicase core domain profile. / Betacoronavirus (BetaCoV) Nsp1 C-terminal domain profile. / Coronavirus (CoV) Nsp1 globular domain profile. / Betacoronavirus Nsp3c-M domain profile. / Non-structural protein NSP1, betacoronavirus / Non-structural protein NSP3, SUD-M domain, betacoronavirus / Betacoronavirus replicase NSP1 / Betacoronavirus single-stranded poly(A) binding domain / Non-structural protein NSP3, SUD-M domain superfamily, betacoronavirus / Betacoronavirus Nsp3e nucleic acid-binding (NAB) domain profile. / Betacoronavirus Nsp3c-C domain profile. / Coronavirus RNA-dependent RNA polymerase (RdRp) Nsp7 cofactor domain profile. / Coronavirus RNA-dependent RNA polymerase (RdRp) Nsp8 cofactor domain profile. / Coronavirus Nsp9 single-stranded RNA (ssRNA)-binding domain profile. / Coronavirus (CoV) ExoN/MTase coactivator domain profile. / DPUP/SUD, C-terminal, betacoronavirus / Non-structural protein NSP3, nucleic acid-binding domain superfamily, betacoronavirus / Non-structural protein 6, betacoronavirus / Betacoronavirus nucleic acid-binding (NAB) / Non-structural protein NSP3A domain-like superfamily / Non-structural protein NSP3, nucleic acid-binding domain, betacoronavirus / Papain-like protease, N-terminal domain superfamily, coronavirus / Papain-like viral protease, palm and finger domains, coronavirus / Coronavirus replicase NSP2, N-terminal / Nonstructural protein 2, N-terminal domain, coronavirus / Coronavirus replicase NSP2, C-terminal / Coronavirus Nsp3d Ubl domain profile. / Non-structural protein 2, C-terminal domain, coronavirus / Coronavirus Nsp3a Ubl domain profile. / NSP3, first ubiquitin-like (Ubl) domain, coronavirus / Coronavirus Nsp4 C-terminal (Nsp4C) domain profile. / NSP3, second ubiquitin-like (Ubl) domain, coronavirus / Papain-like protease, thumb domain superfamily, coronavirus / Peptidase family C16 domain profile. / Non-structural protein NSP7, coronavirus / Coronavirus replicase NSP7 / Coronavirus endopeptidase C30 / Coronavirus replicase NSP8 / Non-structural protein NSP8, coronavirus / Coronavirus papain-like peptidase / Coronavirus replicase NSP3, C-terminal / Coronavirus RNA synthesis protein NSP10 / Coronavirus replicase NSP4, C-terminal / Coronavirus replicase NSP6 / Coronavirus replicase NSP4, N-terminal / Coronavirus replicase NSP3, C-terminal / Coronavirus main protease (M-pro) domain profile. / Non-structural protein NSP4, N-terminal, coronavirus / RNA synthesis protein NSP10, coronavirus / Non-structural protein 6, coronavirus / Peptidase C30, domain 3, coronavirus / Non-structural protein NSP4, C-terminal, coronavirus / RNA synthesis protein NSP10 superfamily, coronavirus / Non-structural protein NSP9 superfamily, coronavirus
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-G75 / Replicase polyprotein 1a / Replicase polyprotein 1ab
類似検索 - 構成要素
生物種SARS coronavirus (SARS コロナウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.69 Å
データ登録者Zhu, L. / Hilgenfeld, R.
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structures of SARS-Cov main protease complexed with a series of unsaturated esters
著者: Zhu, L. / Hilgenfeld, R.
履歴
登録2011年7月19日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年7月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年11月8日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 3C-like proteinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,3862
ポリマ-33,8771
非ポリマー5101
7,620423
1
A: 3C-like proteinase
ヘテロ分子

A: 3C-like proteinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)68,7724
ポリマ-67,7532
非ポリマー1,0192
362
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_554-x,y,-z-11
Buried area2450 Å2
ΔGint-8 kcal/mol
Surface area26420 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)107.980, 82.300, 53.230
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 104.38, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質 3C-like proteinase / 3CL-PRO / 3CLp / nsp5


分子量: 33876.637 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) SARS coronavirus (SARS コロナウイルス)
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: P0C6U8, UniProt: P0C6X7*PLUS, 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; システインプロテアーゼ
#2: 化合物 ChemComp-G75 / ETHYL (4R)-4-({N-[(BENZYLOXY)CARBONYL]-L-PHENYLALANYL}AMINO)-5-[(3S)-2-OXOPYRROLIDIN-3-YL]PENTANOATE


分子量: 509.594 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / : C28H35N3O6
#3: 水 ChemComp-HOH / water /


分子量: 18.015 Da / 分子数: 423 / 由来タイプ: 天然 / : H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.38 Å3/Da / 溶媒含有率: 63.63 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6
詳細: 8% PEG 6000, 0.1 M MES, 3% MPD, 3% DMSO, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 200 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.2 / 波長: 0.9184 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2010年8月6日
放射モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9184 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.69→32.1 Å / Num. all: 50479 / Num. obs: 47909 / % possible obs: 94.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3
反射 シェル解像度: 1.69→1.733 Å / % possible all: 94.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MAR345データ収集
MOLREP位相決定
REFMAC5精密化
iMOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.69→32.1 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.961 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.951 / SU B: 3.845 / SU ML: 0.057 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.087 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.20669 2570 5.1 %RANDOM
Rwork0.18493 ---
all0.18604 50479 --
obs0.18604 47909 99.84 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 25.604 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.02 Å20 Å20.02 Å2
2---0.02 Å20 Å2
3---0.01 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.69→32.1 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2371 0 37 423 2831
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0090.0222491
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3041.9643386
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.2575313
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.68524.414111
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg11.96815398
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg13.8521512
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0850.2379
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.0211910
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.6381.51529
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.2422477
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.9983962
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.1694.5905
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.69→1.733 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.298 197 -
Rwork0.237 3443 -
obs--98.46 %
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -0.4646 Å / Origin y: 1.2945 Å / Origin z: -14.8402 Å
111213212223313233
T0.0541 Å2-0.0322 Å2-0.0079 Å2-0.0291 Å20.0056 Å2--0.0261 Å2
L0.8884 °20.4602 °2-0.0489 °2-0.6451 °20.1811 °2--0.3069 °2
S0.0423 Å °-0.0854 Å °-0.0617 Å °0.0345 Å °-0.0478 Å °0.0079 Å °-0.0128 Å °-0.0134 Å °0.0055 Å °

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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