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万見
- PDB-3p19: Improved NADPH-dependent Blue Fluorescent Protein -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3p19
タイトルImproved NADPH-dependent Blue Fluorescent Protein
要素Putative blue fluorescent protein緑色蛍光タンパク質
キーワードOXIDOREDUCTASE (酸化還元酵素) / Rossmann-fold / Blue fluorescent protein (緑色蛍光タンパク質)
機能・相同性
機能・相同性情報


oxidoreductase activity / nucleotide binding
類似検索 - 分子機能
short chain dehydrogenase / Short-chain dehydrogenase/reductase, conserved site / Short-chain dehydrogenases/reductases family signature. / Short-chain dehydrogenase/reductase SDR / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain / NAD(P)-binding domain superfamily / ロスマンフォールド / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-NDP / Putative blue fluorescent protein
類似検索 - 構成要素
生物種Vibrio vulnificus (ビブリオ・バルニフィカス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.05 Å
データ登録者Kao, T.H. / Chen, Y. / Pai, C.H. / Wang, A.H.J.
引用ジャーナル: J.Struct.Biol. / 年: 2011
タイトル: Structure of a NADPH-dependent blue fluorescent protein revealed the unique role of Gly176 on the fluorescence enhancement.
著者: Kao, T.H. / Chen, Y. / Pai, C.H. / Chang, M.C. / Wang, A.H.J.
履歴
登録2010年9月30日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02011年7月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年11月20日Group: Non-polymer description
改定 1.22023年11月1日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq.db_align_beg / _struct_ref_seq.db_align_end

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Putative blue fluorescent protein
B: Putative blue fluorescent protein
C: Putative blue fluorescent protein
D: Putative blue fluorescent protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)118,5478
ポリマ－115,5654
非ポリマー2,9824
水9,782543
1


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area11080 Å2
ΔGint-50 kcal/mol
Surface area31430 Å2
手法PISA
2
A: Putative blue fluorescent protein
B: Putative blue fluorescent protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)59,2734
ポリマ－57,7822
非ポリマー1,4912
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2950 Å2
ΔGint-18 kcal/mol
Surface area18350 Å2
手法PISA
3
C: Putative blue fluorescent protein
D: Putative blue fluorescent protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)59,2734
ポリマ－57,7822
非ポリマー1,4912
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2960 Å2
ΔGint-18 kcal/mol
Surface area18250 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)64.403, 64.403, 262.588
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number78
Space group name H-MP43

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要素

#1: タンパク質
Putative blue fluorescent protein / 緑色蛍光タンパク質 / BFPvvD8


分子量: 28891.227 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Vibrio vulnificus (ビブリオ・バルニフィカス)
プラスミド: pET21 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q9F172*PLUS
#2: 化合物
ChemComp-NDP / NADPH DIHYDRO-NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / NADPH / ニコチンアミドアデニンジヌクレオチドリン酸


分子量: 745.421 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H30N7O17P3
#3: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 543 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
配列の詳細A SEQUENCE DATABASE REFERENCE FOR THIS PROTEIN DOES NOT CURRENTLY EXIST.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.36 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.8 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 0.2M sodium citrate dihydrate, 0.1M HEPES-Na, 20% iso-propanol, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSRRC / ビームライン: BL13B1 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2008年8月28日
詳細: Vertically Collimating Premirror, LN2-Cooled Fixed-Exit Double Crystal Si(111) Monochromator, Toroidal Focusing Mirror
放射モノクロメーター: LN2-Cooled, Fixed-Exit Double Crystal Monochromator
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.05→30 Å / Num. all: 66791 / Num. obs: 66383 / % possible obs: 99.4 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 6.8 % / Rmerge(I) obs: 0.074
反射 シェル解像度: 2.05→2.12 Å / 冗長度: 4.7 % / Rmerge(I) obs: 0.472 / Mean I/σ(I) obs: 2.293 / Num. unique all: 6413 / % possible all: 96.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
REFMAC5.5.0072精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
HKL-2000データ収集
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2JAP

2jap


解像度: 2.05→24.32 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.963 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.938 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / SU B: 5.055 / SU ML: 0.135 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.174 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES: REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2388 3352 5.1 %RANDOM
Rwork0.1863 ---
all0.189 66383 --
obs0.189 66194 99.47 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 80.86 Å2 / Biso mean: 35.538 Å2 / Biso min: 16.47 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0 Å20 Å20 Å2
2--0 Å20 Å2
3---0 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.05→24.32 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6912 0 192 543 7647
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0110.0227216
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2741.9989818
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg9.6495907
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg39.65924.452292
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.771151219
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.861550
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1080.21175
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.0215282
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.51.54535
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.48127284
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it4.06232681
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it6.054.52534
LS精密化 シェル解像度: 2.05→2.103 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.321 238 -
Rwork0.313 4431 -
all-4669 -
obs--95.5 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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