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- PDB-3bvd: Structure of Surface-engineered Cytochrome ba3 Oxidase from Therm... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3bvd
タイトルStructure of Surface-engineered Cytochrome ba3 Oxidase from Thermus thermophilus under Xenon Pressure, 100psi 5min
要素
  • (Cytochrome c oxidase subunit ...) x 2
  • Cytochrome c oxidase polypeptide 2A
キーワードOXIDOREDUCTASE / CYTOCHROME BA3 OXIDASE / HEME / INTEGRAL MEMBRANE PROTEIN / COPPER / ELECTRON TRANSPORT / HYDROGEN ION TRANSPORT / ION TRANSPORT / IRON / METAL-BINDING / RESPIRATORY CHAIN / TRANSMEMBRANE / TRANSPORT / FORMYLATION / XENON
機能・相同性
機能・相同性情報


cytochrome-c oxidase / oxidative phosphorylation / cytochrome-c oxidase activity / copper ion binding / heme binding / metal ion binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Cytochrome c oxidase polypeptide 2A / Cytochrome c oxidase polypeptide 2A, ba3 type / Cytochrome c oxidase subunit IIa family / Ba3-like heme-copper oxidase subunit I / Cytochrome C oxidase subunit IIa, transmembrane domain / Cytochrome C oxidase subunit II, transmembrane / Ba3-like heme-copper oxidase subunit II, C-terminal / : / Cytochrome C Oxidase; Chain A / Cytochrome c oxidase-like, subunit I domain ...Cytochrome c oxidase polypeptide 2A / Cytochrome c oxidase polypeptide 2A, ba3 type / Cytochrome c oxidase subunit IIa family / Ba3-like heme-copper oxidase subunit I / Cytochrome C oxidase subunit IIa, transmembrane domain / Cytochrome C oxidase subunit II, transmembrane / Ba3-like heme-copper oxidase subunit II, C-terminal / : / Cytochrome C Oxidase; Chain A / Cytochrome c oxidase-like, subunit I domain / Copper centre Cu(A) / CO II and nitrous oxide reductase dinuclear copper centers signature. / Cytochrome C oxidase subunit II, transmembrane domain superfamily / Cytochrome c oxidase, subunit I, copper-binding site / Heme-copper oxidase catalytic subunit, copper B binding region signature. / Cytochrome c oxidase-like, subunit I domain / Cytochrome oxidase subunit I profile. / Cytochrome C oxidase subunit II, periplasmic domain / Cytochrome c oxidase subunit I / Cytochrome c oxidase-like, subunit I superfamily / Cytochrome C and Quinol oxidase polypeptide I / Cytochrome c oxidase subunit II-like C-terminal / Cytochrome oxidase subunit II copper A binding domain profile. / Rhopdopsin 7-helix transmembrane proteins / Rhodopsin 7-helix transmembrane proteins / Cupredoxins - blue copper proteins / Cupredoxin / Up-down Bundle / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
COPPER (II) ION / DINUCLEAR COPPER ION / HEME-AS / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / XENON / Cytochrome c oxidase polypeptide 2A / Cytochrome c oxidase subunit 1 / Cytochrome c oxidase subunit 2
類似検索 - 構成要素
生物種Thermus thermophilus (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.37 Å
データ登録者Luna, V.M. / Chen, Y. / Fee, J.A. / Stout, C.D.
引用
ジャーナル: Biochemistry / 年: 2008
タイトル: Crystallographic Studies of Xe and Kr Binding within the Large Internal Cavity of Cytochrome ba3 from Thermus thermophilus: Structural Analysis and Role of Oxygen Transport Channels in the Heme-Cu Oxidases.
著者: Luna, V.M. / Chen, Y. / Fee, J.A. / Stout, C.D.
#1: ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.F / 年: 2007
タイトル: An unexpected outcome of surface engineering an integral membrane protein: improved crystallization of cytochrome ba3 from Thermus thermophilus
著者: Liu, B. / Luna, V.M. / Chen, Y. / Stout, C.D. / Fee, J.A.
#2: ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2005
タイトル: A novel cryoprotection scheme for enchancing the diffraction of crystals of recombinant cytochrome ba3 oxidase from Thermus thermophilus
著者: Hunsicker-Wang, L.M. / Pacoma, R.L. / Chen, Y. / Fee, J.A. / Stout, C.D.
履歴
登録2008年1月7日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02008年5月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22017年10月25日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.32021年10月20日Group: Database references / Derived calculations / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42023年8月30日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Cytochrome c oxidase subunit 1
B: Cytochrome c oxidase subunit 2
C: Cytochrome c oxidase polypeptide 2A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)88,42714
ポリマ－85,7803
非ポリマー2,64711
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area14360 Å2
ΔGint-149.8 kcal/mol
Surface area25190 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)119.726, 119.726, 153.535
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number92
Space group name H-MP41212

