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- PDB-3q3j: Crystal structure of plexin A2 RBD in complex with Rnd1 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3q3j
タイトルCrystal structure of plexin A2 RBD in complex with Rnd1
要素
  • Plexin-A2
  • Rho-related GTP-binding protein Rho6
キーワードMembrane protein/protein binding (生体膜) / Ras-binding domain / plexin / small gtpase (低分子量GTPアーゼ) / structural genomics consortium / SGC / Membrane protein-protein binding complex (生体膜)
機能・相同性
機能・相同性情報


cerebellar granule cell precursor tangential migration / Other semaphorin interactions / semaphorin-plexin signaling pathway involved in axon guidance / limb bud formation / semaphorin receptor complex / SEMA3A-Plexin repulsion signaling by inhibiting Integrin adhesion / pharyngeal system development / semaphorin receptor activity / CRMPs in Sema3A signaling / negative regulation of cell adhesion ...cerebellar granule cell precursor tangential migration / Other semaphorin interactions / semaphorin-plexin signaling pathway involved in axon guidance / limb bud formation / semaphorin receptor complex / SEMA3A-Plexin repulsion signaling by inhibiting Integrin adhesion / pharyngeal system development / semaphorin receptor activity / CRMPs in Sema3A signaling / negative regulation of cell adhesion / Sema4D induced cell migration and growth-cone collapse / Sema4D mediated inhibition of cell attachment and migration / neural tube development / RND1 GTPase cycle / centrosome localization / neuron remodeling / small GTPase-mediated signal transduction / positive regulation of axonogenesis / regulation of GTPase activity / plasma membrane => GO:0005886 / semaphorin-plexin signaling pathway / Sema3A PAK dependent Axon repulsion / somitogenesis / regulation of cell migration / actin filament organization / 接着結合 / 遊走 / マイクロフィラメント / regulation of cell shape / signaling receptor binding / intracellular membrane-bounded organelle / GTPase activity / GTP binding / protein kinase binding / シグナル伝達 / identical protein binding / 細胞膜 / 細胞質基質
類似検索 - 分子機能
Plexin-A2, sema domain / Plexin, TIG domain 2 / TIG domain found in plexin / Plexin, TIG domain 1 / TIG domain / Plexin, cytoplasmic RasGAP domain / Plexin cytoplasmic RasGAP domain / Plexin family / Plexin repeat / Plexin repeat ...Plexin-A2, sema domain / Plexin, TIG domain 2 / TIG domain found in plexin / Plexin, TIG domain 1 / TIG domain / Plexin, cytoplasmic RasGAP domain / Plexin cytoplasmic RasGAP domain / Plexin family / Plexin repeat / Plexin repeat / Sema domain / semaphorin domain / Sema domain / Sema domain superfamily / Sema domain profile. / IPT/TIG domain / Small GTPase Rho / small GTPase Rho family profile. / ig-like, plexins, transcription factors / Rho GTPase activation protein / PSI domain / domain found in Plexins, Semaphorins and Integrins / IPT domain / Phosphatidylinositol 3-kinase Catalytic Subunit; Chain A, domain 1 / Rho (Ras homology) subfamily of Ras-like small GTPases / Ras subfamily of RAS small GTPases / 低分子量GTPアーゼ / 低分子量GTPアーゼ / Rab subfamily of small GTPases / Ubiquitin-like (UB roll) / Small GTP-binding protein domain / Immunoglobulin E-set / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / WD40/YVTN repeat-like-containing domain superfamily / Roll / Immunoglobulin-like fold / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / ロスマンフォールド / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER / Plexin-A2 / Rho-related GTP-binding protein Rho6
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.971 Å
データ登録者Wang, H. / Tempel, W. / Tong, Y. / Guan, X. / Shen, L. / Buren, L. / Zhang, N. / Wernimont, A.K. / Crombet, L. / Arrowsmith, C.H. ...Wang, H. / Tempel, W. / Tong, Y. / Guan, X. / Shen, L. / Buren, L. / Zhang, N. / Wernimont, A.K. / Crombet, L. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A.M. / Bountra, C. / Weigelt, J. / Park, H. / Structural Genomics Consortium (SGC)
引用ジャーナル: to be published
タイトル: Crystal structure of plexin A2 RBD in complex with Rnd1
著者: Wang, H. / Tempel, W. / Tong, Y. / Guan, X. / Shen, L. / Buren, L. / Zhang, N. / Wernimont, A.K. / Crombet, L. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A.M. / Bountra, C. / Weigelt, J. / Park, H.
履歴
登録2010年12月21日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年1月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22017年11月8日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.32023年9月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Plexin-A2
B: Rho-related GTP-binding protein Rho6
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,64413
ポリマ－37,0972
非ポリマー54711
水68538
1
A: Plexin-A2
B: Rho-related GTP-binding protein Rho6
ヘテロ分子

A: Plexin-A2
B: Rho-related GTP-binding protein Rho6
ヘテロ分子

A: Plexin-A2
B: Rho-related GTP-binding protein Rho6
ヘテロ分子

A: Plexin-A2
B: Rho-related GTP-binding protein Rho6
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)150,57652
ポリマ－148,3908
非ポリマー2,18644
水1448
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_565-x,-y+1,z1
crystal symmetry operation3_555-x,y,-z1
crystal symmetry operation4_565x,-y+1,-z1
Buried area12370 Å2
ΔGint-138 kcal/mol
Surface area51980 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)59.022, 67.129, 145.291
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number23
Space group name H-MI222
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11B-203-

