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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3qjs | ||||||
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タイトル | The structure of and photolytic induced changes of carbon monoxide binding to the cytochrome ba3-oxidase from Thermus thermophilus | ||||||
要素 |
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キーワード | OXIDOREDUCTASE (酸化還元酵素) / CYTOCHROME BA3 OXIDASE / Carbon monoxide (一酸化炭素) / CO photodissociation | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 シトクロムcオキシダーゼ / 酸化的リン酸化 / cytochrome-c oxidase activity / respirasome / copper ion binding / heme binding / metal ion binding / 細胞膜 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Thermus thermophilus (サーマス・サーモフィルス) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.8 Å | ||||||
データ登録者 | Liu, B. / Zhang, Y. / Sage, J.T. / Doukov, T. / Chen, Y. / Stout, C.D. / Fee, J.A. | ||||||
引用 | ジャーナル: Biochim.Biophys.Acta / 年: 2012 タイトル: Structural changes that occur upon photolysis of the Fe(II)(a3)-CO complex in the cytochrome ba(3)-oxidase of Thermus thermophilus: A combined X-ray crystallographic and infrared ...タイトル: Structural changes that occur upon photolysis of the Fe(II)(a3)-CO complex in the cytochrome ba(3)-oxidase of Thermus thermophilus: A combined X-ray crystallographic and infrared spectral study demonstrates CO binding to Cu(B). 著者: Liu, B. / Zhang, Y. / Sage, J.T. / Soltis, S.M. / Doukov, T. / Chen, Y. / Stout, C.D. / Fee, J.A. #1: ジャーナル: Biochemistry / 年: 2009 タイトル: Combined microspectrophotometric and crystallographic examination of chemically-reduced and X-ray radiation-reduced forms of cytochrome ba3 oxidase from Thermus thermophilus: Structure ...タイトル: Combined microspectrophotometric and crystallographic examination of chemically-reduced and X-ray radiation-reduced forms of cytochrome ba3 oxidase from Thermus thermophilus: Structure of the reduced form of the enzyme 著者: Liu, B. / Chen, Y. / Doukov, T. / Soltis, S.M. / Stout, C.D. / Fee, J.A. #2: ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.F / 年: 2007 タイトル: An unexpected outcome of surface engineering an integral membrane protein: improved crystallization of cytochrome ba3 from Thermus thermophilus 著者: Liu, B. / Luna, V.M. / Chen, Y. / Stout, C.D. / Fee, J.A. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 3qjs.cif.gz | 320 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb3qjs.ent.gz | 258.5 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 3qjs.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qj/3qjs ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qj/3qjs | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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-要素
-Cytochrome c oxidase subunit ... , 2種, 2分子 AB
#1: タンパク質 | 分子量: 63430.008 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Thermus thermophilus (サーマス・サーモフィルス) 株: HB8 / 遺伝子: cbaA, TTHA1135 / プラスミド: PMK18 発現宿主: thermus thermophilus (サーマス・サーモフィルス) 株 (発現宿主): HB8 / 参照: UniProt: Q5SJ79, シトクロムcオキシダーゼ |
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#2: タンパク質 | 分子量: 18580.314 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Thermus thermophilus (サーマス・サーモフィルス) 株: HB8 / 遺伝子: cbaB, ctaC, TTHA1134 / プラスミド: PMK18 発現宿主: thermus thermophilus (サーマス・サーモフィルス) 株 (発現宿主): HB8 / 参照: UniProt: Q5SJ80, シトクロムcオキシダーゼ |
-タンパク質・ペプチド , 1種, 1分子 C
#3: タンパク質・ペプチド | 分子量: 3769.602 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Thermus thermophilus (サーマス・サーモフィルス) 株: HB8 / 遺伝子: cbaD, TTHA1133 / プラスミド: PMK18 発現宿主: thermus thermophilus (サーマス・サーモフィルス) 株 (発現宿主): HB8 / 参照: UniProt: P82543, シトクロムcオキシダーゼ |
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-非ポリマー , 6種, 34分子
#4: 化合物 | ChemComp-CU1 / |
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#5: 化合物 | ChemComp-HEM / |
#6: 化合物 | ChemComp-HAS / |
#7: 化合物 | ChemComp-CMO / |
#8: 化合物 | ChemComp-CUA / |
#9: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.79 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.96 % |
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結晶化 | 温度: 297 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 詳細: 7% PEK 2K, 50 mM KCl, 20 mM Bis-Tris pH 7.0, 6.5 mM n-nonyl-beta-D-glucopyranoside , VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 297K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL11-1 / 波長: 0.97946 Å |
検出器 | タイプ: MARMOSAIC 325 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2008年2月25日 |
放射 | モノクロメーター: FLAT MIRROR (VERTICAL FOCUSING), SINGLE CRYSTAL FOCUSING, SI(111) BENT MONOCHROMATOR (HORIZONTAL FOCUSING) プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.97946 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.8→50 Å / Num. all: 24625 / Num. obs: 24625 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 5.7 % / Rsym value: 0.046 / Net I/σ(I): 11.1 |
反射 シェル | 解像度: 2.8→2.87 Å / 冗長度: 7.2 % / Mean I/σ(I) obs: 1.7 / Num. unique all: 1777 / Rsym value: 0.443 / % possible all: 100 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB entry 1XME 解像度: 2.8→20 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.928 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.902 / SU B: 28.034 / SU ML: 0.263 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.387 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 69.843 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.8→20 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.8→2.871 Å / Total num. of bins used: 20
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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