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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3s7g | ||||||
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タイトル | Aglycosylated human igg1 fc fragment | ||||||
要素 | Ig gamma-1 chain C region | ||||||
キーワード | IMMUNE SYSTEM (免疫系) / AGLYCOSYLATED (グリコシル化) / FC FRAGMENT (フラグメント結晶化可能領域) / ANTIBODY (抗体) / immunoglobulin (抗体) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 補体依存性細胞傷害 / 抗体依存性細胞傷害 / Fc-gamma receptor I complex binding / Classical antibody-mediated complement activation / Initial triggering of complement / immunoglobulin complex, circulating / IgG immunoglobulin complex / immunoglobulin receptor binding / FCGR activation / Role of phospholipids in phagocytosis ...補体依存性細胞傷害 / 抗体依存性細胞傷害 / Fc-gamma receptor I complex binding / Classical antibody-mediated complement activation / Initial triggering of complement / immunoglobulin complex, circulating / IgG immunoglobulin complex / immunoglobulin receptor binding / FCGR activation / Role of phospholipids in phagocytosis / complement activation, classical pathway / antigen binding / FCGR3A-mediated IL10 synthesis / Regulation of Complement cascade / FCGR3A-mediated phagocytosis / B cell receptor signaling pathway / Regulation of actin dynamics for phagocytic cup formation / antibacterial humoral response / Interleukin-4 and Interleukin-13 signaling / blood microparticle / 獲得免疫系 / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / 細胞膜 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.13 Å | ||||||
データ登録者 | Borrok, M.J. / Georgiou, G. | ||||||
引用 | ジャーナル: To be Published タイトル: Structural Analysis of an Aglycosylated Fc 著者: Borrok, M.J. / Georgiou, G. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 3s7g.cif.gz | 173.4 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb3s7g.ent.gz | 138.8 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 3s7g.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/s7/3s7g ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/s7/3s7g | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 3dnkS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCSドメイン:
NCSドメイン領域:
NCSアンサンブル:
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 25580.955 Da / 分子数: 4 / 断片: CH2 and CH3 regions, UNP RESIDUES 104-330 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: FC PORTION OF IGG1 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: IGHG1, IGHM / プラスミド: PTRC / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): DH10B / 参照: UniProt: P01857 #2: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.78 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.82 % |
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結晶化 | 温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 詳細: 10% PEG 1000, 20% PEG 6000, 0.1M MAGNESIUM CHLORIDE, 0.2M TRIS, PH 7.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, TEMPERATURE 295K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.2 / 波長: 1 |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2010年2月25日 |
放射 | モノクロメーター: DOUBLE CRYSTAL SILICON 111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 3.13→50 Å / Num. all: 19499 / Num. obs: 18883 / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 1.9 % / Biso Wilson estimate: 87.2 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.061 / Net I/σ(I): 12.6 |
反射 シェル | 解像度: 3.13→3.26 Å / 冗長度: 1.9 % / Rmerge(I) obs: 0.347 / Mean I/σ(I) obs: 2.8 / % possible all: 97.1 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB ENTRY 3DNK (CH2 AND CH3 DOMAINS USED SEPARATELY) 解像度: 3.13→45 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.911 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.879 / SU B: 35.961 / SU ML: 0.623 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.632 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 89.47 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 3.13→45 Å
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拘束条件 |
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Refine LS restraints NCS | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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