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- PDB-3syu: Re-refined coordinates for pdb entry 1det - ribonuclease T1 carbo... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3syu
タイトルRe-refined coordinates for pdb entry 1det - ribonuclease T1 carboxymethylated at GLU 58 in complex with 2'GMP
要素Guanyl-specific ribonuclease T1
キーワードHYDROLASE (加水分解酵素) / ENDORIBONUCLEASE
機能・相同性
機能・相同性情報


hyphal tip / ribonuclease T1 activity / ribonuclease T1 / cell septum / endonuclease activity / lyase activity / RNA binding
類似検索 - 分子機能
: / リボヌクレアーゼ / Microbial ribonucleases / Ribonuclease/ribotoxin / Nuclear Transport Factor 2; Chain: A, / Roll / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
GUANOSINE-2'-MONOPHOSPHATE / Guanyl-specific ribonuclease T1
類似検索 - 構成要素
生物種Aspergillus oryzae (米麹菌)
手法X線回折 / RE-REFINEMENT / 解像度: 1.95 Å
データ登録者Smart, O.S. / Womack, T.O. / Bricogne, G.
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 1996
タイトル: Crystal structure of ribonuclease T1 carboxymethylated at Glu58 in complex with 2'-GMP.
著者: Ishikawa, K. / Suzuki, E. / Tanokura, M. / Takahashi, K.
履歴
登録2011年7月18日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年3月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年5月2日Group: Database references
改定 1.22023年9月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 2.02023年11月15日Group: Atomic model / Data collection
カテゴリ: atom_site / atom_site_anisotrop ...atom_site / atom_site_anisotrop / chem_comp_atom / chem_comp_bond
Item: _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id ..._atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_atom_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_atom_id / _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2
Remark 0THIS ENTRY 3SYU REFLECTS AN ALTERNATIVE MODELING OF X-RAY DATA IN 1DET. ORIGINAL DATA DETERMINED BY ...THIS ENTRY 3SYU REFLECTS AN ALTERNATIVE MODELING OF X-RAY DATA IN 1DET. ORIGINAL DATA DETERMINED BY AUTHOR: K.ISHIKAWA,E.SUZUKI,M.TANOKURA,K.TAKAHASHI

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Guanyl-specific ribonuclease T1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)11,5615
ポリマ－11,1521
非ポリマー4094
水82946
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)88.690, 88.690, 88.690
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number197
Space group name H-MI23
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-991-

UNX

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要素

#1: タンパク質 Guanyl-specific ribonuclease T1 / RNase T1


分子量: 11151.681 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Aspergillus oryzae (米麹菌) / 株: ATCC 42149 / RIB 40 / 参照: UniProt: P00651, EC: 3.1.27.3
#2: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#3: 化合物 ChemComp-2GP / GUANOSINE-2'-MONOPHOSPHATE / 2′-GMP / グアニル酸


分子量: 363.221 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H14N5O8P
#4: 化合物 ChemComp-UNX / UNKNOWN ATOM OR ION


分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
#5: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 46 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.61 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.81 % / 解説: AUTHOR USED THE SF DATA FROM ENTRY 1DET.

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データ収集

放射散乱光タイプ: x-ray
放射波長相対比: 1

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解析

ソフトウェア名称: BUSTER / バージョン: 2.13.0 / 分類: 精密化
精密化構造決定の手法: RE-REFINEMENT
開始モデル: PDB ENTRY 1DET

1det


解像度: 1.95→13.44 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.9678 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.9672 / SU R Cruickshank DPI: 0.169 / 交差検証法: IN RE-REFINEMENT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh and Huber EH99
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1649 416 4.97 %RANDOM
Rwork0.1384 ---
obs0.1398 8365 97.27 %-
原子変位パラメータBiso mean: 37.82 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0 Å20 Å20 Å2
2--0 Å20 Å2
3---0 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.189 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.95→13.44 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数780 0 27 46 853
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.011518HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg1.12687HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d313SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes24HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes264HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it1518HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd2SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion4.39
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion13.91
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion103SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies1HARMONIC1
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact1609SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 1.95→2.18 Å / Total num. of bins used: 5
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1808 109 4.74 %
Rwork0.138 2189 -
all0.14 2298 -
obs--97.27 %
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 25.1322 Å / Origin y: -46.7198 Å / Origin z: 14.8879 Å
111213212223313233
T-0.0472 Å20.0187 Å20.0227 Å2--0.0453 Å2-0.0343 Å2---0.0664 Å2
L4.4966 °2-0.4423 °2-1.0064 °2-1.6031 °2-0.2293 °2--2.3279 °2
S0.0165 Å °-0.3042 Å °-0.1118 Å °0.3166 Å °-0.001 Å °-0.0561 Å °-0.091 Å °0.2916 Å °-0.0155 Å °
精密化 TLSグループSelection details: { A|* }

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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