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- PDB-3rh7: Crystal structure of a putative oxidoreductase (SMa0793) from Sin... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3rh7
タイトルCrystal structure of a putative oxidoreductase (SMa0793) from Sinorhizobium meliloti 1021 at 3.00 A resolution
要素Hypothetical oxidoreductase
キーワードOXIDOREDUCTASE (酸化還元酵素) / FMN-binding split barrel / Nudix / Structural Genomics (構造ゲノミクス) / Joint Center for Structural Genomics / JCSG / Protein Structure Initiative / PSI-biology
機能・相同性
機能・相同性情報


酸化還元酵素; CH-NH結合に対し酸化酵素として働く; NAD又はNADPを用いる / FMN binding / oxidoreductase activity
類似検索 - 分子機能
Flavin reductase like domain / Flavin reductase like domain / Flavin reductase like domain / Electron Transport, Fmn-binding Protein; Chain A / Pnp Oxidase; Chain A / FMN-binding split barrel / Nucleoside Triphosphate Pyrophosphohydrolase / Nucleoside Triphosphate Pyrophosphohydrolase / Roll / Alpha-Beta Complex ...Flavin reductase like domain / Flavin reductase like domain / Flavin reductase like domain / Electron Transport, Fmn-binding Protein; Chain A / Pnp Oxidase; Chain A / FMN-binding split barrel / Nucleoside Triphosphate Pyrophosphohydrolase / Nucleoside Triphosphate Pyrophosphohydrolase / Roll / Alpha-Beta Complex / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
フラビンモノヌクレオチド / Probable flavin reductase
類似検索 - 構成要素
生物種Sinorhizobium meliloti (根粒菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 3 Å
データ登録者Joint Center for Structural Genomics (JCSG)
引用ジャーナル: To be published
タイトル: Crystal structure of a Hypothetical oxidoreductase (SMa0793) from SINORHIZOBIUM MELILOTI 1021 at 3.00 A resolution
著者: Joint Center for Structural Genomics (JCSG)
履歴
登録2011年4月11日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年6月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月20日Group: Structure summary
改定 1.32011年11月16日Group: Structure summary
改定 1.42014年12月24日Group: Structure summary
改定 1.52017年11月8日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.62023年2月1日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / struct_conn ...database_2 / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Hypothetical oxidoreductase
B: Hypothetical oxidoreductase
C: Hypothetical oxidoreductase
D: Hypothetical oxidoreductase
E: Hypothetical oxidoreductase
F: Hypothetical oxidoreductase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)207,40710
ポリマ－205,5816
非ポリマー1,8254
水0
1
A: Hypothetical oxidoreductase
B: Hypothetical oxidoreductase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)68,9833
ポリマ－68,5272
非ポリマー4561
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6980 Å2
ΔGint-67 kcal/mol
Surface area23030 Å2
手法PISA
2
C: Hypothetical oxidoreductase
D: Hypothetical oxidoreductase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)69,4404
ポリマ－68,5272
非ポリマー9132
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7800 Å2
ΔGint-73 kcal/mol
Surface area22250 Å2
手法PISA
3
E: Hypothetical oxidoreductase
F: Hypothetical oxidoreductase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)68,9833
ポリマ－68,5272
非ポリマー4561
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7020 Å2
ΔGint-67 kcal/mol
Surface area22940 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)91.920, 99.735, 234.302
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質
Hypothetical oxidoreductase


分子量: 34263.555 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Sinorhizobium meliloti (根粒菌) / 株: 1021 / 遺伝子: RA0429, SMa0793 / プラスミド: SpeedET / 発現宿主: Escherichia Coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): HK100 / 参照: UniProt: Q92ZM6
#2: 化合物
ChemComp-FMN / FLAVIN MONONUCLEOTIDE / RIBOFLAVIN MONOPHOSPHATE / FMN / フラビンモノヌクレオチド


分子量: 456.344 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C17H21N4O9P
配列の詳細THE CONSTRUCT WAS EXPRESSED WITH AN N-TERMINAL PURIFICATION TAG MGSDKIHHHHHHENLYFQG. THE TAG WAS ...THE CONSTRUCT WAS EXPRESSED WITH AN N-TERMINAL PURIFICATION TAG MGSDKIHHHHHHENLYFQG. THE TAG WAS REMOVED WITH TEV PROTEASE LEAVING ONLY A GLYCINE (-9), FOLLOWED BY THE TARGET SEQUENCE. CLONING WAS BASED ON VERSION 1 OF THE SMA0793 GENE FROM SINORHIZOBIUM MELILOTI 1021 (UNIPROTKB Q92ZM6 VERSION 1 / REFSEQ NP_435675.1) AND THE EXPRESSED CONSTRUCT CONTAINS NINE RESIDUES (-8)MADFQGETE(0) AT THE N-TERMINUS NOT PRESENT IN THE CURRENT PREDICTED GENE PRODUCT (VERSION 2 OF UNIPROTKB Q92ZM6 / REFSEQ NP_435675.2).

