PDB-3ogz: Protein structure of USP from L. major in Apo-form

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3ogz

タイトル

Protein structure of USP from L. major in Apo-form

要素

UDP-sugar pyrophosphorylase

キーワード

TRANSFERASE (転移酵素) / left handed beta helix /

Rossmann Fold (ロスマンフォールド) / UDP sugar pyrophosphorylase

機能・相同性

機能・相同性情報

UTP-monosaccharide-1-phosphate uridylyltransferase /

uridylyltransferase activity
類似検索 - 分子機能

生物種

Leishmania major (大形リーシュマニア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単一同系置換・異常分散 / 解像度: 2.03 Å

データ登録者

Dickmanns, A. / Damerow, S. / Neumann, P. / Schulz, E.-C. / Lamerz, A. / Routier, F. / Ficner, R.

引用

ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2011
タイトル: Structural basis for the broad substrate range of the UDP-sugar pyrophosphorylase from Leishmania major.
著者: Dickmanns, A. / Damerow, S. / Neumann, P. / Schulz, E.C. / Lamerz, A.C. / Routier, F.H. / Ficner, R.

履歴

登録	2010年8月17日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2010年11月17日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2024年2月21日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3ogz.cif.gz	249.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3ogz.ent.gz	200.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3ogz.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/og/3ogz ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/og/3ogz	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3oh0C 3oh1C 3oh2C 3oh3C 3oh4C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3hdo-d 1j32-d 4m2j-1 3oh2-d 5yb0-1 4m2k-1 1mdo-2 1w3u-1 4m2m-1 4r5f-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#254 - 2021年2月セルロース合成酵素 (Cellulose Synthase) 類似性 (3) #156 - 2012年12月 ABO式血液型糖転移酵素 (ABO Blood Type Glycosyltransferases) 類似性 (1)

登録構造単位

A: UDP-sugar pyrophosphorylase

ヘテロ分子

69.1 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	107.392, 123.196, 61.342
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 104.320, 90.000
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-771- HOH
2	1	A-775- HOH
3	1	A-873- HOH
4	1	A-1016- HOH

#1: タンパク質	UDP-sugar pyrophosphorylase 分子量: 69023.180 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Leishmania major (大形リーシュマニア) 株: 5ASKH / 遺伝子: USP / プラスミド: pET22b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) 参照: UniProt: D3G6S4, UTP-monosaccharide-1-phosphate uridylyltransferase
#2: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル / グリセリン分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#3: 水	ChemComp-HOH / water / 水分子量: 18.015 Da / 分子数: 397 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.85 Å³/Da / 溶媒含有率: 56.81 %
結晶化	温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 0.1-0.2 M sodium tartrate, 16-20% PEG5000, 10 mM DTT, pH 7-8, vapor diffusion, sitting drop, temperature 292K PH範囲: 7-8

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

BESSY

/ ビームライン: 14.1 / 波長: 0.9184 Å

検出器

タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2008年11月22日 / 詳細: mirrors

放射

モノクロメーター: GRAPHITE, / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.9184 Å / 相対比: 1

Reflection

冗長度: 3.8 % / Av σ(I) over netI: 28.07 / 数: 151692 / R_merge(I) obs: 0.041 / Χ²: 1 / D res high: 2.18 Å / D res low: 50 Å / Num. obs: 39732 / % possible obs: 99.8

Diffraction reflection shell

最高解像度 (Å)	最低解像度 (Å)	% possible obs (%)	ID	R_merge(I) obs	Chi squared	Redundancy
4.7	50	98.5	1	0.023	1.012	3.7
3.73	4.7	100	1	0.03	1.098	3.8
3.26	3.73	99.9	1	0.031	1.01	3.8
2.96	3.26	100	1	0.045	1.011	3.9
2.75	2.96	100	1	0.072	0.998	3.9
2.58	2.75	100	1	0.123	0.979	3.9
2.46	2.58	100	1	0.172	1.001	3.9
2.35	2.46	100	1	0.264	0.965	3.8
2.26	2.35	100	1	0.62	0.982	3.8
2.18	2.26	99.8	1	0.322	0.984	3.7

反射

解像度: 2.03→50 Å / Num. all: 49970 / Num. obs: 49970 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4.4 % / B_iso Wilson estimate: 35.03 Å² / R_merge(I) obs: 0.044 / R_sym value: 0.044 / Χ²: 0.989 / Net I/σ(I): 16.8

反射シェル

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique all	Χ²	% possible all
2.03-2.1	4.4	0.508	4986	0.917	100
2.1-2.19	4.4	0.433	4993	0.987	100
2.19-2.29	4.4	0.245	5002	0.989	100
2.29-2.41	4.4	0.232	4984	0.98	100
2.41-2.56	4.5	0.121	5034	0.995	100
2.56-2.76	4.5	0.084	4969	1.004	100
2.76-3.03	4.5	0.053	5027	1.004	100
3.03-3.47	4.5	0.035	4994	0.993	100
3.47-4.37	4.4	0.027	5035	1.01	100
4.37-50	4.3	0.022	4946	1.013	97.3