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要素

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Cytochrome c oxidase subunit ... , 2種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Cytochrome c oxidase subunit 1 / Cytochrome c oxidase polypeptide I / Cytochrome c ba3 / subunit I / Cytochrome cba3 subunit 1


分子量: 63430.008 Da / 分子数: 1 / 変異: K258R / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Thermus thermophilus (バクテリア)
株: HB8 / 遺伝子: cbaA / プラスミド: PMK18 / 発現宿主: Thermus thermophilus (バクテリア) / 株 (発現宿主): HB8 / 参照: UniProt: Q5SJ79, cytochrome-c oxidase
#2: タンパク質 Cytochrome c oxidase subunit 2 / Cytochrome c oxidase polypeptide II / Cytochrome c ba3 / subunit II / Cytochrome cba3 subunit 2


分子量: 18580.314 Da / 分子数: 1 / 変異: E4Q / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Thermus thermophilus (バクテリア)
株: HB8 / 遺伝子: cbaB, ctaC / プラスミド: PMK18 / 発現宿主: Thermus thermophilus (バクテリア) / 株 (発現宿主): HB8 / 参照: UniProt: Q5SJ80, cytochrome-c oxidase

-
タンパク質・ペプチド , 1種, 1分子 C

#3: タンパク質・ペプチド Cytochrome c oxidase polypeptide 2A / Cytochrome c oxidase polypeptide IIA / Cytochrome c ba3 / subunit IIA / Cytochrome cba3 subunit 2A


分子量: 3769.602 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Thermus thermophilus (バクテリア)
株: HB8 / 遺伝子: cbaD / プラスミド: PMK18 / 発現宿主: Thermus thermophilus (バクテリア) / 株 (発現宿主): HB8 / 参照: UniProt: P82543, cytochrome-c oxidase

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非ポリマー , 5種, 11分子

#4: 化合物 ChemComp-CU / COPPER (II) ION


分子量: 63.546 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cu
#5: 化合物 ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME


分子量: 616.487 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H32FeN4O4
#6: 化合物 ChemComp-HAS / HEME-AS


分子量: 920.954 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C54H64FeN4O6
#7: 化合物
ChemComp-XE / XENON / キセノン


分子量: 131.293 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: Xe
#8: 化合物 ChemComp-CUA / DINUCLEAR COPPER ION


分子量: 127.092 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cu2

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.21 Å3/Da / 溶媒含有率: 61.65 %
結晶化温度: 297 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 7
詳細: 6-9% PEG 2000, 50mM KCl, 7.5-30mM bis-Tris pH 7.0, 6.5mM nonyl-B-D-glucopyranoside , VAPOR DIFFUSION, temperature 297K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL9-1 / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2007年2月2日
詳細: Vertical focusing mirror; single crystal Si(311) bent monochromator (horizontal focusing)
放射モノクロメーター: Side-scattering cuberoot I-beam bent single crystal; asymmetric cut 12.2 degs.
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.37→27.16 Å / Num. all: 16390 / Num. obs: 16341 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4.5 % / Biso Wilson estimate: 108.222 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.068 / Net I/σ(I): 8.1
反射 シェル解像度: 3.37→3.55 Å / 冗長度: 4.8 % / Rmerge(I) obs: 0.463 / Mean I/σ(I) obs: 1.8 / Num. unique all: 2339 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0019精密化
Blu-Iceデータ収集
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
MOLREP位相決定
REFMAC5.2.0019位相決定
CNS位相決定
Cootモデル構築
CNS精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1XME

1xme


解像度: 3.37→26.96 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.891 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.826 / SU B: 38.25 / SU ML: 0.624 / Isotropic thermal model: Overall / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.712 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.3355 823 5.1 %RANDOM
Rwork0.2922 ---
all-16297 --
obs-16329 99.84 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 85.48 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.04 Å20 Å20 Å2
2---0.04 Å20 Å2
3---0.07 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.37→26.96 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5907 0 118 0 6025
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0090.0226230
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3041.9898563
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.3235746
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.12522.241232
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg19.27115898
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.6761528
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.080.2952
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0030.024734
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2070.23418
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3110.24246
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1270.2170
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined0.2110.22
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2770.238
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.0990.22
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 3.37→3.58 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.442 147 -
Rwork0.349 2513 -
obs-1106 100 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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