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- PDB-3qwn: Crystal structure of a NigD-like immunity protein (BACCAC_03262) ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3qwn
タイトルCrystal structure of a NigD-like immunity protein (BACCAC_03262) from Bacteroides caccae ATCC 43185 at 2.42 A resolution
要素Hypothetical nigD-like protein
キーワードANTITOXIN (抗毒素) / SH3-like barrel fold / Structural Genomics (構造ゲノミクス) / Joint Center for Structural Genomics / JCSG / Protein Structure Initiative / PSI-biology
機能・相同性
機能・相同性情報


NigD-like, C-terminal beta sandwich domain / NigD-like N-terminal OB domain / NigD-like, C-terminal beta sandwich domain / NigD-like, C-terminal domain superfamily / NigD-like N-terminal OB domain / NigD-like C-terminal beta sandwich domain / NigD-like N-terminal OB domain / NigD-like, N-terminal domain superfamily / OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) / Immunoglobulin-like ...NigD-like, C-terminal beta sandwich domain / NigD-like N-terminal OB domain / NigD-like, C-terminal beta sandwich domain / NigD-like, C-terminal domain superfamily / NigD-like N-terminal OB domain / NigD-like C-terminal beta sandwich domain / NigD-like N-terminal OB domain / NigD-like, N-terminal domain superfamily / OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) / Immunoglobulin-like / Βバレル / サンドイッチ / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Uncharacterized protein
類似検索 - 構成要素
生物種Bacteroides caccae (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2.42 Å
データ登録者Joint Center for Structural Genomics (JCSG)
引用ジャーナル: To be published
タイトル: Crystal structure of a Hypothetical nigD-like protein (BACCAC_03262) from Bacteroides caccae at 2.42 A resolution
著者: Joint Center for Structural Genomics (JCSG)
履歴
登録2011年2月28日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年3月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22014年12月24日Group: Structure summary
改定 1.32017年10月25日Group: Author supporting evidence / Refinement description / カテゴリ: pdbx_struct_assembly_auth_evidence / software / Item: _software.classification / _software.name
改定 1.42023年2月1日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / struct_conn ...database_2 / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Hypothetical nigD-like protein
B: Hypothetical nigD-like protein
C: Hypothetical nigD-like protein
D: Hypothetical nigD-like protein
E: Hypothetical nigD-like protein
F: Hypothetical nigD-like protein
G: Hypothetical nigD-like protein
H: Hypothetical nigD-like protein
I: Hypothetical nigD-like protein
J: Hypothetical nigD-like protein
K: Hypothetical nigD-like protein
L: Hypothetical nigD-like protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)289,44956
ポリマ-287,80912
非ポリマー1,64044
22,0141222
1
A: Hypothetical nigD-like protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,1265
ポリマ-23,9841
非ポリマー1424
181
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Hypothetical nigD-like protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,1265
ポリマ-23,9841
非ポリマー1424
181
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
3
C: Hypothetical nigD-like protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,0553
ポリマ-23,9841
非ポリマー712
181
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
4
D: Hypothetical nigD-like protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,2598
ポリマ-23,9841
非ポリマー2757
181
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
5
E: Hypothetical nigD-like protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,1616
ポリマ-23,9841
非ポリマー1775
181
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
6
F: Hypothetical nigD-like protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,0553
ポリマ-23,9841
非ポリマー712
181
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
7
G: Hypothetical nigD-like protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,1616
ポリマ-23,9841
非ポリマー1775
181
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
8
H: Hypothetical nigD-like protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,0553
ポリマ-23,9841
非ポリマー712
181
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
9
I: Hypothetical nigD-like protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,1525
ポリマ-23,9841
非ポリマー1684
181
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
10
J: Hypothetical nigD-like protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,0904
ポリマ-23,9841
非ポリマー1063
181
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
11
K: Hypothetical nigD-like protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,0904
ポリマ-23,9841
非ポリマー1063
181
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
12
L: Hypothetical nigD-like protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,1174
ポリマ-23,9841
非ポリマー1333
181
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
13
A: Hypothetical nigD-like protein
D: Hypothetical nigD-like protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,38513
ポリマ-47,9682
非ポリマー41711
362
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3040 Å2
ΔGint-91 kcal/mol
Surface area20630 Å2
手法PISA
14
B: Hypothetical nigD-like protein
C: Hypothetical nigD-like protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,1818
ポリマ-47,9682
非ポリマー2136
362
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2650 Å2
ΔGint-71 kcal/mol
Surface area20500 Å2
手法PISA
15
E: Hypothetical nigD-like protein
H: Hypothetical nigD-like protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,2169
ポリマ-47,9682
非ポリマー2487
362
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2620 Å2
ΔGint-75 kcal/mol
Surface area20490 Å2
手法PISA
16
F: Hypothetical nigD-like protein
G: Hypothetical nigD-like protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,2169
ポリマ-47,9682
非ポリマー2487
362
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2640 Å2
ΔGint-75 kcal/mol
Surface area20870 Å2
手法PISA
17
I: Hypothetical nigD-like protein
L: Hypothetical nigD-like protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,2709
ポリマ-47,9682
非ポリマー3017
362
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2690 Å2
ΔGint-51 kcal/mol
Surface area20420 Å2
手法PISA
18
J: Hypothetical nigD-like protein
K: Hypothetical nigD-like protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,1818
ポリマ-47,9682
非ポリマー2136
362
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2610 Å2
ΔGint-69 kcal/mol
Surface area20630 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)132.310, 132.310, 163.350
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number144
Space group name H-MP31
詳細LIGHT SCATTERING SUPPORTS THE ASSIGNMENT OF A MONOMER AS A SIGNIFICANT OLIGOMERIZATION STATE IN SOLUTION.

