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- PDB-3pdv: Structure of the PDlim2 PDZ domain in complex with the C-terminal... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3pdv
タイトルStructure of the PDlim2 PDZ domain in complex with the C-terminal 6-peptide extension of NS1
要素PDZ and LIM domain protein 2, C-teminal peptide from Nonstructural protein 1
キーワードPROTEIN BINDING (タンパク質) / PDZ / extension / protein interaction (タンパク質間相互作用) / X-S/T-X-V motif
機能・相同性
機能・相同性情報


muscle structure development / symbiont-mediated suppression of host mRNA processing / filamin binding / symbiont-mediated suppression of host PKR/eIFalpha signaling / muscle alpha-actinin binding / cortical actin cytoskeleton / myosin heavy chain binding / filamentous actin / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of RIG-I activity / stress fiber ...muscle structure development / symbiont-mediated suppression of host mRNA processing / filamin binding / symbiont-mediated suppression of host PKR/eIFalpha signaling / muscle alpha-actinin binding / cortical actin cytoskeleton / myosin heavy chain binding / filamentous actin / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of RIG-I activity / stress fiber / 接着結合 / protein catabolic process / Z disc / actin binding / heart development / actin cytoskeleton organization / host cell cytoplasm / symbiont-mediated suppression of host type I interferon-mediated signaling pathway / ubiquitin protein ligase binding / host cell nucleus / RNA binding / metal ion binding / 細胞核
類似検索 - 分子機能
Domain of unknown function DUF4749 / Domain of unknown function (DUF4749) / Influenza A virus NS1 protein / Influenza A virus NS1, effector domain-like superfamily / Influenza non-structural protein (NS1) / Influenza non-structural protein (NS1) / LIM zinc-binding domain signature. / LIM domain / Zinc-binding domain present in Lin-11, Isl-1, Mec-3. / Zinc finger, LIM-type ...Domain of unknown function DUF4749 / Domain of unknown function (DUF4749) / Influenza A virus NS1 protein / Influenza A virus NS1, effector domain-like superfamily / Influenza non-structural protein (NS1) / Influenza non-structural protein (NS1) / LIM zinc-binding domain signature. / LIM domain / Zinc-binding domain present in Lin-11, Isl-1, Mec-3. / Zinc finger, LIM-type / LIM domain profile. / PDZドメイン / Pdz3 Domain / PDZドメイン / PDZ domain profile. / Domain present in PSD-95, Dlg, and ZO-1/2. / PDZドメイン / PDZ superfamily / S15/NS1, RNA-binding / Roll / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Non-structural protein 1 / PDZ and LIM domain protein 2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Influenza A virus (A型インフルエンザウイルス)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Li, X.
引用ジャーナル: Plos One / 年: 2011
タイトル: PDlim2 selectively interacts with the PDZ binding motif of highly pathogenic avian H5N1 influenza A virus NS1
著者: Yu, J. / Li, X. / Wang, Y. / Li, B. / Li, H. / Li, Y. / Zhou, W. / Zhang, C. / Wang, Y. / Rao, Z. / Bartlam, M. / Cao, Y.
履歴
登録2010年10月25日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02011年9月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年8月16日Group: Refinement description / Source and taxonomy / カテゴリ: entity_src_gen / software
改定 1.22024年3月20日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: PDZ and LIM domain protein 2, C-teminal peptide from Nonstructural protein 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)9,6162
ポリマ－9,5931
非ポリマー231
水84747
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)81.917, 81.917, 81.917
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number197
Space group name H-MI23

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要素

#1: タンパク質 PDZ and LIM domain protein 2, C-teminal peptide from Nonstructural protein 1 / PDZ-LIM protein mystique


分子量: 9592.925 Da / 分子数: 1 / 断片: PDZ domain / 由来タイプ: 組換発現
詳細: Chimera of PDZ and LIM domain protein 2 and C-teminal peptide from Nonstructural protein 1
由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト), (組換発現) Influenza A virus (A型インフルエンザウイルス)
株: A/chicken/Henan/12/2004(H5N1) / 遺伝子: PDLIM2, NS1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q96JY6, UniProt: Q29SJ1
#2: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#3: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 47 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.39 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.48 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.2
詳細: 0.2M NaCl, 0.1M HEPES, 22.5% PEG3350, pH 8.2, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

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データ収集

放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS HTC / 検出器: IMAGE PLATE
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長相対比: 1
反射解像度: 2.2→50 Å / Num. all: 4588 / Num. obs: 4548 / % possible obs: 99.79 %

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
PHASES位相決定
REFMAC5.2.0019精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.2→19.31 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.946 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.888 / SU B: 5.825 / SU ML: 0.146 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.221 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2489 215 4.5 %RANDOM
Rwork0.19799 ---
obs0.20009 4548 99.79 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 27.547 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.2→19.31 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数658 0 1 47 706
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0080.022679
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.1871.974923
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.731590
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg32.59724.44427
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.93315113
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg21.008155
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0680.2106
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0030.02517
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.1970.2287
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.2940.2464
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1670.253
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined0.1850.21
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1790.257
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1640.212
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.5071.5449
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.9842722
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.3693235
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.5584.5201
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.204→2.261 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.253 17 -
Rwork0.207 344 -
obs--100 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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