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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3r6j | ||||||
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タイトル | Crystal Structure of the Capsid P Domain from Norwalk Virus Strain Hiroshima/1999 | ||||||
要素 | VP1 protein | ||||||
キーワード | VIRAL PROTEIN (ウイルスタンパク質) / Norovirus (ノロウイルス) / P-Domain / Capsid (カプシド) / Receptor / Histo Blood Group Antigen (HBGA) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 Positive stranded ssRNA viruses / Nucleoplasmin-like/VP (viral coat and capsid proteins) / Positive stranded ssRNA viruses / Calicivirus coat protein C-terminal / Calicivirus coat protein C-terminal / Calicivirus coat protein / Calicivirus coat protein / Elongation Factor Tu (Ef-tu); domain 3 / Picornavirus/Calicivirus coat protein / Viral coat protein subunit ...Positive stranded ssRNA viruses / Nucleoplasmin-like/VP (viral coat and capsid proteins) / Positive stranded ssRNA viruses / Calicivirus coat protein C-terminal / Calicivirus coat protein C-terminal / Calicivirus coat protein / Calicivirus coat protein / Elongation Factor Tu (Ef-tu); domain 3 / Picornavirus/Calicivirus coat protein / Viral coat protein subunit / Βバレル / Mainly Beta 類似検索 - ドメイン・相同性 | ||||||
生物種 | Norwalk-like virus (ウイルス) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.75 Å | ||||||
データ登録者 | Hansman, G.S. / Biertumpfel, C. / McLellan, J.S. / Georgiev, I. / Chen, L. / Zhou, T. / Katayama, K. / Kwong, P.D. | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Virol. / 年: 2011 タイトル: Crystal structures of GII.10 and GII.12 norovirus protruding domains in complex with histo-blood group antigens reveal details for a potential site of vulnerability. 著者: Hansman, G.S. / Biertumpfel, C. / Georgiev, I. / McLellan, J.S. / Chen, L. / Zhou, T. / Katayama, K. / Kwong, P.D. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 3r6j.cif.gz | 134.7 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb3r6j.ent.gz | 105.1 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 3r6j.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/r6/3r6j ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/r6/3r6j | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 33414.504 Da / 分子数: 1 / 断片: unp residues 225-525 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Norwalk-like virus (ウイルス) / 株: Hiroshima/1999/JP / 遺伝子: Capsid protein / プラスミド: MBP-HTSHP / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q54AD6 |
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#2: 化合物 | ChemComp-EDO / |
#3: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.1 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.56 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 0.1 M Imidazole, 8.25% (w/v) PEG 8000, 1% (v/v) MPD, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 95 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-BM / 波長: 1 Å |
検出器 | タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2010年4月18日 |
放射 | モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.75→24.78 Å / Num. obs: 28503 / % possible obs: 98.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 5.1 % / Biso Wilson estimate: 31.38 Å2 / Rsym value: 0.05 / Net I/σ(I): 28 |
反射 シェル | 解像度: 1.75→1.81 Å / 冗長度: 3.9 % / Mean I/σ(I) obs: 2.45 / Num. unique all: 2605 / Rsym value: 0.449 / % possible all: 92 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB ENTRY 3ONU 解像度: 1.75→24.78 Å / SU ML: 0.19 / Isotropic thermal model: Isotropic, TLS / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 位相誤差: 20.87 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.72 Å / VDWプローブ半径: 1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 60 Å2 / ksol: 0.373 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.75→24.78 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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