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- PDB-3qle: Structural Basis for the Function of Tim50 in the Mitochondrial P... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3qle
タイトルStructural Basis for the Function of Tim50 in the Mitochondrial Presequence Translocase
要素Tim50p
キーワードCHAPERONE (シャペロン) / Mitochondrion (ミトコンドリア) / preprotein translocation
機能・相同性
機能・相同性情報


TIM23 mitochondrial import inner membrane translocase complex / protein transport / membrane => GO:0016020 / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Mitochondrial import inner membrane translocase subunit Tim50 / FCP1 homology domain / NLI interacting factor-like phosphatase / FCP1 homology domain profile. / catalytic domain of ctd-like phosphatases / HAD superfamily/HAD-like / HAD superfamily / HAD-like superfamily / ロスマンフォールド / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
酢酸塩 / Mitochondrial import inner membrane translocase subunit TIM50
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae EC1118 (パン酵母)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.831 Å
データ登録者Qian, X.G. / Gebert, M. / Hpker, J. / Yan, M. / Li, J.Z. / Wiedemann, N. / Laan, M.V.D. / Pfanner, N. / Sha, B.D.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2011
タイトル: Structural basis for the function of tim50 in the mitochondrial presequence translocase.
著者: Qian, X. / Gebert, M. / Hopker, J. / Yan, M. / Li, J. / Wiedemann, N. / van der Laan, M. / Pfanner, N. / Sha, B.
履歴
登録2011年2月2日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年3月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22011年8月17日Group: Database references
改定 1.32023年9月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Tim50p
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,2675
ポリマ－23,8891
非ポリマー3774
水2,414134
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)84.109, 84.109, 116.549
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number178
Space group name H-MP6122
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-479-

HOH

21A-489-

HOH

31A-504-

HOH

41A-529-

HOH

51A-531-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 Tim50p


分子量: 23889.221 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 162-361 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae EC1118 (パン酵母)
株: Lalvin EC1118 / Prise de mousse / 遺伝子: EC1118_1P2_2410g / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: C8ZIW7
#2: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン / 酢酸塩


分子量: 59.044 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#4: 化合物 ChemComp-1PE / PENTAETHYLENE GLYCOL / PEG400 / ペンタエチレングリコ-ル / ポリエチレングリコール


分子量: 238.278 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H22O6 / コメント: 沈殿剤*YM
#5: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 134 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.49 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.62 %
結晶化温度: 290 K / 手法: 蒸発脱水法 / pH: 6
詳細: 100 mM MES buffer (pH 6.0), 30% (w/v) PEG4K and 0.2 M ammonium acetate, EVAPORATION, temperature 290K

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データ収集

回折平均測定温度: 200 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 0.9792 Å
検出器タイプ: MAR scanner 300 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2008年10月19日
放射モノクロメーター: GRAPHITE / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9792 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.83→50 Å / Num. all: 21756 / Num. obs: 21756 / % possible obs: 98.8 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
PHASER位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.6.1_351)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2GHQ

2ghq


解像度: 1.831→7.989 Å / SU ML: 0.18 / σ(F): 1.35 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2016 1097 5.09 %RANDOM
Rwork0.1748 ---
all0.178 21756 --
obs0.1762 21534 98.98 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 74.984 Å2 / ksol: 0.491 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.1259 Å2-0 Å20 Å2
2--0.1259 Å2-0 Å2
3----0.2518 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.831→7.989 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1510 0 22 134 1666
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0081556
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.1862110
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.397588
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.084225
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005271
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.831-1.91330.23071390.18332439X-RAY DIFFRACTION97
1.9133-2.01260.1941470.16522467X-RAY DIFFRACTION99
2.0126-2.13650.22641500.16522504X-RAY DIFFRACTION99
2.1365-2.29780.18061260.16072524X-RAY DIFFRACTION99
2.2978-2.52240.1991610.16242526X-RAY DIFFRACTION99
2.5224-2.87240.21821130.16872605X-RAY DIFFRACTION100
2.8724-3.56460.2111330.17932620X-RAY DIFFRACTION100
3.5646-7.98870.18061280.18442752X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 64.0328 Å / Origin y: 17.6167 Å / Origin z: 5.5753 Å
111213212223313233
T0.083 Å20.0116 Å20.0167 Å2-0.067 Å20.0038 Å2--0.0757 Å2
L0.589 °2-0.1197 °2-0.4341 °2-0.8777 °2-0.3042 °2--0.8497 °2
S0.0219 Å °0.0155 Å °0.0311 Å °0.0529 Å °0.0236 Å °0.0648 Å °0.001 Å °-0.0584 Å °0 Å °
精密化 TLSグループSelection details: (chain A and resid 13:198)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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