-
位相決定

位相決定	手法: 単一同系置換・異常分散

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
SCALEPACK		データスケーリング
SHARP		位相決定
RESOLVE		位相決定
PHENIX	1.6.1_357	精密化
PDB_EXTRACT	3.1	データ抽出
MAR345dtb		データ収集
DENZO		データ削減

精密化

構造決定の手法:

単一同系置換・異常分散 / 解像度: 2.03→29.741 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.21 / SU ML: 0.26 / Isotropic thermal model: Isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.33 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.22	2511	5.06 %	RANDOM
R_work	0.1843	-	-	-
obs	0.1861	49601	98.86 %	-
all	-	49970	-	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 63.224 Å² / k_sol: 0.366 e/Å³

原子変位パラメータ

B_iso max: 163.72 Å² / B_iso mean: 48.5881 Å² / B_iso min: 21.77 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	2.8092 Å²	-0 Å²	0.167 Å²
2-	-	-7.4496 Å²	0 Å²
3-	-	-	4.6404 Å²

Refine analyze

	Free	Obs
Luzzati coordinate error	0.28 Å	0.276 Å
Luzzati d res low	-	8 Å
Luzzati sigma a	0.26 Å	0.29 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.03→29.741 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4494	0	6	397	4897

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.005	4654
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.843	6328
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.058	721
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.003	825
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	12.288	1712

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 18

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
2.03-2.0641	0.2648	124	0.2183	2564	2688	97
2.0641-2.1063	0.2354	137	0.2097	2653	2790	100
2.1063-2.1521	0.2489	137	0.2114	2645	2782	100
2.1521-2.2021	0.3301	144	0.271	2567	2711	98
2.2021-2.2572	0.4162	133	0.3774	2563	2696	97
2.2572-2.3182	0.357	153	0.3371	2400	2553	93
2.3182-2.3863	0.2379	146	0.2085	2660	2806	100
2.3863-2.4633	0.2044	160	0.1802	2614	2774	100
2.4633-2.5513	0.2419	135	0.1731	2665	2800	100
2.5513-2.6534	0.2322	132	0.1825	2607	2739	100
2.6534-2.7741	0.2139	142	0.1798	2643	2785	100
2.7741-2.9202	0.1951	146	0.1802	2676	2822	100
2.9202-3.103	0.2043	142	0.1712	2618	2760	100
3.103-3.3423	0.2078	137	0.1687	2640	2777	100
3.3423-3.6781	0.1898	135	0.155	2670	2805	100
3.6781-4.2091	0.1865	137	0.145	2640	2777	100
4.2091-5.2981	0.1703	141	0.1361	2671	2812	100
5.2981-29.7439	0.1929	130	0.1699	2594	2724	96

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.8501	0.2846	-0.1441	0.7928	0.1314	0.5495	0.1801	-0.1487	0.2192	0.2031	-0.1633	0.2718	0.2284	-0.0059	0.0096	0.4559	-0.1828	0.1337	0.4027	-0.1009	0.5558	8.3482	30.0029	48.7892
2	2.0646	1.4644	0.9863	1.2357	0.7949	2.0085	-0.5969	0.1573	1.0189	-0.7967	0.1961	-0.3214	-1.3013	0.3381	0.299	0.6964	-0.2116	0.0063	0.3882	0.0312	1.0428	31.3175	12.9573	23.8109
3	1.2859	-0.1947	0.075	1.6125	0.4036	1.2711	0.1263	-0.033	-0.0132	0.0147	-0.1269	-0.2357	-0.0268	0.0314	-0.0057	0.2908	-0.0252	0.0014	0.2891	0.0325	0.2669	10.0695	-6.6652	24.6897
4	0.8533	0.0893	-0.1727	0.1995	0.389	0.98	0.071	0.2482	0.1588	-0.3882	0.0856	0.09	-0.3279	0.0138	-0.1331	0.6295	-0.0742	-0.0468	0.4126	-0.0135	0.5332	15.192	26.4949	30.1611
5	1.3469	-0.0258	0.4313	0.9244	0.8982	1.1308	0.1739	0.0338	0.2726	-0.2552	-0.2816	0.2374	-0.1217	-0.2516	0.1216	0.3966	-0.0872	-0.021	0.3638	-0.0971	0.568	6.1569	26.0726	38.2521

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain A and (resid 1:76)	A	1 - 76
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain A and (resid 77:85 or resid 300:356)	A	77 - 85
3	X-RAY DIFFRACTION	2	chain A and (resid 77:85 or resid 300:356)	A	300 - 356
4	X-RAY DIFFRACTION	3	chain A and (resid 86:195 or resid 224:299 or resid 357:378 or resid 406:615)	A	86 - 195
5	X-RAY DIFFRACTION	3	chain A and (resid 86:195 or resid 224:299 or resid 357:378 or resid 406:615)	A	224 - 299
6	X-RAY DIFFRACTION	3	chain A and (resid 86:195 or resid 224:299 or resid 357:378 or resid 406:615)	A	357 - 378
7	X-RAY DIFFRACTION	3	chain A and (resid 86:195 or resid 224:299 or resid 357:378 or resid 406:615)	A	406 - 615
8	X-RAY DIFFRACTION	4	chain A and (resid 379:405)	A	379 - 405
9	X-RAY DIFFRACTION	5	chain A and (resid 196:223)	A	196 - 223

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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