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- PDB-3nwf: Glycoprotein B from Herpes simplex virus type 1, low-pH -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3nwf
タイトルGlycoprotein B from Herpes simplex virus type 1, low-pH
要素Envelope glycoprotein B
キーワードVIRAL PROTEIN (ウイルスタンパク質) / Coiled-Coil (コイルドコイル) / ENVELOPE GLYCOPROTEIN / MEMBRANE FUSION / Glycoprotein B / Herpesvirus 1 (ヘルペスウイルス科) / HSV-1 (単純ヘルペスウイルス) / Membrane (生体膜)
機能・相同性
機能・相同性情報


host cell Golgi membrane / host cell endosome membrane / symbiont entry into host cell / エンベロープ (ウイルス) / virion attachment to host cell / host cell plasma membrane / virion membrane / 生体膜 / identical protein binding
類似検索 - 分子機能
Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces - #1890 / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces - #3280 / SH3 type barrels. - #1230 / PH-domain like - #100 / Herpesvirus Glycoprotein B ectodomain / Herpesvirus Glycoprotein B / Herpesvirus Glycoprotein B, PH-like domain 1 / Herpesvirus Glycoprotein B, PH-like domain 2 / Herpesvirus Glycoprotein B / Herpesvirus Glycoprotein B PH-like domain ...Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces - #1890 / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces - #3280 / SH3 type barrels. - #1230 / PH-domain like - #100 / Herpesvirus Glycoprotein B ectodomain / Herpesvirus Glycoprotein B / Herpesvirus Glycoprotein B, PH-like domain 1 / Herpesvirus Glycoprotein B, PH-like domain 2 / Herpesvirus Glycoprotein B / Herpesvirus Glycoprotein B PH-like domain / Herpesvirus Glycoprotein B, PH-like domain 2 superfamily / PH-domain like / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces / Helix non-globular / Special / SH3 type barrels. / Roll / Up-down Bundle / Mainly Beta / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
MESO-ERYTHRITOL / Envelope glycoprotein B
類似検索 - 構成要素
生物種Human herpesvirus 1 (ヘルペスウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3 Å
データ登録者Stampfer, S.D. / Lou, H. / Cohen, G.H. / Eisenberg, R.J. / Heldwein, E.E.
引用ジャーナル: J.Virol. / 年: 2010
タイトル: Structural basis of local, pH-dependent conformational changes in glycoprotein B from herpes simplex virus type 1.
著者: Stampfer, S.D. / Lou, H. / Cohen, G.H. / Eisenberg, R.J. / Heldwein, E.E.
履歴
登録2010年7月9日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年12月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22011年12月21日Group: Derived calculations
改定 1.32011年12月28日Group: Derived calculations
改定 1.42020年7月29日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.name / _chem_comp.type ..._chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.52023年9月6日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Envelope glycoprotein B
B: Envelope glycoprotein B
C: Envelope glycoprotein B
D: Envelope glycoprotein B
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)317,53015
ポリマ－315,4934
非ポリマー2,03711
水1,36976
1
A: Envelope glycoprotein B
ヘテロ分子

A: Envelope glycoprotein B
ヘテロ分子

A: Envelope glycoprotein B
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)239,04618
ポリマ－236,6203
非ポリマー2,42615
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-y,x-y,z1
crystal symmetry operation3_555-x+y,-x,z1
Buried area36200 Å2
ΔGint-188 kcal/mol
Surface area77230 Å2
手法PISA
2
B: Envelope glycoprotein B
ヘテロ分子

B: Envelope glycoprotein B
ヘテロ分子

B: Envelope glycoprotein B
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)237,6509
ポリマ－236,6203
非ポリマー1,0306
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_545-y,x-y-1,z1
crystal symmetry operation3_655-x+y+1,-x,z1
Buried area36440 Å2
ΔGint-188 kcal/mol
Surface area77500 Å2
手法PISA
3
C: Envelope glycoprotein B
ヘテロ分子

C: Envelope glycoprotein B
ヘテロ分子

C: Envelope glycoprotein B
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)238,61112
ポリマ－236,6203
非ポリマー1,9919
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-y,x-y,z1
crystal symmetry operation3_555-x+y,-x,z1
Buried area35780 Å2
ΔGint-175 kcal/mol
Surface area78470 Å2
手法PISA
4
D: Envelope glycoprotein B
ヘテロ分子

