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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3p68 | ||||||
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タイトル | Time-dependent and Protein-directed In Situ Growth of Gold Nanoparticles in a Single Crystal of Lysozyme | ||||||
要素 | Lysozyme C | ||||||
キーワード | HYDROLASE (加水分解酵素) / Binding Sites (結合部位) / Bio-Nano Hybrids / Gold Nanoparticles (金コロイド) / Porous Materials (多孔質材料) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 抗微生物ペプチド / Neutrophil degranulation / beta-N-acetylglucosaminidase activity / cell wall macromolecule catabolic process / リゾチーム / lysozyme activity / killing of cells of another organism / defense response to Gram-negative bacterium / defense response to Gram-positive bacterium / defense response to bacterium ...抗微生物ペプチド / Neutrophil degranulation / beta-N-acetylglucosaminidase activity / cell wall macromolecule catabolic process / リゾチーム / lysozyme activity / killing of cells of another organism / defense response to Gram-negative bacterium / defense response to Gram-positive bacterium / defense response to bacterium / 小胞体 / extracellular space / identical protein binding / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Gallus gallus (ニワトリ) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / AB INITIO / 解像度: 1.6 Å | ||||||
データ登録者 | Wei, H. / Wang, Z. / Zhang, J. / House, S. / Gao, Y.-G. / Yang, L. / Robinson, H. / Tan, L.H. / Xing, H. / Hou, C. ...Wei, H. / Wang, Z. / Zhang, J. / House, S. / Gao, Y.-G. / Yang, L. / Robinson, H. / Tan, L.H. / Xing, H. / Hou, C. / Robertson, I.M. / Zuo, J.-M. / Lu, Y. | ||||||
引用 | ジャーナル: Nat Nanotechnol / 年: 2011 タイトル: Time-dependent, protein-directed growth of gold nanoparticles within a single crystal of lysozyme. 著者: Wei, H. / Wang, Z. / Zhang, J. / House, S. / Gao, Y.G. / Yang, L. / Robinson, H. / Tan, L.H. / Xing, H. / Hou, C. / Robertson, I.M. / Zuo, J.M. / Lu, Y. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 3p68.cif.gz | 39 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb3p68.ent.gz | 29.3 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 3p68.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/p6/3p68 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/p6/3p68 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 14331.160 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Gallus gallus (ニワトリ) / 参照: UniProt: P00698, リゾチーム | ||
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#2: 化合物 | ChemComp-AU3 / #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2 Å3/Da / 溶媒含有率: 38.37 % |
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸発脱水法 / pH: 4.8 詳細: 6.5% NaCl (w/v) in 0.1 M sodium acetate, pH 4.8, EVAPORATION, temperature 298K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 123.2 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X12C / 波長: 1.0988 Å |
検出器 | タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2009年11月12日 |
放射 | モノクロメーター: Si 111 CHANNEL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.0988 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.5→50 Å / Num. obs: 19283 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 25.6 % / Rmerge(I) obs: 0.11 / Rsym value: 0.11 / Net I/σ(I): 29.1 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: AB INITIO / 解像度: 1.6→10 Å / Num. parameters: 4755 / Num. restraintsaints: 4119 / 交差検証法: FREE R / σ(F): 0 / σ(I): 2 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber 詳細: ANISOTROPIC SCALING APPLIED BY THE METHOD OF PARKIN, MOEZZI & HOPE, J.APPL.CRYST.28(1995)53-56
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Refine analyze | Num. disordered residues: 0 / Occupancy sum hydrogen: 0 / Occupancy sum non hydrogen: 1184 | |||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.6→10 Å
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拘束条件 |
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