+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3st4 | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Dreiklang - on state | ||||||
要素 | Dreiklang | ||||||
キーワード | FLUORESCENT PROTEIN (蛍光タンパク質) / GFP-like / beta barrel (Βバレル) / Reversibly switchable fluorescent protein / Anthozoa (花虫綱) / fluorescent dyes (蛍光色素) / luminescent protein (生物発光) | ||||||
機能・相同性 | 緑色蛍光タンパク質 / 緑色蛍光タンパク質 / Βバレル / Mainly Beta / リン酸塩 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Aequorea victoria (オワンクラゲ) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å | ||||||
データ登録者 | Brakemann, T. / Weber, G. / Andresen, M. / Stiel, A.C. / Jakobs, S. / Wahl, M.C. | ||||||
引用 | ジャーナル: Nat.Biotechnol. / 年: 2011 タイトル: A reversibly photoswitchable GFP-like protein with fluorescence excitation decoupled from switching. 著者: Brakemann, T. / Stiel, A.C. / Weber, G. / Andresen, M. / Testa, I. / Grotjohann, T. / Leutenegger, M. / Plessmann, U. / Urlaub, H. / Eggeling, C. / Wahl, M.C. / Hell, S.W. / Jakobs, S. | ||||||
履歴 |
|
-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
---|
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 3st4.cif.gz | 304.4 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | pdb3st4.ent.gz | 259.8 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 3st4.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/st/3st4 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/st/3st4 | HTTPS FTP |
---|
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
| |||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| |||||||||
2 |
| |||||||||
3 |
| |||||||||
単位格子 |
| |||||||||
Components on special symmetry positions |
|
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 28540.246 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Aequorea victoria (オワンクラゲ) プラスミド: pQE31 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 #2: 化合物 | ChemComp-PO4 / #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
---|
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
---|
-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.2 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.16 % |
---|---|
結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.6 詳細: 15 % (w/v) PEG 3350, 0.2M KH2PO4, 3% (w/v) D-trehalose dihydrate, pH 4.6, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
---|---|
放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.2 / 波長: 0.91841 Å |
検出器 | タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2010年3月16日 |
放射 | モノクロメーター: Si-111 crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.91841 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2→50 Å / Num. all: 51879 / Num. obs: 51771 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(F): 3 / Observed criterion σ(I): 3 / Rmerge(I) obs: 0.064 |
反射 シェル | 解像度: 2→2.1 Å / Rmerge(I) obs: 0.49 / Mean I/σ(I) obs: 3 / Num. unique all: 6929 / % possible all: 99.9 |
-解析
ソフトウェア |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2→41.441 Å / SU ML: 0.23 / σ(F): 1.99 / 位相誤差: 19.58 / 立体化学のターゲット値: ML
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 43.24 Å2 / ksol: 0.335 e/Å3 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2→41.441 Å
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 TLSグループ |
|