D: Envelope glycoprotein B
ヘテロ分子

D: Envelope glycoprotein B
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)237,2846
ポリマ－236,6203
非ポリマー6643
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_545-y,x-y-1,z1
crystal symmetry operation3_655-x+y+1,-x,z1
Buried area35750 Å2
ΔGint-176 kcal/mol
Surface area78600 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)117.802, 117.802, 318.324
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number143
Space group name H-MP3

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要素

#1: タンパク質
Envelope glycoprotein B / gB / gB-1 / gB1


分子量: 78873.297 Da / 分子数: 4 / 断片: Ectodomain (UNP residues 30 to 730) / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Human herpesvirus 1 (ヘルペスウイルス)
株: KOS / 遺伝子: gB, UL27 / プラスミド: pVT-Bac
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
株 (発現宿主): SF9 / 参照: UniProt: P06437
#2: 糖
ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン / N-アセチルグルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
#3: 化合物 ChemComp-MRY / MESO-ERYTHRITOL / エリスリト-ル / エリトリトール


分子量: 122.120 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O4
#4: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#5: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 76 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
配列の詳細AUTHORS STATE THAT HSV-1 STRAIN KOS SEQUENCE IN THE UNP DATABASE CONTAINS THREE MUTATIONS RELATIVE ...AUTHORS STATE THAT HSV-1 STRAIN KOS SEQUENCE IN THE UNP DATABASE CONTAINS THREE MUTATIONS RELATIVE TO SEQUENCES OF OTHER STRAINS OF HSV-1 AND HSV-2. THEIR SEQUENCE WAS DERIVED FROM THE SEQUENCE OF HSV-1 KOS GB FROM PLASMID PKBXX (S. PERSON) AND DOES NOT CONTAIN THESE MUTATIONS.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.04 Å3/Da / 溶媒含有率: 69.57 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5
詳細: 15% PEG 4000, 0.3M NaCl, and 0.1M sodium citrate, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: CHESS / ビームライン: F1 / 波長: 0.9186 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 270 / 検出器: CCD / 日付: 2003年9月13日
放射モノクロメーター: Si 111 CHANNEL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9186 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.8→50.3672 Å / Num. all: 121632 / Num. obs: 112550 / % possible obs: 92.533 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.5 % / Rmerge(I) obs: 0.125 / Net I/σ(I): 8.98
反射 シェル解像度: 2.8→2.9 Å / 冗長度: 2.7 % / Mean I/σ(I) obs: 0.98 / % possible all: 68

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
PHASER位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.6.1_357)精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3NWA

3nwa


解像度: 3→41.5354 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0.09 / 立体化学のターゲット値: TWIN_LSQ_F
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2492 4724 5.12 %RANDOM
Rwork0.1972 ---
obs0.1994 92349 93.3412 %-
all-98937 --
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 30.636 Å2 / ksol: 0.301 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0 Å20 Å20 Å2
2--0 Å20 Å2
3---0 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3→41.5354 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数19109 0 129 76 19314
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00319737
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.65826847
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.297110
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0452978
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0023492
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3-3.04780.38412100.2943101X-RAY DIFFRACTION68
3.0478-3.0988000.28553749X-RAY DIFFRACTION81
3.0988-3.15330.3881420.27143714X-RAY DIFFRACTION83
3.1533-3.2120.30375350.25393527X-RAY DIFFRACTION77
3.212-3.2752000.2424192X-RAY DIFFRACTION90
3.2752-3.3437000.23954202X-RAY DIFFRACTION93
3.3437-3.41840.25256900.22223500X-RAY DIFFRACTION77
3.4184-3.5002000.21544347X-RAY DIFFRACTION94
3.5002-3.5905000.21254375X-RAY DIFFRACTION96
3.5905-3.69080.27054800.19953942X-RAY DIFFRACTION86
3.6908-3.80340.28532570.19984170X-RAY DIFFRACTION90
3.8034-3.9311000.19054278X-RAY DIFFRACTION94
3.9311-4.07790.2505620.17834287X-RAY DIFFRACTION94
4.0779-4.24940.23056520.183695X-RAY DIFFRACTION81
4.2494-4.454000.15414498X-RAY DIFFRACTION98
4.454-4.7047000.14254489X-RAY DIFFRACTION98
4.7047-5.02350.21627490.15553703X-RAY DIFFRACTION81
5.0235-5.4511000.17754503X-RAY DIFFRACTION98
5.4511-6.0754000.19674531X-RAY DIFFRACTION99
6.0754-7.14220.23617510.20313778X-RAY DIFFRACTION82

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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