[日本語] English
万見
- PDB-3r6s: Crystal structure of GlxR transcription factor from Corynebacteri... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3r6s
タイトルCrystal structure of GlxR transcription factor from Corynebacterium glutamicum with cAMP
要素transcription regulatorTranscriptional regulation
キーワードTRANSCRIPTION (転写 (生物学)) / N-terminal cAMP-binding domain / C-terminal HTH-motif / Transcription factor (転写因子) / Homodimer
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of glyoxylate cycle / DNA-binding transcription repressor activity / DNA-binding transcription activator activity / cAMP binding / デオキシリボ核酸 / kinase activity / transcription cis-regulatory region binding / リン酸化 / regulation of DNA-templated transcription / DNA binding
類似検索 - 分子機能
helix_turn_helix, cAMP Regulatory protein / Crp-type HTH domain profile. / Crp-like helix-turn-helix domain / Crp-type HTH domain / Cyclic nucleotide-monophosphate binding domain / Cyclic nucleotide-binding domain / cAMP/cGMP binding motif profile. / Cyclic nucleotide-binding domain / Cyclic nucleotide-binding domain superfamily / Jelly Rolls ...helix_turn_helix, cAMP Regulatory protein / Crp-type HTH domain profile. / Crp-like helix-turn-helix domain / Crp-type HTH domain / Cyclic nucleotide-monophosphate binding domain / Cyclic nucleotide-binding domain / cAMP/cGMP binding motif profile. / Cyclic nucleotide-binding domain / Cyclic nucleotide-binding domain superfamily / Jelly Rolls / RmlC-like jelly roll fold / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily/Winged helix DNA-binding domain / Arc Repressor Mutant, subunit A / Winged helix DNA-binding domain superfamily / Jelly Rolls / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily / サンドイッチ / Orthogonal Bundle / Mainly Beta / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE-3',5'-CYCLIC-MONOPHOSPHATE / HEXANE-1,6-DIOL / CRP-like cAMP-activated global transcriptional regulator
類似検索 - 構成要素
生物種Corynebacterium glutamicum (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.38 Å
データ登録者Jungwirth, B. / Pojer, F.
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structure of GlxR transcription factor from Corynebacterium glutamicum with cAMP
著者: Jungwirth, B. / Pojer, F.
履歴
登録2011年3月22日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年3月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年9月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: transcription regulator
B: transcription regulator
C: transcription regulator
D: transcription regulator
E: transcription regulator
F: transcription regulator
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)165,48115
ポリマ－163,1526
非ポリマー2,3309
水2,900161
1
A: transcription regulator
C: transcription regulator
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)55,1605
ポリマ－54,3842
非ポリマー7773
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5280 Å2
ΔGint-23 kcal/mol
Surface area19910 Å2
手法PISA
2
B: transcription regulator
ヘテロ分子

B: transcription regulator
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)55,0424
ポリマ－54,3842
非ポリマー6582
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation5_554x-y,-y,-z-1/31
Buried area5420 Å2
ΔGint-21 kcal/mol
Surface area20010 Å2
手法PISA
3
D: transcription regulator
E: transcription regulator
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)55,1605
ポリマ－54,3842
非ポリマー7773
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4830 Å2
ΔGint-19 kcal/mol
Surface area20550 Å2
手法PISA
4
F: transcription regulator
ヘテロ分子

F: transcription regulator
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)55,2796
ポリマ－54,3842
非ポリマー8954
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation6_554-x,-x+y,-z-2/31
Buried area4090 Å2
ΔGint-20 kcal/mol
Surface area20760 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)111.248, 111.248, 186.951
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number152
Space group name H-MP3121

-
要素

#1: タンパク質
transcription regulator / Transcriptional regulation / TRANSCRIPTIONAL REGULATOR / CRP/FNR FAMILY / cAMP-binding domains-Catabolite gene activator and ...TRANSCRIPTIONAL REGULATOR / CRP/FNR FAMILY / cAMP-binding domains-Catabolite gene activator and regulatory subunit of cAMP-dependent protein kinases


分子量: 27191.928 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: Novagen
由来: (組換発現) Corynebacterium glutamicum (バクテリア)
株: ATCC13032 / 遺伝子: cg0350, cg0350 (glxR), Cgl0291 / プラスミド: pET-28a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): JM109(DE3) / 参照: UniProt: Q79VI7
#2: 化合物
ChemComp-CMP / ADENOSINE-3',5'-CYCLIC-MONOPHOSPHATE / CYCLIC AMP / CAMP / cAMP / 環状アデノシン一リン酸


分子量: 329.206 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H12N5O6P
#3: 化合物 ChemComp-HEZ / HEXANE-1,6-DIOL / 1,6-ヘキサンジオ-ル / 1,6-Hexanediol


分子量: 118.174 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O2
#4: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 161 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.05 Å3/Da / 溶媒含有率: 39.91 %
結晶化温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 0.1 M Morpheus buffer 3 (Tris; Bicine), 30% Morpheus GOL_P4K (Glycerol, PEG4K), Morpheus Alcohols Mix at 0.12 M, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293.15K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06DA / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2010年9月29日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.38→67.09 Å / Num. obs: 53828 / % possible obs: 99.1 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 5.7 %
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Mean I/σ(I) obsNum. unique allDiffraction-ID% possible all
2.38-2.535.12.5515910194.8
2.53-2.75.53.65156591100
2.7-2.925.75.89146811100
2.92-3.25.910.26134681100
3.2-3.575.917.87121711100
3.57-4.125.929.77107031100
4.12-5.055.841.8991071100

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDSデータスケーリング
PHASER位相決定
REFMAC5.5.0109精密化
XDSデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 3I54

3i54


解像度: 2.38→67.09 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.94 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.893 / SU B: 10.109 / SU ML: 0.243 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.321 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.28786 2742 5.1 %RANDOM
Rwork0.21015 ---
obs0.21415 51087 99.37 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 42.563 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.01 Å20 Å20 Å2
2--0.01 Å20 Å2
3----0.01 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.38→67.09 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数10387 0 156 161 10704
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0160.02210767
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.7191.97614614
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.61951350
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.71522.655501
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg19.128151816
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.52115132
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1070.21700
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.0218106
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.8121.56688
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.515210757
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.41234079
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.9214.53851
LS精密化 シェル解像度: 2.383→2.444 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.302 168 -
Rwork0.229 3410 -
obs--91.39 %

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る