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万見
- PDB-3sg1: 2.6 Angstrom Crystal Structure of UDP-N-acetylglucosamine 1-carbo... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3sg1
タイトル2.6 Angstrom Crystal Structure of UDP-N-acetylglucosamine 1-carboxyvinyltransferase 1 (MurA1) from Bacillus anthracis
要素UDP-N-acetylglucosamine 1-carboxyvinyltransferase 1
キーワードTRANSFERASE (転移酵素) / Structural Genomics (構造ゲノミクス) / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases / CSGID / Cell wall formation
機能・相同性
機能・相同性情報


UDP-N-acetylglucosamine 1-carboxyvinyltransferase / UDP-N-acetylglucosamine 1-carboxyvinyltransferase activity / UDP-N-acetylgalactosamine biosynthetic process / peptidoglycan biosynthetic process / cell wall organization / regulation of cell shape / 細胞周期 / 細胞分裂 / 細胞質
類似検索 - 分子機能
UDP-N-acetylglucosamine 1-carboxyvinyltransferase / Enolpyruvate transferase domain / Alpha-beta prism / UDP-n-acetylglucosamine1-carboxyvinyl-transferase; Chain / Enolpyruvate transferase domain / Enolpyruvate transferase domain superfamily / EPSP synthase (3-phosphoshikimate 1-carboxyvinyltransferase) / RNA 3'-terminal phosphate cyclase/enolpyruvate transferase, alpha/beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
TRIETHYLENE GLYCOL / UDP-N-acetylglucosamine 1-carboxyvinyltransferase 1
類似検索 - 構成要素
生物種Bacillus anthracis (炭疽菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.6 Å
データ登録者Minasov, G. / Halavaty, A. / Filippova, E.V. / Shuvalova, L. / Dubrovska, I. / Winsor, J. / Papazisi, L. / Anderson, W.F. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)
引用ジャーナル: TO BE PUBLISHED
タイトル: 2.6 Angstrom Crystal Structure of UDP-N-acetylglucosamine 1-carboxyvinyltransferase 1 (MurA1) from Bacillus anthracis.
著者: Minasov, G. / Halavaty, A. / Filippova, E.V. / Shuvalova, L. / Dubrovska, I. / Winsor, J. / Papazisi, L. / Anderson, W.F. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)
履歴
登録2011年6月14日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年6月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22017年11月8日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.32023年9月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: UDP-N-acetylglucosamine 1-carboxyvinyltransferase 1
B: UDP-N-acetylglucosamine 1-carboxyvinyltransferase 1
C: UDP-N-acetylglucosamine 1-carboxyvinyltransferase 1
D: UDP-N-acetylglucosamine 1-carboxyvinyltransferase 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)198,6396
ポリマ－198,2954
非ポリマー3442
水8,899494
1
A: UDP-N-acetylglucosamine 1-carboxyvinyltransferase 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)49,5741
ポリマ－49,5741
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: UDP-N-acetylglucosamine 1-carboxyvinyltransferase 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)49,9183
ポリマ－49,5741
非ポリマー3442
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: UDP-N-acetylglucosamine 1-carboxyvinyltransferase 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)49,5741
ポリマ－49,5741
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
D: UDP-N-acetylglucosamine 1-carboxyvinyltransferase 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)49,5741
ポリマ－49,5741
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
5


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area11460 Å2
ΔGint-14 kcal/mol
Surface area54420 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)78.666, 125.217, 79.472
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 105.73, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
31C
41D

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: MET / Beg label comp-ID: MET / End auth comp-ID: GLU / End label comp-ID: GLU / Refine code: 4 / Auth seq-ID: 1 - 419 / Label seq-ID: 25 - 443

Dom-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
1AA
2BB
3CC
4DD

-
要素

#1: タンパク質
UDP-N-acetylglucosamine 1-carboxyvinyltransferase 1 / / Enoylpyruvate transferase 1 / UDP-N-acetylglucosamine enolpyruvyl transferase 1 / EPT 1


分子量: 49573.711 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bacillus anthracis (炭疽菌) / 株: Ames / 遺伝子: BAS5137, BA_5529, GBAA_5529, murA1 / プラスミド: pMCSG7 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)-pLysS
参照: UniProt: Q81K13, UDP-N-acetylglucosamine 1-carboxyvinyltransferase
#2: 化合物 ChemComp-PG4 / TETRAETHYLENE GLYCOL / テトラエチレングリコ-ル / ポリエチレングリコール


分子量: 194.226 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H18O5 / コメント: 沈殿剤*YM
#3: 化合物 ChemComp-PGE / TRIETHYLENE GLYCOL / トリエチレングリコ-ル / ポリエチレングリコール