-
要素

#1: タンパク質
Hypothetical nigD-like protein


分子量: 23984.062 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bacteroides caccae (バクテリア) / 遺伝子: BACCAC_03262 / プラスミド: SpeedET / 発現宿主: Escherichia Coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): HK100 / 参照: UniProt: A5ZK25
#2: 化合物...
ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド / 塩化物


分子量: 35.453 Da / 分子数: 41 / 由来タイプ: 合成 / : Cl
#3: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル / エチレングリコール


分子量: 62.068 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / : C2H6O2
#4: 水 ChemComp-HOH / water /


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1222 / 由来タイプ: 天然 / : H2O
配列の詳細THE CONSTRUCT (RESIDUES 23-235) WAS EXPRESSED WITH A PURIFICATION TAG MGSDKIHHHHHHENLYFQG. THE TAG ...THE CONSTRUCT (RESIDUES 23-235) WAS EXPRESSED WITH A PURIFICATION TAG MGSDKIHHHHHHENLYFQG. THE TAG WAS REMOVED WITH TEV PROTEASE LEAVING ONLY A GLYCINE (0) FOLLOWED BY THE TARGET SEQUENCE.

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.87 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.12 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.3
詳細: 30.0% polyethylene glycol 3350, 0.2M di-sodium hydrogen phosphate, 0.1M HEPES pH 7.3, NANODROP, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL9-2 / 波長: 0.97901,0.97920,0.91837,0.97908
検出器タイプ: MARMOSAIC 325 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2010年7月22日 / 詳細: double crystal monochromator
放射モノクロメーター: double crystal / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.979011
20.97921
30.918371
40.979081
反射解像度: 2.42→29.712 Å / Num. all: 121998 / Num. obs: 121998 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 4.3 % / Rsym value: 0.096 / Net I/σ(I): 9.8
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured allNum. unique allRsym value% possible all
2.42-2.484.20.77913829990580.779100
2.48-2.554.20.6361.23739088240.636100
2.55-2.624.20.511.53610985330.51100
2.62-2.714.20.4031.93535083360.403100
2.71-2.794.20.3292.33404880220.329100
2.79-2.894.20.2682.83303377730.268100
2.89-34.30.2043.73226575830.204100
3-3.124.30.1774.33067071990.177100
3.12-3.264.30.1315.72953769160.131100
3.26-3.424.30.0997.32836566560.099100
3.42-3.614.30.0887.92701763270.088100
3.61-3.834.30.0778.82535759360.077100
3.83-4.094.30.06510.22412856310.065100
4.09-4.424.30.05611.52233452100.056100
4.42-4.844.30.0512.92048747800.05100
4.84-5.414.30.05411.61870143580.054100
5.41-6.254.30.06310.61640238210.063100
6.25-7.654.30.0689.31384832230.068100
7.65-10.824.30.052101072925060.052100
10.82-29.7124.20.04310.7550913060.04395.4

