PDB-3qcw: Structure of neurexin 1 alpha (domains LNS1-LNS6), no splice inserts

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3qcw

タイトル

Structure of neurexin 1 alpha (domains LNS1-LNS6), no splice inserts

要素

Neurexin-1-alpha

キーワード

CELL ADHESION / synaptic adhesion molecule

機能・相同性

機能・相同性情報

neuroligin family protein binding / cell projection / presynaptic membrane / cell adhesion / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Bos taurus (ウシ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散,

分子置換 /

単波長異常分散 /

分子置換 / 解像度: 2.65 Å

データ登録者

Rudenko, G.

引用

ジャーナル: Structure / 年: 2011
タイトル: The Structure of Neurexin 1 alpha Reveals Features Promoting a Role as Synaptic Organizer
著者: Chen, F. / Venugopal, V. / Murray, B. / Rudenko, G.

履歴

登録	2011年1月17日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2011年6月15日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2017年7月26日	Group: Refinement description / Source and taxonomy / カテゴリ: entity_src_gen / software
改定 1.3	2017年11月8日	Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 2.0	2020年7月29日	Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: atom_site / atom_site_anisotrop ...atom_site / atom_site_anisotrop / chem_comp / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_validate_close_contact / struct_asym / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site / struct_site_gen Item: _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_seq_id ..._atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_asym_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_seq_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_asym_id / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.formula_weight / _entity.pdbx_description / _entity.pdbx_number_of_molecules / _entity.type / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_validate_close_contact.auth_asym_id_2 / _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_2 / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_ref_seq_dif.details 解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3qcw.cif.gz	800.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3qcw.ent.gz	656.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3qcw.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3qcw_validation.pdf.gz	1.1 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3qcw_full_validation.pdf.gz	1.1 MB	表示
XML形式データ	3qcw_validation.xml.gz	70.1 KB	表示
CIF形式データ	3qcw_validation.cif.gz	95.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qc/3qcw ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qc/3qcw	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3r05C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3r05-2 3r05-1 3poy-d 2b5n-d 2i82-d 4e6n-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#92 - 2007年8月タンパク質同化性ステロイド (Anabolic Steroids) 類似性 (3) #126 - 2010年6月上皮成長因子 (Epidermal Growth Factor) 類似性 (4) #75 - 2006年3月組織因子 (Tissue Factor) 類似性 (4) #17 - 2001年5月シクロオキシゲナーゼ (Cyclooxygenase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Neurexin-1-alpha

B: Neurexin-1-alpha

ヘテロ分子

276 kDa, 2 ポリマー
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1

A: Neurexin-1-alpha

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
138 kDa, 1 ポリマー
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2

B: Neurexin-1-alpha

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
138 kDa, 1 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	60.953, 114.543, 159.581
Angle α, β, γ (deg.)	90.610, 90.870, 92.180
Int Tables number	1
Space group name H-M	P1

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B
1	2	A
2	2	B
1	3	A
2	3	B
1	4	A
2	4	B
1	5	A
2	5	B
1	6	A
2	6	B
1	7	A
2	7	B

NCSドメイン領域:

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID	Refine code	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	1	1	1	A	281 - 485
2	1	1	1	B	281 - 485
1	1	2	1	A	486 - 679
2	1	2	1	B	486 - 679
1	1	3	1	A	680 - 722
2	1	3	1	B	680 - 722
1	1	4	1	A	723 - 909
2	1	4	1	B	723 - 909
1	1	5	1	A	910 - 1087
2	1	5	1	B	910 - 1087
1	1	6	1	A	1088 - 1130
2	1	6	1	B	1088 - 1130
1	1	7	1	A	1131 - 2001
2	1	7	1	B	1131 - 2001

NCSアンサンブル:

ID
1
2
3
4
5
6
7

#1: タンパク質

Neurexin-1-alpha

分子量: 137474.641 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 31-1355 / 変異: N190Q, SEE REMARK 999 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

Bos taurus (ウシ) / 遺伝子: NRXN1
発現宿主:

Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: Q28146

#2: 多糖

2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

タイプ: oligosaccharide / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現

記述子	タイプ	プログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-	Glycam Condensed Sequence	GMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1	WURCS	PDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}}	LINUCS	PDB-CARE

配列の詳細

PROTEIN CONSTRUCT IS A SPLICE FORM THAT DOES NOT CONTAIN SPLICE INSERTS AT SITES SS1 [DEL(258-277)] ...