分子量: 150.173 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O4
#4: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 494 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.9 Å3/Da / 溶媒含有率: 35.26 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: Protein solution: 7.7 mg/mL, 0.25M Sodium chloride, 0.01M Tris-HCl (pH 8.3), Screen solution: PEG's II, condition D10, 0.2M Sodium acetate, 0.1M Tris (pH 8.5), 30% (w/v) PEG 4000, VAPOR ...詳細: Protein solution: 7.7 mg/mL, 0.25M Sodium chloride, 0.01M Tris-HCl (pH 8.3), Screen solution: PEG's II, condition D10, 0.2M Sodium acetate, 0.1M Tris (pH 8.5), 30% (w/v) PEG 4000, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 295K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-G / 波長: 0.97856 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2009年7月7日 / 詳細: Beryllium lenses
放射モノクロメーター: Diamond / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97856 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.6→30 Å / Num. all: 45804 / Num. obs: 45804 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.8 % / Biso Wilson estimate: 45.4 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.103 / Net I/σ(I): 12.6
反射 シェル解像度: 2.6→2.64 Å / 冗長度: 3.8 % / Rmerge(I) obs: 0.509 / Mean I/σ(I) obs: 2.7 / Num. unique all: 2277 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Blu-IceMaxデータ収集
PHASER位相決定
REFMAC5.5.0102精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1EJD

1ejd


解像度: 2.6→29.88 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.947 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.884 / SU B: 27.754 / SU ML: 0.268 / Isotropic thermal model: Individually Refined / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.373 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.25472 2299 5 %RANDOM
Rwork0.1798 ---
all0.1836 43242 --
obs0.1836 43242 99.96 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 32.778 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.7 Å2-0 Å20.45 Å2
2---0.02 Å2-0 Å2
3----0.44 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.6→29.88 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数12624 0 23 494 13141
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0070.02212934
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.028784
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.271.97617464
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.772321530
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg1.61251695
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg22.4724.473541
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg8.892152331
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg9.3421595
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0730.22031
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0030.02114509
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other00.022434
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.021.58349
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.3121.53476
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.937213394
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.29634585
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it5.5064.54070
Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Ens-ID: 1 / 数: 5103 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Auth asym-IDタイプRms dev position (Å)Weight position
Amedium positional0.620.5
Bmedium positional0.560.5
Cmedium positional0.530.5
Dmedium positional0.560.5
Amedium thermal0.462
Bmedium thermal0.492
Cmedium thermal0.462
Dmedium thermal0.452
LS精密化 シェル解像度: 2.6→2.667 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.346 160 -
Rwork0.249 3169 -
obs-3169 99.91 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.57030.4734-0.02912.52810.14052.4723-0.01590.1130.11470.04270.17060.0826-0.26040.0419-0.15470.0946-0.03010.0320.1086-0.00380.034420.132929.82712.3923
21.32570.0144-0.03771.8899-0.58662.37050.05110.0254-0.08430.07290.115-0.03440.16460.0733-0.16610.09020.0403-0.04160.0486-0.05660.111721.26992.268912.8784
32.6115-0.13730.08242.06320.26452.15360.05750.0688-0.1194-0.06680.0493-0.0130.1718-0.0279-0.10680.0424-0.0162-0.00250.03090.01510.035514.602423.680142.3679
42.4202-0.36980.52721.93-0.08142.2937-0.02240.14490.0201-0.10520.0152-0.0187-0.18750.09490.00710.0539-0.02140.01140.0162-0.00330.00419.751.15932.6317
52.8355-0.04290.37431.48720.0522.9458-0.12510.09090.1291-0.2340.0361-0.04010.0562-0.0610.0890.1006-0.0015-0.00190.03390.05470.1214-14.389147.391415.7637
63.4049-0.06260.061.7388-0.66351.7267-0.0035-0.33190.0077-0.0104-0.0076-0.02830.06260.04560.01110.03040.04440.01020.15290.01130.0222-21.436236.710342.4078
73.63960.05940.26581.59410.78982.1775-0.0365-0.2889-0.01870.166-0.0898-0.0410.0913-0.10650.12630.167-0.0291-0.00290.08480.06010.0817-15.78367.356520.5241
81.83630.0922-0.11362.0932-0.73843.080.0816-0.00720.1241-0.0033-0.1494-0.0144-0.10850.21430.06790.02520.00590.00270.04670.01460.0154-15.361718.1768-7.0374
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A1 - 19
2X-RAY DIFFRACTION1A232 - 419
3X-RAY DIFFRACTION2A20 - 231
4X-RAY DIFFRACTION3B1 - 19
5X-RAY DIFFRACTION3B232 - 419
6X-RAY DIFFRACTION4B20 - 231
7X-RAY DIFFRACTION5C1 - 19
8X-RAY DIFFRACTION5C232 - 419
9X-RAY DIFFRACTION6C20 - 231
10X-RAY DIFFRACTION7D1 - 19
11X-RAY DIFFRACTION7D232 - 419
12X-RAY DIFFRACTION8D20 - 231

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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