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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3nzw | ||||||
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タイトル | Crystal structure of the yeast 20S proteasome in complex with 2b | ||||||
要素 |
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キーワード | hydrolase/hydrolase inhibitor / ubiquitin (ユビキチン) / protein degradation (タンパク質分解) / N-terminal nucleophilic hydrolase / 19S regulatory particle / ubiquitin-tagged substrates / cytosol (細胞質基質) / nucleus (細胞核) / hydrolase-hydrolase inhibitor complex | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 proteasome core complex assembly / nuclear outer membrane-endoplasmic reticulum membrane network / Cross-presentation of soluble exogenous antigens (endosomes) / TNFR2 non-canonical NF-kB pathway / proteasomal ubiquitin-independent protein catabolic process / Ub-specific processing proteases / proteasome storage granule / endopeptidase activator activity / proteasome assembly / proteasome endopeptidase complex ...proteasome core complex assembly / nuclear outer membrane-endoplasmic reticulum membrane network / Cross-presentation of soluble exogenous antigens (endosomes) / TNFR2 non-canonical NF-kB pathway / proteasomal ubiquitin-independent protein catabolic process / Ub-specific processing proteases / proteasome storage granule / endopeptidase activator activity / proteasome assembly / proteasome endopeptidase complex / proteasome core complex, beta-subunit complex / proteasome core complex, alpha-subunit complex / threonine-type endopeptidase activity / Neutrophil degranulation / proteasome complex / proteasomal protein catabolic process / proteasome-mediated ubiquitin-dependent protein catabolic process / endopeptidase activity / mRNA binding / endoplasmic reticulum membrane / ミトコンドリア / 細胞核 / 細胞質基質 / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.5 Å | ||||||
データ登録者 | Groll, M. / Gallastegui, N. / Marechal, X. / Le Ravalec, V. / Basse, N. / Richy, N. / Genin, E. / Huber, R. / Moroder, M. / Vidal, V. / Reboud-Ravaux, M. | ||||||
引用 | ジャーナル: Chemmedchem / 年: 2010 タイトル: 20S proteasome inhibition: designing noncovalent linear peptide mimics of the natural product TMC-95A. 著者: Groll, M. / Gallastegui, N. / Marechal, X. / Le Ravalec, V. / Basse, N. / Richy, N. / Genin, E. / Huber, R. / Moroder, L. / Vidal, J. / Reboud-Ravaux, M. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 3nzw.cif.gz | 1.2 MB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb3nzw.ent.gz | 1020.3 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 3nzw.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nz/3nzw ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nz/3nzw | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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詳細 | The asymmetric unit contains one biomolecule composed of 28 subunits, with 7 different alpha-type and seven different beta-type subunits |
-要素
-Proteasome component ... , 14種, 28分子 AOBPCQDRESFTGUHVIWJXKYLZM1N2
#1: タンパク質 | 分子量: 27191.828 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P23639, proteasome endopeptidase complex #2: タンパク質 | 分子量: 28748.230 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P23638, proteasome endopeptidase complex #3: タンパク質 | 分子量: 28478.111 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P40303, proteasome endopeptidase complex #4: タンパク質 | 分子量: 28649.086 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P32379, proteasome endopeptidase complex #5: タンパク質 | 分子量: 25634.000 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P40302, proteasome endopeptidase complex #6: タンパク質 | 分子量: 31575.068 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P21242, proteasome endopeptidase complex #7: タンパク質 | 分子量: 28033.830 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P21243, proteasome endopeptidase complex #8: タンパク質 | 分子量: 28299.889 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P25043, proteasome endopeptidase complex #9: タンパク質 | 分子量: 22627.842 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P25451, proteasome endopeptidase complex #10: タンパク質 | 分子量: 22545.676 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P22141, proteasome endopeptidase complex #11: タンパク質 | 分子量: 31670.539 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P30656, proteasome endopeptidase complex #12: タンパク質 | 分子量: 26905.076 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P23724, proteasome endopeptidase complex #13: タンパク質 | 分子量: 29471.289 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P30657, proteasome endopeptidase complex #14: タンパク質 | 分子量: 23573.604 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P38624, proteasome endopeptidase complex |
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-タンパク質・ペプチド , 1種, 2分子 34
#15: タンパク質・ペプチド | タイプ: Cyclic peptide環状ペプチド / クラス: 阻害剤 / 分子量: 749.851 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 参照: PDB-3NZJ, TMC-95A mimic ligand 2b |
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-非ポリマー , 2種, 1360分子
#16: 化合物 | #17: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-詳細
構成要素の詳細 | THE ENTIRE CHAIN OF 3 OR 4 IS THE POLYMER REPRESENTATION OF THE INHIBITOR COMPOUND UNDER THE ...THE ENTIRE CHAIN OF 3 OR 4 IS THE POLYMER REPRESENTA |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.52 Å3/Da / 溶媒含有率: 65.02 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.8 詳細: 100 mM MES/HCl, 6.8, 20mM MgAc2, 12% MPD, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 1 Å |
検出器 | タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2008年4月29日 |
放射 | モノクロメーター: Focusing Spherical Grating Monochromator プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.5→50 Å / Num. all: 356501 / Num. obs: 354718 / % possible obs: 99.5 % / Observed criterion σ(F): 2.5 / Observed criterion σ(I): 2.5 / 冗長度: 2.5 % / Biso Wilson estimate: 36.6 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.056 |
反射 シェル | 解像度: 2.5→2.6 Å / 冗長度: 2.6 % / Rmerge(I) obs: 0.434 / Mean I/σ(I) obs: 3.5 / % possible all: 99.7 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB entry 1RYP 解像度: 2.5→15 Å / Rfactor Rfree error: 0.002 / Data cutoff high absF: 6514563.98 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 2.5 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber / 詳細: BULK SOLVENT MODEL USED
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 47.4613 Å2 / ksol: 0.35 e/Å3 | |||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 53 Å2
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Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.5→15 Å
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拘束条件 |
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Refine LS restraints NCS | NCS model details: NONE | |||||||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル | 解像度: 2.5→2.66 Å / Rfactor Rfree error: 0.007 / Total num. of bins used: 6
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Xplor file |
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