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 4.05 Å³/Da / 溶媒含有率: 69.62 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: 5-10% PEG8000 or PEG10000, 2.5 mM calcium chloride, 100 mM bicine, pH 8.0-9.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 21-ID-D / 波長: 1.1272

検出器

タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2010年6月12日

放射

モノクロメーター: Kohzu / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1.1272 Å / 相対比: 1

Reflection

冗長度: 4 % / Av σ(I) over netI: 17.83 / 数: 267276 / R_merge(I) obs: 0.135 / Χ²: 1.9 / D res high: 3.25 Å / D res low: 50 Å / Num. obs: 67601 / % possible obs: 98.6

Diffraction reflection shell

最高解像度 (Å)	最低解像度 (Å)	% possible obs (%)	ID	R_merge(I) obs	Chi squared	Redundancy
8.81	50	96.2	1	0.035	4.014	3.9
7	8.81	98.3	1	0.051	2.789	4
6.11	7	98.8	1	0.074	2.313	4
5.56	6.11	98.7	1	0.083	1.995	4
5.16	5.56	98.7	1	0.088	2.158	4
4.85	5.16	99	1	0.094	2.047	4
4.61	4.85	99	1	0.091	2.008	4
4.41	4.61	98.6	1	0.107	1.96	4
4.24	4.41	99.2	1	0.13	1.824	4
4.09	4.24	98.7	1	0.174	1.715	4
3.97	4.09	99.2	1	0.182	1.685	4
3.85	3.97	98.8	1	0.218	1.582	4
3.75	3.85	99.1	1	0.26	1.579	4
3.66	3.75	98.8	1	0.307	1.529	4
3.58	3.66	98.9	1	0.36	1.554	4
3.5	3.58	98.7	1	0.388	1.511	4
3.43	3.5	98.8	1	0.487	1.474	3.9
3.37	3.43	98.9	1	0.558	1.438	3.9
3.31	3.37	98.4	1	0.634	1.394	3.8
3.25	3.31	97.9	1	0.802	1.453	3.7

反射

解像度: 2.65→50 Å / Num. obs: 124701 / % possible obs: 98.5 % / 冗長度: 3.4 % / R_merge(I) obs: 0.079 / Χ²: 1.591 / Net I/σ(I): 14.5

反射シェル

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique all	Χ²	Diffraction-ID	% possible all
2.65-2.7	3.2	0.526	6206	1.239	1	98.2
2.7-2.74	3.3	0.45	6169	1.203	1	97.7
2.74-2.8	3.3	0.424	6187	1.306	1	97.3
2.8-2.85	3.3	0.38	6211	1.331	1	98.4
2.85-2.92	3.3	0.321	6191	1.33	1	96.9
2.92-2.98	3.3	0.252	6222	1.39	1	99.2
2.98-3.06	3.4	0.215	6200	1.479	1	97
3.06-3.14	3.4	0.182	6240	1.575	1	99.4
3.14-3.23	3.4	0.146	6187	1.441	1	97.5
3.23-3.34	3.4	0.13	6251	1.544	1	99.3
3.34-3.46	3.4	0.111	6226	1.687	1	98.3
3.46-3.6	3.4	0.092	6291	1.75	1	98
3.6-3.76	3.4	0.082	6204	1.814	1	99.6
3.76-3.96	3.4	0.076	6278	1.93	1	98.8
3.96-4.21	3.4	0.066	6231	1.958	1	98.7
4.21-4.53	3.4	0.06	6291	1.954	1	99.1
4.53-4.99	3.4	0.053	6312	1.948	1	99.1
4.99-5.71	3.4	0.052	6267	1.822	1	99.1
5.71-7.19	3.4	0.048	6298	1.615	1	99.5
7.19-50	3.3	0.036	6239	1.398	1	98.6

-
位相決定

位相決定

手法
単波長異常分散
分子置換

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
PHASER		位相決定
REFMAC		精密化
PDB_EXTRACT	3.1	データ抽出
HKL-2000		データ収集

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散,

分子置換 / 解像度: 2.65→30 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.936 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.925 / WR_factor R_free: 0.2745 / WR_factor R_work: 0.2672 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / FOM work R set: 0.8568 / SU B: 16.733 / SU ML: 0.161 / SU R Cruickshank DPI: 0.3693 / SU R_free: 0.2628 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.299 / ESU R Free: 0.226 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2296	6451	5.2 %	RANDOM
R_work	0.2082	-	-	-
obs	0.2093	116726	98.43 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso max: 200.33 Å² / B_iso mean: 65.5416 Å² / B_iso min: 2.83 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-3.76 Å²	-1.23 Å²	0.31 Å²
2-	-	0.45 Å²	0.16 Å²
3-	-	-	3.23 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.65→30 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	15384	0	56	0	15440