UNX

21B-204-

UNX

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要素

-
タンパク質 , 2種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Plexin-A2 / Semaphorin receptor OCT


分子量: 13007.935 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 1490-1600 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PLXNA2, KIAA0463, OCT, PLXN2, UNQ209/PRO235 / プラスミド: pET28-mhl (GI:134105571) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21-V2R-pRARE2 / 参照: UniProt: O75051
#2: タンパク質 Rho-related GTP-binding protein Rho6 / Rho family GTPase 1 / Rnd1


分子量: 24089.500 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 5-200 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: RND1, RHO6 / プラスミド: pET28-mhl (GI:134105571) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21-V2R-pRARE2 / 参照: UniProt: Q92730

-
非ポリマー , 4種, 49分子

#3: 化合物
ChemComp-UNX / UNKNOWN ATOM OR ION


分子数: 9 / 由来タイプ: 合成
#4: 化合物 ChemComp-GNP / PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER / Gpp(NH)p / 5'-Guanylyl imidodiphosphate


分子量: 522.196 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H17N6O13P3
コメント: GppNHp, GMPPNP, エネルギー貯蔵分子類似体*YM
#5: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#6: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 38 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.94 Å3/Da / 溶媒含有率: 36.59 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: The complex sample (2.7 mg/mL) was incubated with 5mM Gpp(NH)p. Crystallization cocktail: 25.5% PEG3350, 0.2 M magnesium chloride, 0.1M Hepes. Seeding was applied in the production of the ...詳細: The complex sample (2.7 mg/mL) was incubated with 5mM Gpp(NH)p. Crystallization cocktail: 25.5% PEG3350, 0.2 M magnesium chloride, 0.1M Hepes. Seeding was applied in the production of the diffraction-quality crystal., pH 7.5, vapor diffusion, sitting drops, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.98322 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2010年11月27日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.98322 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.97→40 Å / Num. obs: 20734 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 7.2 % / Rmerge(I) obs: 0.07 / Χ2: 1.567 / Net I/σ(I): 11.7
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2% possible all
1.97-27.20.96410181.276100
2-2.047.30.77210191.312100
2.04-2.087.30.67710281.397100
2.08-2.127.30.5410291.333100
2.12-2.177.30.41810101.354100
2.17-2.227.30.33510091.346100
2.22-2.277.20.31910361.427100
2.27-2.347.30.26310121.363100
2.34-2.47.30.21710301.361100
2.4-2.487.30.17110331.336100
2.48-2.577.30.14310341.319100
2.57-2.677.30.11310311.386100
2.67-2.87.20.08910311.31899.9
2.8-2.947.20.07310351.444100
2.94-3.137.20.06310331.686100
3.13-3.377.10.05510432.15100
3.37-3.717.10.05310602.519100
3.71-4.246.90.04210572.328100
4.24-5.346.80.03210631.724100
5.34-406.60.03511232.00199

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
MOLREP位相決定
REFMAC5.5.0109精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
SBC-Collectデータ収集
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: pdb entries 2REX, 3ig3

2rex

3ig3


解像度: 1.971→39.276 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.946 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.923 / WRfactor Rfree: 0.242 / WRfactor Rwork: 0.208 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / SU B: 7.979 / SU ML: 0.114 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.165 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED. The programs chainsaw (CCP4) and Coot and the Molprobity server were also used during refinement.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2479 1072 5.187 %RANDOM
Rwork0.211 ---
obs0.213 20667 99.284 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL PLUS MASK
原子変位パラメータBiso max: 93.31 Å2 / Biso mean: 30.452 Å2 / Biso min: 20.03 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.595 Å20 Å20 Å2
2--0.241 Å20 Å2
3---0.354 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.971→39.276 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2065 0 42 38 2145
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0130.0222140
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.021352
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.1951.9962927
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.87333338
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.5935274
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.94924.59574
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.19515340
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg21.304159
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.070.2360
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.0212331
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02387
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.4911.51390
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.1181.5550
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.93822239
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.5123750
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.3834.5688
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.971-2.0220.334660.2521367151094.901
2.022-2.0770.239750.2391392147199.728
2.077-2.1370.261850.2281344143599.582
2.137-2.2030.239710.2151311138999.496
2.203-2.2750.259790.2051273135699.705
2.275-2.3550.298650.2171243131399.619
2.355-2.4430.244610.21195126299.525
2.443-2.5430.272580.2211158122399.428
2.543-2.6550.258660.2161112118199.746
2.655-2.7840.242540.2071056111599.552
2.784-2.9340.263590.221015107799.721
2.934-3.1110.254670.227953102199.902
3.111-3.3240.209520.20790595999.791
3.324-3.5880.23380.201855893100
3.588-3.9270.206350.19279483199.759
3.927-4.3850.226360.18272175899.868
4.385-5.0530.252360.18664568299.853
5.053-6.1640.246320.22155058499.658
6.164-8.6110.2210.24843946399.352
8.611-39.2760.416160.24126729396.587
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
16.50090.6347-1.62013.78630.89774.9229-0.07720.2227-0.0837-0.1597-0.22150.33660.0296-0.44430.29870.1051-0.00760.01020.10560.03060.1367-7.543912.288231.4727
23.40371.3583-0.51282.5825-0.61952.0134-0.14140.3181-0.014-0.22920.21460.12090.0824-0.136-0.07320.1158-0.0499-0.02260.09920.0340.021714.651222.616514.0516
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A-10 - 9999
2X-RAY DIFFRACTION2B-10 - 9999

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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