PDB-3oam: Crystal structure of cytidylyltransferase from Vibrio cholerae

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3oam

タイトル

Crystal structure of cytidylyltransferase from Vibrio cholerae

要素

3-deoxy-manno-octulosonate cytidylyltransferase

キーワード

TRANSFERASE (転移酵素) / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases / CSGID / Cytidylyltransferase

機能・相同性

機能・相同性情報

3-deoxy-manno-octulosonate cytidylyltransferase /

3-deoxy-manno-octulosonate cytidylyltransferase activity / CMP-keto-3-deoxy-D-manno-octulosonic acid biosynthetic process / lipopolysaccharide core region biosynthetic process /

細胞質基質
類似検索 - 分子機能

生物種

Vibrio cholerae O1 biovar El Tor (コレラ菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.75 Å

データ登録者

Hattne, J. / Borek, D. / Grimshaw, S. / Nakka, C. / Rostankowski, R. / Otwinowski, Z. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)

引用

ジャーナル: TO BE PUBLISHED
タイトル: Crystal structure of cytidylyltransferase from Vibrio cholerae
著者: Hattne, J. / Borek, D. / Grimshaw, S. / Nakka, C. / Rostankowski, R. / Otwinowski, Z. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)

履歴

登録	2010年8月5日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2010年9月22日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2023年9月6日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3oam.cif.gz	424.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3oam.ent.gz	352.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3oam.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/oa/3oam ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/oa/3oam	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1vicS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	1vic-d 3jtj-1 2ev9-d 4fcu-1 6zrv-d 3k8e-1 1wxd-d 4d3s-2 3k8e-2 3sef-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetDB: IDP90521

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#156 - 2012年12月 ABO式血液型糖転移酵素 (ABO Blood Type Glycosyltransferases) 類似性 (1) #254 - 2021年2月セルロース合成酵素 (Cellulose Synthase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: 3-deoxy-manno-octulosonate cytidylyltransferase

B: 3-deoxy-manno-octulosonate cytidylyltransferase

C: 3-deoxy-manno-octulosonate cytidylyltransferase

D: 3-deoxy-manno-octulosonate cytidylyltransferase

ヘテロ分子

111 kDa, 4 ポリマー
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1

A: 3-deoxy-manno-octulosonate cytidylyltransferase

B: 3-deoxy-manno-octulosonate cytidylyltransferase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
55.5 kDa, 2 ポリマー
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2

C: 3-deoxy-manno-octulosonate cytidylyltransferase

D: 3-deoxy-manno-octulosonate cytidylyltransferase

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
55.5 kDa, 2 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	58.928, 68.209, 71.476
Angle α, β, γ (deg.)	82.73, 74.19, 76.97
Int Tables number	1
Space group name H-M	P1

#1: タンパク質	3-deoxy-manno-octulosonate cytidylyltransferase / / CMP-2-keto-3-deoxyoctulosonic acid synthase / CMP-KDO synthase / CKS 分子量: 27749.725 Da / 分子数: 4 / 断片: 3-deoxy-manno-octulosonate cytidylyltransferase / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Vibrio cholerae O1 biovar El Tor (コレラ菌) 株: N16961 / 遺伝子: kdsB, VC1875, VC_1875 / プラスミド: pMCSG7 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)-Magic 参照: UniProt: Q9KQX2, 3-deoxy-manno-octulosonate cytidylyltransferase
#2: 化合物	ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#3: 水	ChemComp-HOH / water / 水分子量: 18.015 Da / 分子数: 690 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.42 Å³/Da / 溶媒含有率: 49.18 %
結晶化	温度: 297 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.4 詳細: 1M tri-Na citrate, 0.1M sodium cacodylate, pH 6.4, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 297K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 110 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97929 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2010年3月21日
放射	モノクロメーター: Si (111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97929 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.753→68.606 Å / Num. all: 172421 / Num. obs: 104474 / % possible obs: 94.42 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -5 / 冗長度: 1.2 % / R_merge(I) obs: 0.041 / R_sym value: 0.041 / Net I/σ(I): 22.75
反射シェル	解像度: 1.8→1.83 Å / 冗長度: 1.2 % / R_merge(I) obs: 0.301 / Mean I/σ(I) obs: 1.96 / % possible all: 92.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
HKL-3000		データ収集
MOLREP		位相決定
REFMAC	5.5.0110	精密化
HKL-3000		データ削減
HKL-3000		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB entry 1vic