-
位相決定

位相決定手法: 多波長異常分散

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
MolProbity3beta29モデル構築
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
SOLVE位相決定
SCALA3.3.15データスケーリング
BUSTER-TNT2.8.0精密化
MOSFLMデータ削減
BUSTER2.8.0精密化
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2.42→29.712 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.9393 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.9259 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
詳細: 1. A MET-INHIBITION PROTOCOL WAS USED FOR SELENOMETHIONINE INCORPORATION DURING PROTEIN EXPRESSION. THE OCCUPANCY OF THE SE ATOMS IN THE MSE RESIDUES WAS REDUCED TO 0.75 FOR THE REDUCED ...詳細: 1. A MET-INHIBITION PROTOCOL WAS USED FOR SELENOMETHIONINE INCORPORATION DURING PROTEIN EXPRESSION. THE OCCUPANCY OF THE SE ATOMS IN THE MSE RESIDUES WAS REDUCED TO 0.75 FOR THE REDUCED SCATTERING POWER DUE TO PARTIAL S-MET INCORPORATION. 2. ATOM RECORD CONTAINS SUM OF TLS AND RESIDUAL B FACTORS. ANISOU RECORD CONTAINS SUM OF TLS AND RESIDUAL U FACTORS. 3. WATERS WERE EXCLUDED FROM AUTOMATIC TLS ASSIGNMENT. 4. CHLORIDE (CL) AND ETHYLENE GLYCOL (EDO) MODELED ARE PRESENT PROTEIN BUFFER. 5. NCS RESTRAINTS WERE APPLIED USING BUSTER'S LSSR RESTRAINT REPRESENTATION (-AUTONCS).
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2131 6123 5.02 %RANDOM
Rwork0.1754 ---
obs0.1773 121938 --
原子変位パラメータBiso max: 191.72 Å2 / Biso mean: 59.0428 Å2 / Biso min: 18.68 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--5.8298 Å20 Å20 Å2
2---5.8298 Å20 Å2
3---11.6597 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.42→29.712 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数18959 0 53 1222 20234
拘束条件
Refine-IDタイプRestraint functionWeightDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d8681SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes509HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes2825HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it19419HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd5SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion2585SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact20836SEMIHARMONIC4
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d19419HARMONIC20.01
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg26472HARMONIC21.11
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion3.83
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion2.84
LS精密化 シェル解像度: 2.42→2.48 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2558 430 4.76 %
Rwork0.2137 8612 -
all0.2157 9042 -
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL112)L122)L132)L222)L232)L332)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T112)T122)T132)T222)T232)T332)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.6569-0.1557-0.0021.9457-0.14432.8948-0.1504-0.07220.04230.2374-0.0861-0.0934-0.85470.31360.23650.0759-0.1794-0.0976-0.18230.0553-0.2149145.033320.22165.5051
21.96950.3544-0.08050.8503-0.39432.0779-0.11230.01370.0680.09120.00780.0831-0.6128-0.25220.10450.070.124-0.0109-0.1701-0.0237-0.1249120.180419.989446.2706
30.6501-0.44010.37561.2702-0.59363.13940.0538-0.0691-0.1099-0.09090.04340.11090.1835-0.5094-0.0971-0.1505-0.0655-0.0112-0.01990.0271-0.0631117.5143-14.520851.5108
40.7137-0.1065-0.09591.10580.53282.299-0.0123-0.0219-0.1514-0.0063-0.0034-0.02050.03150.38280.0157-0.15680.00720.0027-0.001-0.0017-0.0229147.839-14.440760.0508
52.7137-0.4478-0.43221.404-0.01662.7358-0.10960.11710.11970.4535-0.2183-0.2709-0.53430.4440.3279-0.0516-0.2839-0.179-0.07770.1286-0.214376.82158.628963.4452
61.97910.454-0.19072.656-0.11173.02780.09440.15650.0609-0.0464-0.37970.2849-0.4113-0.24840.2853-0.24130.0509-0.03510.0256-0.119-0.181351.642857.330544.5388
70.6838-0.09680.17791.2026-0.48871.18720.0432-0.1775-0.2080.0362-0.1463-0.01620.221-0.28580.1031-0.1062-0.14960.03330.09250.0021-0.1151.396522.766949.9789
80.0150.27740.53161.36361.09595.561-0.00730.2196-0.08830.0985-0.0246-0.04620.65731.03850.0319-0.17550.1480.03290.1059-0.0213-0.237581.368724.86158.023
92.3449-0.4675-0.30930.90770.78532.9488-0.22340.15080.0137-0.07310.2191-0.0001-0.54030.36540.0042-0.1475-0.24510.04440.081-0.029-0.22514.055795.814663.6625
101.81940.0789-0.29191.3290.11752.9993-0.0832-0.00020.0366-0.2393-0.03110.0879-0.7899-0.02380.1144-0.0704-0.0324-0.0434-0.0468-0.0169-0.2031-10.513697.657744.0361
110.3723-0.35390.12341.4883-0.4083.1211-0.0033-0.0132-0.1124-0.1350.14680.20410.3855-0.5599-0.1434-0.2291-0.1598-0.0750.0930.0626-0.1006-16.306363.523849.7093
120.54780.19260.52461.82161.31483.741-0.04460.1323-0.10070.00640.4272-0.16270.22630.9073-0.3826-0.28790.0351-0.00670.1849-0.147-0.160814.001661.110958.1851
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1{ A|28 - 333 }A28 - 333
2X-RAY DIFFRACTION2{ B|27 - 333 }B27 - 333
3X-RAY DIFFRACTION3{ C|31 - 333 }C31 - 333
4X-RAY DIFFRACTION4{ D|30 - 333 }D30 - 333
5X-RAY DIFFRACTION5{ E|29 - 333 }E29 - 333
6X-RAY DIFFRACTION6{ F|29 - 333 }F29 - 333
7X-RAY DIFFRACTION7{ G|25 - 333 }G25 - 333
8X-RAY DIFFRACTION8{ H|28 - 333 }H28 - 333
9X-RAY DIFFRACTION9{ I|29 - 333 }I29 - 333
10X-RAY DIFFRACTION10{ J|26 - 333 }J26 - 333
11X-RAY DIFFRACTION11{ K|28 - 333 }K28 - 333
12X-RAY DIFFRACTION12{ L|31 - 333 }L31 - 333

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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