ソフトウェア | 名称 | バージョン | 分類 |
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Blu-Ice | | データ収集 | PHENIX | - AutoSol - Solve | モデル構築 | PHENIX | (phenix.refine: dev_572)精密化 | HKL-2000 | | データ削減 | HKL-2000 | | データスケーリング | PHENIX | - AutoSol - Solve | 位相決定 | |
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精密化 | 構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 1.651→19.378 Å / SU ML: 0.2 / σ(F): 0 / 位相誤差: 19.35 / 立体化学のターゲット値: ML
| Rfactor | 反射数 | %反射 | Selection details |
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Rfree | 0.1925 | 1949 | 4.04 % | random |
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Rwork | 0.1633 | - | - | - |
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obs | 0.1645 | 48256 | 96.84 % | - |
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all | - | 48256 | - | - |
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.83 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 46.114 Å2 / ksol: 0.37 e/Å3 |
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原子変位パラメータ | | Baniso -1 | Baniso -2 | Baniso -3 |
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1- | -0.152 Å2 | 0 Å2 | 0 Å2 |
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2- | - | 0.9859 Å2 | 0 Å2 |
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3- | - | - | 2.5842 Å2 |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.651→19.378 Å
| タンパク質 | 核酸 | リガンド | 溶媒 | 全体 |
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原子数 | 2535 | 0 | 0 | 331 | 2866 |
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拘束条件 | Refine-ID | タイプ | Dev ideal | 数 |
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X-RAY DIFFRACTION | f_bond_d0.006 | 2585 | X-RAY DIFFRACTION | f_angle_d1.065 | 3531 | X-RAY DIFFRACTION | f_dihedral_angle_d13.945 | 883 | X-RAY DIFFRACTION | f_chiral_restr0.08 | 418 | X-RAY DIFFRACTION | f_plane_restr0.003 | 459 | | | | | |
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LS精密化 シェル | 解像度 (Å) | Rfactor Rfree | Num. reflection Rfree | Rfactor Rwork | Num. reflection Rwork | Refine-ID | % reflection obs (%) |
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1.6511-1.71 | 0.345 | 182 | 0.3014 | 4230 | X-RAY DIFFRACTION | 89 | 1.71-1.7785 | 0.2797 | 185 | 0.2396 | 4382 | X-RAY DIFFRACTION | 93 | 1.7785-1.8593 | 0.252 | 187 | 0.1855 | 4442 | X-RAY DIFFRACTION | 94 | 1.8593-1.9573 | 0.1915 | 196 | 0.1485 | 4580 | X-RAY DIFFRACTION | 96 | 1.9573-2.0798 | 0.1947 | 196 | 0.138 | 4647 | X-RAY DIFFRACTION | 98 | 2.0798-2.2402 | 0.1932 | 197 | 0.1342 | 4709 | X-RAY DIFFRACTION | 99 | 2.2402-2.4652 | 0.1746 | 197 | 0.1373 | 4735 | X-RAY DIFFRACTION | 99 | 2.4652-2.821 | 0.2129 | 198 | 0.1682 | 4774 | X-RAY DIFFRACTION | 99 | 2.821-3.5505 | 0.183 | 202 | 0.1619 | 4827 | X-RAY DIFFRACTION | 100 | 3.5505-19.3796 | 0.163 | 209 | 0.1624 | 4981 | X-RAY DIFFRACTION | 99 |
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