1vic

解像度: 1.75→25.06 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.964 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.95 / SU B: 7.131 / SU ML: 0.1 / Isotropic thermal model: Isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.133 / ESU R Free: 0.125 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.23209	4919	5 %	RANDOM
R_work	0.19806	-	-	-
obs	0.19979	93730	100 %	-
all	-	93730	-	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 37.235 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.42 Å²	-1.05 Å²	0.56 Å²
2-	-	0.36 Å²	-1.6 Å²
3-	-	-	0.63 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.75→25.06 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	7768	0	1	690	8459

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.009	0.022	7979
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.228	1.957	10898
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	9.818	5	1014
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	34.874	24.429	359
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.86	15	1295
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	15.395	15	56
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.086	0.2	1247
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.01	0.021	6124
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.475	1.5	5062
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	0.882	2	8214
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.557	3	2917
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	2.654	4.5	2680
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 1.753→1.798 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.322	351	-
R_work	0.287	6714	-
obs	-	-	100 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	5.1089	1.9337	-0.043	9.5482	1.2706	4.4677	-0.1261	0.2946	-0.2186	-0.0825	-0.0079	0.134	0.2031	0.0491	0.1341	0.1719	0.0031	0.0216	0.151	-0.03	0.1316	46.9608	28.2512	-14.379
2	3.0333	2.0117	0.9965	5.79	2.578	7.092	-0.1683	0.0456	0.3872	-0.2178	-0.2261	0.4908	-0.2473	-0.7298	0.3944	0.1788	0.0017	-0.0193	0.0941	-0.0152	0.2337	56.0423	46.4821	-5.2978
3	3.205	1.1063	0.1559	2.3473	0.2857	1.7796	-0.1351	0.4312	0.0491	-0.2632	0.0487	-0.0896	-0.0974	0.1349	0.0865	0.1802	-0.0096	0.0398	0.1711	0.0117	0.0739	56.8775	34.9803	-15.7941
4	7.6757	3.1434	-0.4464	3.8924	-1.1178	3.437	0.9764	-0.358	1.1306	0.4331	-1.0043	0.9192	-0.6458	-0.0468	0.0279	0.2596	-0.028	0.0811	0.411	-0.2024	0.2834	41.7308	42.3289	-14.3861
5	2.3453	-0.4285	0.1059	1.7537	-0.1254	1.6513	-0.0325	0.2586	-0.1178	-0.2375	-0.0013	0.126	-0.1237	-0.1075	0.0338	0.1732	0.0077	0.0013	0.1359	-0.0161	0.1484	46.9389	28.3346	-11.6186
6	2.081	0.7062	0.7023	2.2036	1.1753	4.2591	-0.0372	-0.2158	-0.2003	0.0544	0.1267	-0.0917	0.0289	0.1656	-0.0895	0.1137	0.0346	0.0066	0.1554	0.0163	0.1933	42.685	23.4798	1.8328
7	1.9196	0.1293	-0.698	1.3302	-0.0587	1.855	0.0507	-0.2853	-0.0356	0.1336	-0.0683	-0.0357	-0.0024	0.1471	0.0176	0.1301	0.0068	-0.0036	0.1711	0.0203	0.1569	37.7502	27.8114	12.0824
8	1.8492	0.1286	-0.4314	0.7748	-0.0792	0.9628	0.0585	-0.0615	0.0179	0.0231	-0.0039	-0.0169	-0.2206	0.0696	-0.0546	0.1859	0.0262	-0.0033	0.1267	-0.0075	0.1744	37.5027	30.8218	3.3396
