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万見
- PDB-3nqp: Crystal structure of a SusD superfamily protein (BF1802) from Bac... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3nqp
タイトルCrystal structure of a SusD superfamily protein (BF1802) from Bacteroides fragilis NCTC 9343 at 1.90 A resolution
要素SusD superfamily protein
キーワードSUGAR BINDING PROTEIN / Structural Genomics (構造ゲノミクス) / Joint Center for Structural Genomics / JCSG / Protein Structure Initiative / PSI-2
機能・相同性
機能・相同性情報


cell outer membrane
類似検索 - 分子機能
Serine Threonine Protein Phosphatase 5, Tetratricopeptide repeat - #390 / SusD-like, N-terminal / Starch-binding associating with outer membrane / RagB/SusD domain / SusD family / Serine Threonine Protein Phosphatase 5, Tetratricopeptide repeat / Αソレノイド / Tetratricopeptide-like helical domain superfamily / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
酢酸塩 / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / Possible outer membrane protein
類似検索 - 構成要素
生物種Bacteroides fragilis NCTC 9343 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Joint Center for Structural Genomics (JCSG)
引用ジャーナル: To be published
タイトル: Crystal structure of a SusD superfamily protein (BF1802) from Bacteroides fragilis NCTC 9343 at 1.90 A resolution
著者: Joint Center for Structural Genomics (JCSG)
履歴
登録2010年6月29日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年10月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22017年10月25日Group: Author supporting evidence / Refinement description / カテゴリ: pdbx_struct_assembly_auth_evidence / software
改定 1.32019年7月17日Group: Data collection / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: software / struct_conn
Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 1.42023年12月27日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ncs_dom_lim / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: SusD superfamily protein
B: SusD superfamily protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)118,00612
ポリマ－117,3482
非ポリマー65910
水22,6991260
1
A: SusD superfamily protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)59,1058
ポリマ－58,6741
非ポリマー4317
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: SusD superfamily protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)58,9014
ポリマ－58,6741
非ポリマー2273
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)129.093, 87.958, 107.041
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 93.38, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-2048-

HOH

非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: TYR / Beg label comp-ID: TYR / End auth comp-ID: LYS / End label comp-ID: LYS / Refine code: 4 / Auth seq-ID: 41 - 538 / Label seq-ID: 17 - 514

Dom-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
1AA
2BB
詳細ANALYTICAL SIZE EXCLUSION CHROMATOGRAPHY SUPPORTS THE ASSIGNMENT OF A MONOMER AS A SIGNIFICANT OLIGOMERIC STATE.

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要素

#1: タンパク質 SusD superfamily protein / Possible outer membrane protein


分子量: 58673.781 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Bacteroides fragilis NCTC 9343 (バクテリア)
株: ATCC 25285 / NCTC 9343 / 遺伝子: BF1802 / プラスミド: SpeedET / 発現宿主: Escherichia Coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): HK100 / 参照: UniProt: Q5LEF0
#2: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン / 酢酸塩


分子量: 59.044 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#3: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル / エチレングリコール


分子量: 62.068 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#4: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル / ジエチレングリコール


分子量: 106.120 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#5: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1260 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
配列の詳細THE CONSTRUCT (26-538) WAS EXPRESSED WITH A PURIFICATION TAG MGSDKIHHHHHHENLYFQG. THE TAG WAS ...THE CONSTRUCT (26-538) WAS EXPRESSED WITH A PURIFICATION TAG MGSDKIHHHHHHENLYFQG. THE TAG WAS REMOVED WITH TEV PROTEASE LEAVING ONLY A GLYCINE (0) FOLLOWED BY THE TARGET SEQUENCE.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.58 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.41 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 0.1290M magnesium acetate, 13.6000% polyethylene glycol 3350, NANODROP, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL11-1 / 波長: 0.91837,0.97937
検出器タイプ: MARMOSAIC 325 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2009年12月4日 / 詳細: Flat mirror (vertical focusing)
放射モノクロメーター: Single crystal Si(111) bent monochromator (horizontal focusing)
プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.918371
20.979371
反射解像度: 1.9→29.587 Å / Num. all: 93613 / Num. obs: 93613 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 4 % / Rpim(I) all: 0.087 / Rrim(I) all: 0.173 / Rsym value: 0.15 / Net I/av σ(I): 4.538 / Net I/σ(I): 6.8 / Num. measured all: 371314
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) allRmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured allNum. unique allRpim(I) allRrim(I) allRsym valueNet I/σ(I) obs% possible all
1.9-1.953.10.8070.6611.12006765230.4520.8070.6611.794.1
1.95-23.70.6480.5531.42507967010.3320.6480.5532.399.4
2-2.0640.5470.4741.62645965610.2710.5470.4742.8100
2.06-2.1240.4670.4041.92579063840.2320.4670.4043.3100
2.12-2.1940.3970.3442.22502961880.1970.3970.3443.9100
2.19-2.2740.3670.3182.42423659870.1820.3670.3184.2100
2.27-2.364.10.3070.2662.82346757820.1520.3070.2664.8100
2.36-2.454.10.2670.2323.22260155680.1320.2670.2325.4100
2.45-2.564.10.2420.213.52163453280.120.2420.215.8100
2.56-2.694.10.2060.1794.12086151190.1020.2060.1796.7100
2.69-2.834.10.1780.1544.81980548670.0880.1780.1547.7100
2.83-34.10.1470.1285.71885846130.0730.1470.1288.8100
3-3.214.10.1210.1056.81755243150.060.1210.10510.3100
3.21-3.474.10.1040.0917.41643240330.0520.1040.09112.2100
3.47-3.84.10.0990.0867.51517337220.0490.0990.08613.6100
3.8-4.254.10.0840.0738.81365933450.0410.0840.07315.1100
4.25-4.914.10.0790.0689.11222230030.0390.0790.06815.5100
4.91-6.014.10.0890.0778.41026725280.0440.0890.07713.6100
6.01-8.540.0840.0738.8790719650.0420.0840.07313100
8.5-29.5873.90.0680.0589.7421610810.0340.0680.05816.197.6