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.018	0.022	15772
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.73	1.955	21400
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.894	5	2004
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	39.065	24.52	708
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	18.218	15	2590
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	20.474	15	84
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.107	0.2	2398
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.02	11978
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.232	0.2	6371
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.321	0.2	10789
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.151	0.2	539
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.192	0.2	88
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.252	0.2	16
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.743	1.5	10119
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.222	2	15916
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.181	3	6339
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.317	4.5	5484

Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Auth asym-ID: A / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Ens-ID	数	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	1409	TIGHT POSITIONAL	0.02	0.05
1	1409	TIGHT THERMAL	0.03	0.5
2	1510	TIGHT POSITIONAL	0.03	0.05
2	1510	TIGHT THERMAL	0.05	0.5
3	330	TIGHT POSITIONAL	0.03	0.05
3	330	TIGHT THERMAL	0.07	0.5
4	1408	TIGHT POSITIONAL	0.04	0.05
4	1408	TIGHT THERMAL	0.12	0.5
5	1374	TIGHT POSITIONAL	0.04	0.05
5	1374	TIGHT THERMAL	0.13	0.5
6	305	TIGHT POSITIONAL	0.03	0.05
6	305	TIGHT THERMAL	0.08	0.5
7	1384	TIGHT POSITIONAL	0.03	0.05
7	1384	TIGHT THERMAL	0.08	0.5

LS精密化シェル

解像度: 2.65→2.718 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.331	491	-
R_work	0.307	8443	-
all	-	8934	-
obs	-	-	97.78 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	7.5944	4.3207	2.1862	8.3575	2.9582	4.879	0.0532	0.0282	0.7198	-0.3264	-0.5654	0.1641	-0.8636	0.0561	0.5122	0.6984	-0.0409	-0.0573	1.1556	0.1854	-0.0724	1.4872	127.1476	19.2269
2	1.3986	0.1905	-0.1858	0.9605	0.0539	3.9436	-0.0779	0.9854	0.1288	-0.5923	0.0588	-0.0044	-0.3782	0.0062	0.0192	-0.0254	-0.0546	-0.0214	0.224	0.0238	-0.308	6.011	119.484	66.0445
3	4.1354	-0.207	-0.3836	2.9049	-0.4764	1.4697	-0.0038	0.05	-0.4686	-0.0033	0.0271	0.251	0.1491	-0.1926	-0.0234	-0.4303	0.0046	-0.0027	-0.4579	0.0244	-0.3208	9.7804	99.9776	108.0571
4	3.221	-1.0389	0.8326	5.5214	-0.0174	2.2056	-0.072	-0.138	0.7563	0.1937	0.1067	0.0952	-0.6939	0.0447	-0.0347	0.0168	-0.0483	0.078	-0.4046	-0.0636	0.256	-10.8344	154.7958	110.5526
5	9.4967	-4.3123	-1.7619	7.6933	2.5526	6.008	-0.1349	-0.1427	-0.8776	0.3539	-0.3139	0.1466	1.0788	0.1189	0.4488	0.7347	0.0434	0.0261	1.0254	0.1826	-0.0713	33.6869	-16.0905	190.715
6	1.548	-0.1811	0.1348	1.0226	0.2074	3.9861	-0.0724	-1.01	-0.1243	0.62	0.0765	-0.0408	0.4285	0.0299	-0.0041	-0.0256	0.0661	-0.01	0.1867	0.028	-0.3067	39.86	-8.7111	143.716
7	4.374	0.2127	0.4411	3.0854	-0.7373	1.3693	-0.001	0.0134	0.4532	-0.0148	0.0598	0.268	-0.1723	-0.1965	-0.0588	-0.4202	-0.0107	0.0019	-0.4505	0.0323	-0.3096	44.6738	10.5807	101.6104
8	4.9697	2.6663	-1.3829	5.4781	-0.2541	2.6133	-0.2704	0.1234	-1.1714	-0.2877	0.1526	-0.3791	0.8115	0.1326	0.1178	0.0619	0.0691	0.0184	-0.371	-0.0797	0.3651	23.8057	-44.3015	99.014

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	281 - 485
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	486 - 909
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	910 - 1087
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	1088 - 1337
5	X-RAY DIFFRACTION	5	B	281 - 485
6	X-RAY DIFFRACTION	6	B	486 - 909
7	X-RAY DIFFRACTION	7	B	910 - 1087
8	X-RAY DIFFRACTION	8	B	1088 - 1337

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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