9	2.1259	-0.5218	-0.6157	1.3241	0.6043	0.8032	0.0374	0.0502	0.0179	-0.0358	-0.02	0.0527	-0.1166	-0.0704	-0.0174	0.158	0.0235	-0.0008	0.1263	0.0303	0.1661	34.7605	31.4115	0.6211
10	2.4528	0.4228	0.3015	2.5282	-0.178	0.2776	0.1029	-0.1203	-0.0038	0.012	-0.0712	-0.0796	0.0118	0.102	-0.0317	0.1992	-0.0047	-0.0102	0.1262	-0.0035	0.1252	64.3963	33.2682	-0.4712
11	5.5458	0.21	-0.1303	4.6496	1.855	3.3159	0.1805	0.0146	-0.1912	0.5142	-0.0138	-0.0945	0.5057	0.2053	-0.1667	0.1615	-0.0463	-0.0206	0.2283	-0.0335	0.1179	9.3671	18.7454	25.9644
12	1.897	-0.1137	0.6624	4.436	0.6526	7.3463	0.1269	-0.1115	-0.0291	0.5521	-0.021	0.1976	0.1999	-0.239	-0.1059	0.1024	-0.0624	0.0538	0.2255	-0.0129	0.0852	5.6767	22.8204	31.3534
13	3.0996	-3.8486	-3.0767	7.4089	0.102	8.9786	-0.2641	-0.2095	-0.3656	0.5056	-0.2316	0.1548	0.5126	0.7147	0.4958	0.3895	-0.1732	-0.1944	0.2685	0.1193	0.2315	9.4051	12.4752	31.3523
14	2.1558	0.6001	-0.7878	3.1804	1.228	1.3421	-0.0078	0.122	-0.2117	0.1425	0.0637	-0.0062	0.0717	-0.1616	-0.0559	0.086	-0.0201	0.0022	0.2506	-0.0311	0.1213	8.0754	19.4671	19.8193
15	2.4271	1.0351	0.4912	2.2907	0.4284	1.6558	0.0808	-0.3035	0.0421	-0.0542	-0.102	0.0094	-0.1036	-0.16	0.0212	0.113	0.0319	0.0282	0.219	-0.0168	0.1395	16.1064	31.4003	13.6894
16	1.9437	0.6382	-0.1523	1.379	0.1222	1.6817	0.1158	-0.2264	0.1825	0.1364	-0.0771	-0.0028	-0.1401	-0.0252	-0.0387	0.1438	0.0205	0.0146	0.1592	-0.0141	0.1456	28.3294	36.407	15.4221
17	16.8594	-11.9312	-3.2754	9.824	4.7597	5.0191	0.1821	0.2963	-0.1837	-0.0478	-0.5045	0.2206	0.1036	-0.4573	0.3224	0.0806	-0.0803	0.0273	0.2571	0.1675	0.3461	16.9989	13.9271	12.9187
18	2.2852	-0.1112	-0.2252	1.4839	0.4006	1.4346	0.0135	-0.142	-0.3285	0.039	-0.0508	0.0358	0.1035	-0.0284	0.0373	0.1487	-0.0052	0.0294	0.1551	0.0488	0.1579	24.8798	21.4483	13.4369
19	1.9168	0.5301	-4.2491	7.2191	-3.0259	11.7853	0.2195	0.1057	0.1336	0.6562	-0.1312	-0.6784	-0.3829	0.5717	-0.0884	0.2924	-0.0342	-0.0218	0.385	0.0107	0.0849	13.6995	33.6947	34.3916
20	5.9939	0.2273	-4.1468	44.0302	-36.7981	39.7639	0.4035	0.1496	1.5882	0.41	-0.197	-0.7701	-1.2612	-1.1285	-0.2064	0.5902	0.0654	0.1921	0.2954	-0.0339	0.4785	3.7567	38.8932	36.5894
21	7.8088	4.4391	1.4129	8.6825	3.4852	3.8809	-0.0671	0.0478	0.1942	-0.1819	0.1278	0.3659	-0.1513	0.0207	-0.0607	0.1903	-0.033	0.002	0.1813	-0.0076	0.1156	-21.5537	-3.8115	19.2785
22	4.2634	0.8204	-0.5626	4.7481	0.276	1.03	-0.0608	-0.2504	-0.1607	0.3751	0.0807	0.4016	0.0668	0.0222	-0.0198	0.1603	-0.044	0.0594	0.1645	0.0225	0.0842	-23.7233	-11.1537	22.4743
23	6.3302	0.276	-1.7011	9.3449	-2.6937	2.5794	-0.0674	-0.0967	0.1995	0.2251	0.2967	1.0631	-0.0982	-0.3415	-0.2293	0.0961	-0.0297	0.101	0.1763	-0.0348	0.2504	-31.7697	-2.9356	21.6535
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36	2.0223	0.6702	-0.1039	1.4787	-0.5771	0.5863	-0.1085	0.2192	-0.0531	-0.2353	0.1652	0.0492	-0.0581	0.0438	-0.0567	0.2283	-0.0139	-0.011	0.1381	-0.0078	0.1408	1.5911	4.0042	-9.317
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39	1.7477	0.0983	-0.0519	3.1168	-2.1382	4.7527	0.015	-0.0803	-0.125	-0.018	0.0516	-0.1578	-0.3693	0.3525	-0.0666	0.1179	-0.0503	0.0156	0.1521	-0.0353	0.1355	8.1963	5.1489	-3.6454
40	7.15	-2.9074	-0.4006	2.5972	1.8053	11.0922	0.2848	0.9816	-0.6232	0.0297	-0.2583	0.3114	0.1777	-0.0723	-0.0266	0.2279	-0.1012	0.0564	0.298	-0.1545	0.1003	12.397	1.8856	-31.2007

