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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3s3c | ||||||
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タイトル | Structure of Thermus thermophilus cytochrome ba3 oxidase 360s after Xe depressurization | ||||||
要素 |
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キーワード | OXIDOREDUCTASE (酸化還元酵素) / xenon (キセノン) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 シトクロムcオキシダーゼ / 酸化的リン酸化 / cytochrome-c oxidase activity / respirasome / copper ion binding / heme binding / metal ion binding / 細胞膜 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Thermus thermophilus (サーマス・サーモフィルス) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 4 Å | ||||||
データ登録者 | Luna, V.M. / Fee, J.A. / Deniz, A.A. / Stout, C.D. | ||||||
引用 | ジャーナル: Biochemistry / 年: 2012 タイトル: Mobility of Xe atoms within the oxygen diffusion channel of cytochrome ba(3) oxidase. 著者: Luna, V.M. / Fee, J.A. / Deniz, A.A. / Stout, C.D. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 3s3c.cif.gz | 147.5 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb3s3c.ent.gz | 109.3 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 3s3c.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/s3/3s3c ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/s3/3s3c | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
-Cytochrome c oxidase subunit ... , 2種, 2分子 AB
#1: タンパク質 | 分子量: 63401.992 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Thermus thermophilus (サーマス・サーモフィルス) 株: HB8 / 遺伝子: cbaA, TTHA1135 / プラスミド: PMK18 発現宿主: Thermus thermophilus (サーマス・サーモフィルス) 株 (発現宿主): HB8 / 参照: UniProt: Q5SJ79, シトクロムcオキシダーゼ |
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#2: タンパク質 | 分子量: 18350.975 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Thermus thermophilus (サーマス・サーモフィルス) 株: HB8 / 遺伝子: cbaB, cbac, ctaC, TTHA1134 / プラスミド: PMK18 発現宿主: Thermus thermophilus (サーマス・サーモフィルス) 株 (発現宿主): HB8 / 参照: UniProt: Q5SJ80, シトクロムcオキシダーゼ |
-タンパク質・ペプチド , 1種, 1分子 C
#3: タンパク質・ペプチド | 分子量: 3638.407 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Thermus thermophilus (サーマス・サーモフィルス) 株: HB8 / 遺伝子: cbaD, TTHA1133 / プラスミド: PMK18 発現宿主: Thermus thermophilus (サーマス・サーモフィルス) 株 (発現宿主): HB8 / 参照: UniProt: P82543, シトクロムcオキシダーゼ |
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-非ポリマー , 5種, 7分子
#4: 化合物 | ChemComp-CU / | ||
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#5: 化合物 | ChemComp-HEM / | ||
#6: 化合物 | ChemComp-HAS / | ||
#7: 化合物 | #8: 化合物 | ChemComp-CUA / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.23 Å3/Da / 溶媒含有率: 61.79 % |
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結晶化 | 温度: 297 K / pH: 7 詳細: 12-17% PEG 2000, 0-200mM KCl, 15-60mM bis-Tris pH 7.0, 6.5mM nonyl-B-D-glucopyranoside, vapor diffusion, hanging drop, temperature 297K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL11-1 / 波長: 1.127 |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2009年12月11日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.127 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 4→95.85 Å / Num. obs: 10443 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 27.2 % / Rsym value: 0.135 / Net I/σ(I): 18.9 |
反射 シェル | 解像度: 4→4.22 Å / 冗長度: 27.9 % / Rmerge(I) obs: 0.438 / Mean I/σ(I) obs: 1.7 / Rsym value: 0.438 / % possible all: 100 |
-位相決定
位相決定 | 手法: 分子置換 | |||||||||
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Phasing MR |
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-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 1XME 解像度: 4→95.85 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.801 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.846 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.25 / SU B: 109.693 / SU ML: 1.395 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 1.189 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 96.37 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 4→95.85 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 4→4.1 Å / Total num. of bins used: 20
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