-
位相決定

位相決定手法: 多波長異常分散

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
REFMAC5.5.0110精密化
PHENIX精密化
SHELX位相決定
MolProbity3beta29モデル構築
SCALA3.3.15データスケーリング
PDB_EXTRACT3.006データ抽出
MOSFLMデータ削減
SHELXD位相決定
autoSHARP位相決定
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 1.9→29.587 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.963 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.94 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.2 / SU B: 5.149 / SU ML: 0.08 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.123 / ESU R Free: 0.121
立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD WITH PHASES
詳細: 1. HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. 2. ATOM RECORD CONTAINS SUM OF TLS AND RESIDUAL B FACTORS. ANISOU RECORD CONTAINS SUM OF TLS AND RESIDUAL U FACTORS. 3. WATERS WERE ...詳細: 1. HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. 2. ATOM RECORD CONTAINS SUM OF TLS AND RESIDUAL B FACTORS. ANISOU RECORD CONTAINS SUM OF TLS AND RESIDUAL U FACTORS. 3. WATERS WERE EXCLUDED FROM AUTOMATIC TLS ASSIGNMENT. 4. A MET-INHIBITION PROTOCOL WAS USED FOR SELENOMETHIONINE INCORPORATION DURING PROTEIN EXPRESSION. THE OCCUPANCY OF THE SE ATOMS IN THE MSE RESIDUES WAS REDUCED TO 0.75 FOR THE REDUCED SCATTERING POWER DUE TO PARTIAL S-MET INCORPORAT 5. ACETATE (ACT) IONS, ETHYLENE GLYCOL (EDO), AND PEG-3350 FRAGMENT MOLECULES FROM THE CRYSTALLIZATION/CRYOPROTECTION SOLUTION ARE MODELED. 6. RESIDUES 26-40 AND 168-179 OF CHAIN A AND RESIDUES 26-40 AND 168-178 OF CHAIN B WERE UNMODELED DUE TO DISORDER AND LACK OF ELECTRON DENSITY IN THESE REGIONS. 7. UNEXPLAINED ELECTRON DENSITY NEAR CARBONYL OXYGEN OF THE RESIDUE 525 OF CHAIN A WAS NOT MODELED.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.19385 4689 5 %RANDOM
Rwork0.15041 ---
obs0.15259 88913 99.45 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 14.438 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.8 Å20 Å20.07 Å2
2---1.5 Å20 Å2
3----0.29 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.9→29.587 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7773 0 43 1260 9076
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0170.0228148
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.025432
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4421.9411046
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.929313187
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.39351005
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.06124.412408
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.843151346
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg13.2071542
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0890.21173
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.029277
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021755
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.83634919
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.77832038
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.72157897
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it4.42283229
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it5.801113149
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Auth asym-ID: A / Ens-ID: 1 / 数: 6460 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

タイプRms dev position (Å)Weight position
medium positional0.110.5
medium thermal1.152
LS精密化 シェル解像度: 1.9→1.949 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.32 318 -
Rwork0.264 6193 -
obs--93.82 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.10760.0386-0.06330.2903-0.04420.0991-0.0019-0.0101-0.0005-0.01750.0097-0.01120.00530.0021-0.00780.00850.0008-0.01560.0336-0.00090.036331.809844.728847.634
20.047-0.02480.02240.2592-0.10180.1872-0.0023-0.0036-0.0071-0.01310.0148-0.0047-0.01750.0032-0.01240.0614-0.00760.0220.0094-0.00380.009134.38474.14346.0579
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A41 - 538
2X-RAY DIFFRACTION2B41 - 538

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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