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	1 - 9
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	10 - 19
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	20 - 65
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	66 - 83
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	84 - 111
6	X-RAY DIFFRACTION	6	A	112 - 134
7	X-RAY DIFFRACTION	7	A	135 - 166
8	X-RAY DIFFRACTION	8	A	167 - 203
9	X-RAY DIFFRACTION	9	A	204 - 228
10	X-RAY DIFFRACTION	10	A	229 - 252
11	X-RAY DIFFRACTION	11	B	1 - 13
12	X-RAY DIFFRACTION	12	B	14 - 51
13	X-RAY DIFFRACTION	13	B	52 - 78
14	X-RAY DIFFRACTION	14	B	79 - 110
15	X-RAY DIFFRACTION	15	B	111 - 134
16	X-RAY DIFFRACTION	16	B	135 - 184
17	X-RAY DIFFRACTION	17	B	185 - 198
18	X-RAY DIFFRACTION	18	B	199 - 228
19	X-RAY DIFFRACTION	19	B	229 - 243
20	X-RAY DIFFRACTION	20	B	244 - 251
21	X-RAY DIFFRACTION	21	C	1 - 13
22	X-RAY DIFFRACTION	22	C	14 - 49
23	X-RAY DIFFRACTION	23	C	50 - 72
24	X-RAY DIFFRACTION	24	C	73 - 92
25	X-RAY DIFFRACTION	25	C	93 - 123
26	X-RAY DIFFRACTION	26	C	124 - 163
27	X-RAY DIFFRACTION	27	C	164 - 184
28	X-RAY DIFFRACTION	28	C	185 - 199
29	X-RAY DIFFRACTION	29	C	200 - 231
30	X-RAY DIFFRACTION	30	C	232 - 251
31	X-RAY DIFFRACTION	31	D	1 - 8
32	X-RAY DIFFRACTION	32	D	9 - 26
33	X-RAY DIFFRACTION	33	D	27 - 51
34	X-RAY DIFFRACTION	34	D	52 - 79
35	X-RAY DIFFRACTION	35	D	80 - 110
36	X-RAY DIFFRACTION	36	D	111 - 163
37	X-RAY DIFFRACTION	37	D	164 - 193
38	X-RAY DIFFRACTION	38	D	194 - 208
39	X-RAY DIFFRACTION	39	D	209 - 228
40	X-RAY DIFFRACTION	40	D	229 - 250

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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