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- PDB-3pf4: Crystal structure of Bs-CspB in complex with r(GUCUUUA) -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3pf4
タイトルCrystal structure of Bs-CspB in complex with r(GUCUUUA)
要素
  • Cold shock protein cspBCold shock response
  • hexaribonucleotide (rGUCUUUA)
キーワードGENE REGULATION/RNA / BETA BARREL (Βバレル) / PROTEIN-RNA complex / COLD SHOCK RESPONSE / TRANSCRIPTION REGULATION / TRANSLATION REGULATION / OB fold / cold shock domain / RNA/DNA binding / single-stranded RNA and DNA / cytosol (細胞質基質) / GENE REGULATION-RNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


核様体 / 遺伝子発現の調節 / nucleic acid binding / DNA binding / 細胞質
類似検索 - 分子機能
Cold shock, CspA / Cold-shock (CSD) domain / Cold-shock (CSD) domain signature. / Cold-shock (CSD) domain profile. / Cold-shock protein, DNA-binding / 'Cold-shock' DNA-binding domain / Cold shock domain / Cold shock protein domain / Nucleic acid-binding proteins / OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) ...Cold shock, CspA / Cold-shock (CSD) domain / Cold-shock (CSD) domain signature. / Cold-shock (CSD) domain profile. / Cold-shock protein, DNA-binding / 'Cold-shock' DNA-binding domain / Cold shock domain / Cold shock protein domain / Nucleic acid-binding proteins / OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) / Nucleic acid-binding, OB-fold / Βバレル / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
リボ核酸 / Cold shock protein CspB
類似検索 - 構成要素
生物種Bacillus subtilis (枯草菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.38 Å
データ登録者Sachs, R. / Max, K.E.A. / Heinemann, U.
引用ジャーナル: Rna / 年: 2012
タイトル: RNA single strands bind to a conserved surface of the major cold shock protein in crystals and solution.
著者: Sachs, R. / Max, K.E. / Heinemann, U. / Balbach, J.
履歴
登録2010年10月27日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年9月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年12月14日Group: Database references
改定 1.22011年12月28日Group: Database references
改定 1.32023年9月6日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Cold shock protein cspB
B: Cold shock protein cspB
R: hexaribonucleotide (rGUCUUUA)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,9515
ポリマ－16,9043
非ポリマー472
水3,495194
1
A: Cold shock protein cspB
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)7,4193
ポリマ－7,3721
非ポリマー472
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Cold shock protein cspB
R: hexaribonucleotide (rGUCUUUA)


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)9,5312
ポリマ－9,5312
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area890 Å2
ΔGint-7 kcal/mol
Surface area5080 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)49.275, 50.512, 57.802
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Cold shock protein cspB / Cold shock response / Major cold shock protein


分子量: 7372.126 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bacillus subtilis (枯草菌) / 遺伝子: BSU09100, cspA, cspB / プラスミド: pET11 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) / 参照: UniProt: P32081
#2: RNA鎖 hexaribonucleotide (rGUCUUUA)


分子量: 2159.299 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: chemically synthesized
#3: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#4: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#5: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 194 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.13 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.19 %
結晶化温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: protein buffer: 50mM TRIS, 20mM Na-HEPES, pH 7.5; Bs-CspB.rGUCUUUA complex concentration: 50mg/ml; crystallization buffer: 30% (w/v) PEG 4000, 0.2M MgCl2, 0.1M TRIS pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, ...詳細: protein buffer: 50mM TRIS, 20mM Na-HEPES, pH 7.5; Bs-CspB.rGUCUUUA complex concentration: 50mg/ml; crystallization buffer: 30% (w/v) PEG 4000, 0.2M MgCl2, 0.1M TRIS pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293.15K

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データ収集

回折平均測定温度: 110 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.2 / 波長: 0.9184 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX-225 / 検出器: CCD / 日付: 2009年7月20日
詳細: mirrors double crystal monochromator (Si-111 crystals)
放射モノクロメーター: Si-(111) crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9184 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.38→19.02 Å / Num. all: 30207 / Num. obs: 30207 / % possible obs: 99.6 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 4.74 % / Biso Wilson estimate: 22.784 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.039 / Net I/σ(I): 20.73
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)最高解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. unique allNum. unique obs% possible all
1.38-1.54.720.592.8311156586658699.8
1.5-1.674.780.2616.1305666399639999.8
1.67-1.930.10213.928605596799.7
1.93-2.430.03932.826505554299.8
2.43-120.02153.326253566499.1
12-150.02759.6932686.7
15-170.02556.630872.7
170.03350.916626.1

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MRModel details: Phaser MODE: MR_AUTO
最高解像度最低解像度
Rotation2.5 Å19.02 Å
Translation2.5 Å19.02 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
XSCALEデータスケーリング
PHASER1.3.3位相決定
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3.005データ抽出
HKL-2000データ収集
XDSデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1CSP

1csp


解像度: 1.38→19.02 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.972 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.962 / WRfactor Rfree: 0.188 / WRfactor Rwork: 0.149 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.33 / FOM work R set: 0.884 / SU B: 2.077 / SU ML: 0.038 / SU R Cruickshank DPI: 0.063 / SU Rfree: 0.06 / Isotropic thermal model: ANISOTROPIC / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.063 / ESU R Free: 0.06 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.194 1511 5 %RANDOM
Rwork0.154 ---
all0.156 30207 --
obs0.156 30207 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso max: 82.75 Å2 / Biso mean: 22.247 Å2 / Biso min: 9.64 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.01 Å20 Å20 Å2
2--0.1 Å20 Å2
3----0.1 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.167 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.38→19.02 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1030 97 2 194 1323
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0170.0221225
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.02803
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6342.0531678
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.86531978
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.8445146
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.56426.33360
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg11.97715193
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg20.246152
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0990.2181
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.021329
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02245
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.2342669
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.1442287
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.29131072
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it4.1854.5556
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it5.9076599
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr2.0132028
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free8.9313199
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded4.2631989
LS精密化 シェル解像度: 1.38→1.416 Å / Total num. of bins used: 20 /
Rfactor反射数
Rfree0.255 109
Rwork0.211 2063
all-2172

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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