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.61 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.91 %
解説: DATA WERE SCALED USING XSCALE WITH FRIEDEL PAIRS KEPT AS SEPARATE WHEN COMPUTING R MERGE, COMPLETENESS AND
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.8
詳細: 0.2M LiAcetate, 20.0% PEG-3350, No Buffer pH 7.8, NANODROP, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL12-2 / 波長: 0.9796,0.9611,0.9794
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2011年2月5日
詳細: Rhodium-coated vertical and horizontal focusing mirrors; liquid-nitrogen cooled double crystal Si(111) monochromator
放射モノクロメーター: double crystal Si(111) / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.97961
20.96111
30.97941
反射解像度: 3→29.759 Å / Num. obs: 42960 / % possible obs: 94.3 % / Observed criterion σ(I): -3 / Biso Wilson estimate: 78.394 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.069 / Net I/σ(I): 10.57
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)最高解像度 (Å)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. unique obs% possible all
3-3.110.5151.514588799593.3
3.11-3.230.3812.114100771696
3.23-3.380.265314480807394.9
3.38-3.550.1864.213015747993.8
3.55-3.780.1335.915330834597.1
3.78-4.060.0858.714168761594.9
4.06-4.470.05213.514321785793.1
4.47-5.110.0391714435793395
5.11-6.40.0417.614474777894
6.40.01832.314497788591.4

-
位相決定

位相決定手法: 多波長異常分散

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
MolProbity3beta29モデル構築
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
SHELX位相決定
SHARP位相決定
XSCALEDecember 6, 2010データスケーリング
BUSTER-TNT2.8.0精密化
XDSデータ削減
SHELXD位相決定
BUSTER2.8.0精密化
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 3→29.759 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.9305 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.9062 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
詳細: 1. A MET-INHIBITION PROTOCOL WAS USED FOR SELENOMETHIONINE INCORPORATION DURING PROTEIN EXPRESSION. THE OCCUPANCY OF THE SE ATOMS IN THE MSE RESIDUES WAS REDUCED TO 0.75 FOR THE REDUCED ...詳細: 1. A MET-INHIBITION PROTOCOL WAS USED FOR SELENOMETHIONINE INCORPORATION DURING PROTEIN EXPRESSION. THE OCCUPANCY OF THE SE ATOMS IN THE MSE RESIDUES WAS REDUCED TO 0.75 FOR THE REDUCED SCATTERING POWER DUE TO PARTIAL S-MET INCORPORATION. 2. ATOM RECORD CONTAINS SUM OF TLS AND RESIDUAL B FACTORS. ANISOU RECORD CONTAINS SUM OF TLS AND RESIDUAL U FACTORS. 3. FMN WAS MODELED IN FOUR SUBUNITS BASED ON THE DENSITY AND COMPARISON WITH RELATED STRUCTURES. THERE IS SOME UNMODELLED DENSITY NEAR THE MODELED FMN. FMN MAY BE PARTIALLY PRESENT IN THE OTHER TWO SUBUNITS (B/E), BUT IT WAS NOT MODELED. FMN MODELED COULD REPRESENT (ORDERED) PART OF FAD AS SEEN IN OTHER HOMOLOGS. 4. NCS RESTRAINTS WERE APPLIED USING BUSTERS LSSR RESTRAINT REPRESENTATION (-AUTONCS).
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2265 2158 5.03 %RANDOM
Rwork0.1867 ---
obs0.1887 42920 --
原子変位パラメータBiso max: 188.26 Å2 / Biso mean: 79.5308 Å2 / Biso min: 25.68 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-12.6177 Å20 Å20 Å2
2---21.4773 Å20 Å2
3---8.8596 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3→29.759 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数12763 0 124 0 12887
拘束条件
Refine-IDタイプ数Restraint functionWeightDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d5904SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes338HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes2073HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it13147HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion16HARMONIC0
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion1741SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact14958SEMIHARMONIC4
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d13147HARMONIC20.01
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg17906HARMONIC21.17
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion3.07
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion2.83
LS精密化 シェル解像度: 3→3.08 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3034 145 4.73 %
Rwork0.2524 2921 -
all0.2548 3066 -
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.9493-0.2131-0.10372.0077-0.35011.06810.01690.1223-0.086-0.0911-0.06530.2350.3795-0.32750.0485-0.1242-0.04950.0060.20050.0008-0.177161.439921.614497.972
21.36060.6913-0.63461.3318-0.45691.81730.0581-0.2573-0.01260.2477-0.0893-0.13960.09770.11510.0312-0.11140.0353-0.01930.13850.0421-0.131978.17829.9177108.315
31.4141-0.3695-0.55351.3772-0.17873.1094-0.2461-0.0677-0.30150.31920.190.40710.5869-0.21190.0561-0.04240.03180.0889-0.0865-0.047-0.073674.8461-10.037256.9994
41.1923-0.3493-1.18311.31140.71172.97850.0398-0.37950.17470.35040.3283-0.2268-0.13420.6917-0.3681-0.0944-0.0019-0.02790.087-0.1716-0.091691.86063.011158.1388
51.17920.15370.09052.48340.41150.7076-0.0526-0.08490.5377-0.0873-0.0818-0.2187-0.35650.29880.1344-0.1462-0.0548-0.0723-0.039-0.04170.147148.1124-23.449893.1398
61.60610.60580.60122.14960.56332.2330.0368-0.49640.53590.61760.03830.163-0.2821-0.33-0.0751-0.1190.11810.05290.0358-0.22830.028131.3565-28.8511105.037
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1{ A|8 - 321 }A8 - 321
2X-RAY DIFFRACTION2{ B|14 - 299 }B14 - 299
3X-RAY DIFFRACTION3{ C|14 - 321 }C14 - 321
4X-RAY DIFFRACTION4{ D|14 - 321 }D14 - 321
5X-RAY DIFFRACTION6{ F|14 - 321 }F14 - 321

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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